Discussion :

[Naneba]

Bonjour a tous,

Je suis une grande débutante en programmation en C, c'est pourquoi je fais appel a vous!

Je code beaucoup en R, mais les temps de calculs étant très long (boucle) je dois me mettre à faire du C.

Je me retrouve face à un problème de "liste"
Ma fonction doit aller chercher des éléments ("valeur") d'une liste donnée en entrée, voici la fonction R :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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inoc <- function(liste, nom) {
   isc <- 0
   for (i in 1:length(liste[[length(liste)]]$feuilles)) {
        for (k in 1:7) {
            isc <- isc + nom$param$omega * liste[[length[[liste]]$feuilles[[i]]$compartiments[[k]]$valeur
                          }
                                                                  }
isc
}

Voici le code C que j'ai commencé a écrire, mais... je sèche :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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#include<stdlib.h>
#include<math.h>
 
void inocs.c(int *n, double *omega, double *valeur, double *isc)
{
	int i,k;
	double isc=0.;
	for (i=1;  i<*n; i++)
		for(k=1; k=7; k++)
			isc+=(omega)*(
}

Quelqu'un aurait-il des idées?

Je vous remercie beaucoup,
Nane

[Médinoc]

Déjà, il va falloir définir les structures de données appropriées, avant de commencer à écrire la moindre fonction.

[Naneba]

Merci pour cette indication!
Je viens de créer toutes mes structures (ce qui correspond à mes listes sous R), mais je me retrouve fasse à un autre problème :

Dois-je indiquer "à la main" les valeurs que doivent prendre les éléments de mes structures ou y a-t-il un moyen d'être plus efficace?

Par exemple, dois-je préciser

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

 liste.feuilles[1].compartiments[1].valeur= 15

puis

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

 liste.feuilles[1].compartiments[2].valeur= 26

etc...

Merci, merci

[Médinoc]

Tu peux faire des boucles et les lire depuis un fichier, ou bien initialiser les champs d'une structure lors de la déclaration dans certains cas. Mais pour plus de détails, il faudrait que je connaisse la déclaration des structures et que j'aie une idée de la taille de chaque tableau...

[Naneba]

Voici les structures créées:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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struct cohorte
{
  int age;
  double nb_mal;
  double surface;
};
 
struct compartiment
{
  double surface;
  double surface.dispo;
  struct cohortes cohortes[];
};
 
struct feuille
{
  int date_apparition;
  struct compartiment compartiments [];
};
 
struct donnee_temp
{
  int tps_simu;
  double second_c;
  double second_a;
  int age;
  int nb_feuilles_e;
  struct feuille feuilles [];
};
 
struct plante
{
  int tps_change [];
  struct donnee_temp donnees_temp [];
};
 
struct nom
{
  struct param parametres;
  struct plante plantes;
};

En fait à l'initialisation, les valeurs dans mes strucutres sont toutes à 0. Mais a chaque pas de temps , grâces aux petites fonctions que je veux écrire, les éléments vont se mettrent a jour.

Cependant, je souhaite ecrire uniquement ces petites fonctions en C (gain de temps) et concerver les liste R.

Savez-vous s'il est possible de donner en paramètre d'entrée d'une fonction C, une liste?

[Médinoc]

Des structures se terminant par un tableau de longueur non-déclarée ne peuvent être utilisées qu'en allocation dynamique et de manière vachement complexe. Je ne te conseille pas ça.

Soit tu peux utiliser des pointeurs pour allouer de vrais tableaux dynamiques dans chaque structure, soit tu passes au C++ à la place pour bénéficier des classes de collections.

[Chanur]

Soit tu peux utiliser des pointeurs pour allouer de vrais tableaux dynamiques dans chaque structure, soit tu passes au C++ à la place pour bénéficier des classes de collections.

ou encore tu définis une taille maxi et tu écris en dur des tableaux de la taille maxi.

[Naneba]

J'ai trouvé ici :http://ciam.inra.fr/r4ciam/appelC.html comment procéder mais les exemples donnés sont assez simples et je n'arrive pas a écrire ce dont j'aurais vraiment besoin, c'est a dire demander une lecture de liste de liste (cf structure présentée ci-dessus)

Voici ce j'ai écrit:

Code :

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SEXP inocsum(SEXP p_nom, SEXP omega_c ) {
  omega_c = coerceVector(omega_c, REALSXP);
  SEXP feuille_choix, compart_choix, i_s_c;
  int i,j;
  double *CONIS_choix, om_c = REAL(omega_c)[0];
  PROTECT(i_s_c = allocVector(REALSXP,1));
 
 SEXP feuille = getListElement(p_nom,"feuilles");
  for (i=0;i< length(feuille);i++) {
  feuille_choix = VECTOR_ELT(feuille, i);
   SEXP compart = getListElement(feuille,"compartiments");
   for(j=0;j<7;j++) {
  compart_choix = VECTOR_ELT(compart, j);
   SEXP CONIs = getListElement(feuille,"CONIs");
   CONIS_choix = REAL(CONIs);
   REAL(i_s_c)[0] += ((om_c) * (*CONIS_choix));
   };
  };
  UNPROTECT(1);
   return(i_s_c);
}

Et voici la fonction getListElemnt que j'utilise:
SEXP getListElement(SEXP list, const char *str)
{
/* Initialiser le retour */
SEXP elmt = R_NilValue;
/* Accéder aux noms des composants */
SEXP names=getAttrib(list, R_NamesSymbol);
int i;
/* Recherche du composant de nom voulu **/
for (i=0; i< length(list); i++)
if (strcmp(CHAR(STRING_ELT(names, i)), str) ==0) {
elmt=VECTOR_ELT(list, i);
break;
}
return(elmt);
}

Mais j'obtiens des messages d'erreur me signifiant:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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undefined reference to `__imp_R_NilValue'
 undefined reference to `__imp_R_NamesSymbol'
 undefined reference to `STRING_ELT'
...

J'ai l'impression qu'il n'arrive pas lire mes listes de listes...

Une idée?

Merci!