Discussion :

[GLDavid]

Bonjour

Voilà fort longtemps que je n'ai plus fait de C. Donc, veuillez d'ores et déjà excuser la naïveté sans doute de la question.
Voici mon problème, je veux lire un fichier et stocker une (grosse) partie de son contenu en mémoire. Je précise que c'est un fichier texte :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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#include <stdio.h>
#include <stdlib.h>
#include <string.h>
 
void setSequence(char *filename){
	int SIZE = 512;
	char ligne[SIZE];
	char *Sequence = (char *)malloc(SIZE*sizeof(char));
	if(Sequence==NULL){
		fprintf(stderr, "Memory allocation error !\n");
		exit(2);
	}
	FILE *file = fopen(filename, "r");
	if(file==NULL){
		fprintf(stderr, "Can not access to %s\n", filename);
		exit(3);
	}
	while(fgets(ligne, sizeof ligne, file)){
      if(ligne[0] != '>')
      {
         strcat(Sequence, ligne);
         char *tmp = (char *)malloc(SIZE*sizeof(char));
         if(tmp==NULL){
		 	fprintf(stderr, "Memory allocation error !\n");
		 	exit(2);
		 }
         SIZE*=2;
         tmp = Sequence;
         Sequence = (char *)realloc(Sequence, SIZE*sizeof(char));
         if(Sequence==NULL){
		 	fprintf(stderr, "Memory allocation error !\n");
		 	exit(2);
		 }
         Sequence = tmp;
         free(tmp);
      }
   }
   	printf("%s\n", Sequence);
}

Or, à l'exécution de mon code, je reçois l'erreur suivante :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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*** glibc detected *** double free or corruption (!prev): 0x0804a008 ***
Abandon

Bon, apparemment, il y a un stress dans mes allocations mémoires. Quelle peut bien être mon erreur ?
Merci d'avance de vos réponses.

@++

[GLDavid]

Rebonjour

J'ai corrigé le corps de ma boucle while en introduisant quelques commentaires :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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while(fgets(ligne, sizeof ligne, file)){
      if(ligne[0] != '>')
      {
         strcat(Sequence, ligne);
         printf("%s\n", Sequence);
         SIZE*=2;
         Sequence = (char *)realloc(Sequence, SIZE*sizeof(char));
         /*char *tmp = (char *)malloc(SIZE*sizeof(char));
         if(tmp==NULL){
		 	fprintf(stderr, "Memory allocation error !\n");
		 	exit(2);
		 }
         SIZE*=2;
         tmp = Sequence;
         Sequence = (char *)realloc(Sequence, SIZE*sizeof(char));
         if(Sequence==NULL){
		 	fprintf(stderr, "Memory allocation error !\n");
		 	exit(2);
		 }
         Sequence = tmp;
         free(tmp);*/
      }
   }

De cette manière, au bout d'un certain temps, j'ai quand même un segfault. A mon avis, je dois peut être solliciter trop de mémoire lors du realloc ?

@++

[GLDavid]

Bon apparemment, je sollicite trop de mémoire, je vais procéder à une autre opération

@++

[GLDavid]

:trouve:
C'était parce que je prenais une valeur trop importante de mémoire :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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#include <stdio.h>
#include <stdlib.h>
#include <string.h>
 
#define VALUE 512
 
void setSequence(char *filename){
	long SIZE = VALUE;
	char ligne[VALUE];
	char *Sequence = (char *)malloc(SIZE*sizeof(char));
	if(Sequence==NULL){
		fprintf(stderr, "Memory allocation error !\n");
		exit(2);
	}
	FILE *file = fopen(filename, "r");
	if(file==NULL){
		fprintf(stderr, "Can not access to %s\n", filename);
		exit(3);
	}
	while(fgets(ligne, sizeof ligne, file)){
      if(ligne[0] != '>')
      {
         strcat(Sequence, ligne);
         SIZE=SIZE+VALUE;
         Sequence = (char *)realloc(Sequence, SIZE*sizeof(char));
         if(Sequence==NULL){
		 	fprintf(stderr, "Memory allocation error !\n");
		 	exit(2);
		 }
      }
   }
   printf("%s\n", Sequence);
}

C'est mieux ainsi.
Merci à vous !

@++

GLDavid, autorésolveur

[fearyourself]

Ok je vais venir descendre un peu ton premier code mais c'est pour ton bien, ne m'en veux pas trop

Donc ton erreur venait d'une mauvaise gestion de tes pointeurs...

Déjà quelques remarques sur ta programmation C:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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	char *Sequence = (char *)malloc(SIZE*sizeof(char));

On ne fait plus de cast après un malloc en C...
Ensuite puisque c'est des char que tu veux, ceci suffit:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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	char *Sequence =malloc(SIZE);

Ensuite, puisque c'est une taille fixe, effectivement, une déclaration statique est plus intelligente...


Mais le vrai problème vient d'ici (j'ai viré les tests après les malloc/realloc):

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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         strcat(Sequence, ligne);
         char *tmp = (char *)malloc(SIZE*sizeof(char));
 
         SIZE*=2;
         tmp = Sequence;
         Sequence = (char *)realloc(Sequence, SIZE*sizeof(char));
 
         Sequence = tmp;
         free(tmp);

Tu viens d'allouer une zone mémoire pour tmp, tu perds cette adresse parce que tu copies la valeur du pointeur Sequence. Après le realloc, tu remets la valeur du pointeur tmp qui est maintenant sûrement invalide, du coup tu perds également la nouvelle zone mémoire de Sequence et ensuite tu fais un free sur tmp.

En gros, en l'espace de 4 instructions, tu viens de rendre 2 variables inutilisables, de perdre 2 zones mémoires allouées dynamiquement et tu viens de faire un free sur un pointeur qui n'est plus valide...

Il faudra réviser un peu ta gestion de pointeurs...

Jc

[GLDavid]

En effet, j'ai grand besoin de revoir un peu les pointeurs.
Faut dire, comme vu en préambule, que ça fait peut être.......2 ans que je n'ai plus fait de C. Trop habitué au Java, Perl et C++
Mais bon, C doit être comme le vélo, ça s'oublie pas !

@++

[Emmanuel Delahaye]

:trouve:
C'était parce que je prenais une valeur trop importante de mémoire :

• La mémoire n'est pas libérée.
• Le fichier n'est pas fermé.
• Dépassement du tableau 'Sequence'

Malgré mes corrections de base, ce code est buggé (débordement mémoire). Je l'ai instrumenté (LIM_PTR(), CHK_PTR) pour que tu puisses le constater et le corriger. Je recommande un mécanisme 'souple' comme mon module FSTR.

Code manquant et FSTR ici :

http://emmanuel-delahaye.developpez.com/clib.htm

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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#include <stdio.h>
#include <stdlib.h>
#include <string.h>
#include <assert.h>
 
#include "ed/inc/sys.h"
 
#define VALUE 512
 
static int setSequence(char const *filename)
{
   int ret = EXIT_SUCCESS;
 
   long SIZE = VALUE;
   char ligne[VALUE];
   char *Sequence = malloc(SIZE * sizeof * Sequence);
   if (Sequence != NULL)
   {
      FILE *file = fopen(filename, "r");
 
      LIM_PTR (Sequence, SIZE);
      CHK_PTR (Sequence, SIZE);
 
      if (file != NULL)
      {
         while (fgets(ligne, sizeof ligne, file) != NULL && ret == EXIT_SUCCESS)
         {
            if (ligne[0] != '>')
            {
               strcat(Sequence, ligne);
               CHK_PTR (Sequence, SIZE);
 
               SIZE = SIZE + VALUE;
               {
                  void *tmp = realloc(Sequence, SIZE * sizeof * Sequence);
                  if (Sequence != NULL)
                  {
                     Sequence = tmp;
                  }
                  else
                  {
                     fprintf(stderr, "Memory allocation error !\n");
                     ret = EXIT_FAILURE;
                  }
               }
            }
         }
         printf("%s\n", Sequence);
         fclose (file), file = NULL;
      }
      else
      {
         perror(filename);
         ret = EXIT_FAILURE;
      }
      free(Sequence), Sequence = NULL;
      assert (file == NULL);
   }
   else
   {
      fprintf(stderr, "Memory allocation error !\n");
      ret = EXIT_FAILURE;
   }
 
   assert(Sequence == NULL);
   return ret;
}
 
int main (void)
{
   char const *filename = "data.txt";
   setSequence(filename);
   return 0;
}

[GLDavid]

Ok

Merci Emmanuel pour ton aide.

@++