Discussion :

[Isabella83]

Bonjour à tous,
J'ai ecris ce petit script bash :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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#!/bin/sh
 
"ma commande a executer > output.bam"
liste1=`cat "output.bam" | cut -f 3 | cut -f1 -d ';' | sort -u`
 
"ma commande 2 a executer > output2.bam"
liste2=`cat "output2.bam" | cut -f 3 | cut -f1 -d ';' | sort -u`

Je cherche maintenant à regarder la valeur de l'intersection de mes deux listes, j'ai donc fait comme ceci :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

value=`comm -12 $liste1 $liste2 | uniq | wc -l`

Mais cela ne fonctionne pas, j'obtiens l'erreur :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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comm: opérande supplémentaire «FBgn0000057»
Saisissez «*comm --help*» pour plus d'informations.

FBgn0000057 etant un element de ma liste1 ....
Quelqu'un aurait une idée ?
Merci d'avance

[N_BaH]

Bonjour,

comm opère sur des fichiers, et vu que tu as déjà deux fichiers temporaires, on ne va pas en ajouter; mais ce ne sera pas aussi simple :
il va falloir utiliser un descripteur de fichier supplémentaire (càd, en plus de stdin, stdout et stderr)

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

while read line1; do read <&3 line2; test "$line1" = "$line2" && echo "$line1"; done <fichier1 3<fichier2

[Isabella83]

Merci pour ta réponse,
je suis débutante et je ne comprends pas tout ce que tu fais :
- à quoi correspond :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

do read <&3 line2

- que fait :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

test "$line1" = "$line2" && echo "$line1"

et enfin,
- que fait :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

done <fichier1 3<fichier2

?

Merci d'avance pour tes explications

[N_BaH]

on va commencer par la fin, car en fait c'est le début de tout

et enfin,
- que fait :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

done <fichier1 3<fichier2

pour le fichier1, regarde ceci : Comment lire un fichier
le fichier2, lui, est rédirigé vers le descripteur de fichier n° 3
il y a normalement 3 descripteur de fichiers

• stdin : 0 : l'entrée standard (typiquement le clavier)
• stdout : 1 : la sortie standard (typiquement l'écran)
• stderr : 2 : la sortie d'erreur (typiquement l'écran aussi, mais distinct de stdout, pour continuer de s'afficher à l'écran lorsque stdout est redirigé)

on peut en ajouter arbitrairement. Ici j'utilise le n°3.
c'est nécessaire car l'entrée standard de la boucle while est prise par la redirection du fichier1.

- à quoi correspond :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

do read <&3 line2

read va lire la redirection du descripteur de fichier n°3 vers lequel on a redirigé le fichier2.

- que fait :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

test "$line1" = "$line2" && echo "$line1"

bah!? c'est un test ! s'il est vrai (&&) l'action suivante est exécutée.
j'aurais pu écrire

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

if test "nanana"; then echo "bla bla"; fi

mais comme il n'ya qu'une action, j'utilise une forme courte.

[Isabella83]

Merci pour ces explications.
Mais alors je peux donner en entrée $liste1 et $liste2 ou il fait que je crée des fichiers temporaire ?

[N_BaH]

ah, oui! dis donc, j'avais zappé ce problème

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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exec 3<<eof
$(cut -f 3 output.bam | cut -f1 -d ';' | sort -u)
eof
exec 4<<eof
$(cut -f 3 output2.bam | cut -f1 -d ';' | sort -u)
eof
 
while read <&3 line1
do read <&4 line2
   test "$line1" = "$line2" && echo "$line1"
done

non mais (j'ai un peu galéré, c'est pas du bash )

deux choses encore:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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$ echo a b c | cut -f 3
a b c

il faut un délimiteur!

les commandes cut/sort étant les même utilise une fonction

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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traitement() { cut -d ' ' -f3 "$1" | cut -d';'  -f1 | sort -u;}
exec 3<<eof
$(traitement output.bam)
eof

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