il faudraittester chaque ligne de l'un des fichiers sur l'ensemble de l'autre fichier je pense !
il faudraittester chaque ligne de l'un des fichiers sur l'ensemble de l'autre fichier je pense !
Je pense qu'il faudrait tester chaque ligne de l'un des fichiers sur l'ensemble de l'autre fichier
donc, tout ce qu'on a fait jusqu'à présent ne sert à rien.
et voilà !
Code : Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part grep -f fichier_trié -c autre_fichier_trié
plus ou moins![]()
Oui mais on en revient au problème de depart, grep prend des fichiers en entrée, en la, j'ai un objet qui contient la 3é colonne du fichier .bam ...
L'idée etait de ne pas creer de fichier temporaire , est ce inévitable ?
Sinon je peux faire un "comm" ...
j'ai fait ceci, mais je pense qu'il y a un soucis dans la redaction vu que cela ne me retourne rien ...
Code : Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part
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31 #!/bin/bash exec 2>/tmp/traitement.bam.log set -x comptage() { cut -f3 "$1" | cut -d';' -f1 | sort -u | wc -l;} unset value traitement() { cut -f3 "$1" | cut -d';' -f1 | sort -u;} intersection(){ exec 3<<eof $(traitement $2) #fichier bam eof while read <&3 line1 #fichier bam if [grep '$line1' $1] then ((value++)) fi done ; echo $value; } #while read line1; do read <&3 line2; test "$line1" = "$line2" && ((value++)); done < $1; echo $value; } #bowtie -v 0 -a --best --strata --nofw --quiet transcript_liste639 -f banque_pi_02h_truncated.fasta > v0_test.bam v0=$(comptage test.bam) inter_v0=$(intersection FBgn_test.txt test.bam) echo $v0 $inter_v0
oui, mais maintenant on est sous bash, donc :
Code : Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part grep -f <(commandespourtrier fichier1) -c <(commandepourtrieraussi fichier2)
Super !!
J'aurai appris beaucoup de choses grâce a toi, merci beaucoup pour ton aide !!
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