Discussion :

[Isabella83]

il faudraittester chaque ligne de l'un des fichiers sur l'ensemble de l'autre fichier je pense !

[Isabella83]

Je pense qu'il faudrait tester chaque ligne de l'un des fichiers sur l'ensemble de l'autre fichier

[N_BaH]

donc, tout ce qu'on a fait jusqu'à présent ne sert à rien.

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

grep -f fichier_trié -c autre_fichier_trié

et voilà !
plus ou moins

[Isabella83]

Oui mais on en revient au problème de depart, grep prend des fichiers en entrée, en la, j'ai un objet qui contient la 3é colonne du fichier .bam ...
L'idée etait de ne pas creer de fichier temporaire , est ce inévitable ?
Sinon je peux faire un "comm" ...

[Isabella83]

j'ai fait ceci, mais je pense qu'il y a un soucis dans la redaction vu que cela ne me retourne rien ...

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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#!/bin/bash
 
exec 2>/tmp/traitement.bam.log
set -x
 
comptage() { cut -f3 "$1" | cut -d';'  -f1 | sort -u | wc -l;}
 
unset value
traitement() { cut -f3 "$1" | cut -d';'  -f1 | sort -u;}
 
intersection(){
exec 3<<eof
$(traitement $2) #fichier bam
eof
while read <&3 line1 #fichier bam
	if [grep '$line1' $1] 
		then ((value++))
	fi
done ;
echo $value; 
}
 
#while read line1; do read <&3 line2; test "$line1" = "$line2" && ((value++)); done < $1; echo $value; }
 
 
#bowtie -v 0 -a --best --strata --nofw --quiet transcript_liste639 -f banque_pi_02h_truncated.fasta > v0_test.bam
v0=$(comptage test.bam) 
 
inter_v0=$(intersection FBgn_test.txt test.bam)
 
echo $v0	$inter_v0

[N_BaH]

oui, mais maintenant on est sous bash, donc :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

grep -f <(commandespourtrier fichier1) -c <(commandepourtrieraussi fichier2)

[Isabella83]

Super !!
J'aurai appris beaucoup de choses grâce a toi, merci beaucoup pour ton aide !!