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Shell et commandes GNU Discussion :

intersection liste script bash


Sujet :

Shell et commandes GNU

  1. #21
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    il faudraittester chaque ligne de l'un des fichiers sur l'ensemble de l'autre fichier je pense !

  2. #22
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    Je pense qu'il faudrait tester chaque ligne de l'un des fichiers sur l'ensemble de l'autre fichier

  3. #23
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    donc, tout ce qu'on a fait jusqu'à présent ne sert à rien.

    Code : Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part
    grep -f fichier_trié -c autre_fichier_trié
    et voilà !
    plus ou moins
    N'oubliez pas de consulter les cours shell, la FAQ, et les pages man.

  4. #24
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    Oui mais on en revient au problème de depart, grep prend des fichiers en entrée, en la, j'ai un objet qui contient la 3é colonne du fichier .bam ...
    L'idée etait de ne pas creer de fichier temporaire , est ce inévitable ?
    Sinon je peux faire un "comm" ...

  5. #25
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    j'ai fait ceci, mais je pense qu'il y a un soucis dans la redaction vu que cela ne me retourne rien ...
    Code : Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part
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    #!/bin/bash
     
    exec 2>/tmp/traitement.bam.log
    set -x
     
    comptage() { cut -f3 "$1" | cut -d';'  -f1 | sort -u | wc -l;}
     
    unset value
    traitement() { cut -f3 "$1" | cut -d';'  -f1 | sort -u;}
     
    intersection(){
    exec 3<<eof
    $(traitement $2) #fichier bam
    eof
    while read <&3 line1 #fichier bam
    	if [grep '$line1' $1] 
    		then ((value++))
    	fi
    done ;
    echo $value; 
    }
     
    #while read line1; do read <&3 line2; test "$line1" = "$line2" && ((value++)); done < $1; echo $value; }
     
     
    #bowtie -v 0 -a --best --strata --nofw --quiet transcript_liste639 -f banque_pi_02h_truncated.fasta > v0_test.bam
    v0=$(comptage test.bam) 
     
    inter_v0=$(intersection FBgn_test.txt test.bam)
     
    echo $v0	$inter_v0

  6. #26
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    oui, mais maintenant on est sous bash, donc :
    Code : Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part
    grep -f <(commandespourtrier fichier1) -c <(commandepourtrieraussi fichier2)
    N'oubliez pas de consulter les cours shell, la FAQ, et les pages man.

  7. #27
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    Super !!
    J'aurai appris beaucoup de choses grâce a toi, merci beaucoup pour ton aide !!

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