Discussion :

[ocelote]

Bonjour,

je vous propose le morceau de code "fonctionnel" que j ai reussi a généré :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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dicomFilesZm = dir(fullfile(myDcmFolder, 'SLZ-*.dcm')); %recup des fichiers
dicomFilesZp = dir(fullfile(myDcmFolder, 'SLZ+*.dcm')); %recup des fichiers
 
Z = dicomFilesZm(end:-1:1); % j'inverse l'ordre des fichier 'moins' de maniere a avoir slz-2, slz-1,slz+0...
 
dicomFilesZ = [Z ; dicomFilesZp]; % matrice des nom de fichiers dans l'ordre.
 
Iz1 = fullfile(myDcmFolder, dicomFilesZ(1).name); 
v = NaN([size(dicomread(Iz1)) numel(dicomFilesZ)]); % recuperation de la taille d'une image pour créer une matrice vide.
 
for i = 1 : numel(dicomFilesZ)
    Iz = fullfile(myDcmFolder, dicomFilesZ(i).name);
    v(:,:,i) = dicomread(Iz); % je remplis la matrice v
end
 
% j'affiche mon volume en utilisant un truc trouvé sur le net :P
 
p = patch( isosurface(v,0) );
isonormals(v, p)
set(p, 'FaceColor','r', 'EdgeColor','none')
daspect([1 1 1])
 
% Je peux voir mon volume sur matlab apres un certain temps de chargement

Je ne comprends pas l'utilité de meshgrid et encore moins comment l'utiliser dans mon cas :s (pourtant j'ai lu son explication et je n'y met pas de mauvaise volonté)

ma matrice v est rempli de nombre -6092 a -800 et des brouettes certainement correspondant aux teintes de l'image. le rendu de mon code est apparemment fait pour des données binaires (tout noir pour le volume, tout blanc pr le vide)(bout de code récuperé ici)

je sens que je me rapproche de quelque chose
La visualisation 3D est quand meme tres lente : v(561*561*85)

merci

[Jerome Briot]

Avec la méthode que tu as choisie, tu n'as pas besoin de MESHGRID puisque tu ne cherches pas à obtenir des valeurs "entre" les différentes coupes.

Pour l'affichage, c'est la valeur passée à ISOSURFACE (ici 0) qui change tout.

[ocelote]

Merci,

j'ai essayé de changer la valeur de isosurface(v, 0) en 1 ou -1 et je vois toujours en noir et blanc.

[Jean Dumoncel]

C'est étonnant que tu obtiens du noir sur ta figure alors que tu lui demandes d'afficher les faces en rouge...

J'ai testé ton code avec tes images, et j'ai eu un affichage correct.

[ocelote]

:s

Tu obtiens le meme contrast qu'avec imshow ? (un peu comme une radio ?)
Peut etre est ce un probleme de mémoire de mon ordi et tout est simplifier

Message d'erreur

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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Out of memory. Type HELP MEMORY for your options.
 
Error in meshgrid (line 78)
        yy = yy(:,ones(1,nx),ones(nz,1));
 
Error in isonormals (line 53)
        [x y z] = meshgrid(1:sz(2), 1:sz(1), 1:sz(3));
 
Error in test (line 71)
  isonormals(v, p)                              %# compute and set normals

Je voulais faire ca pour simplement mieux visualiser et comprendre. La finalité de tout ca est de comparé des volumes 3D (leur enveloppe). Je voulais simplement soustraire 2 matrice et définir une sorte de coefficient de correlation avec le resultat, mais les volumes ne sont pas forcement placé de la meme maniere dans la matrice.

Avez vous une methode, si ce n'est une solution ?

[Jean Dumoncel]

isonormals(v, p) sert à améliorer la visualisation mais ce n'est pas indispensable. Essaie le code en commentant cette ligne.

La fonction isosurface permet de générer un contour (donc une surface), ce n'est pas une fonction de rendu volumique. Je dis ça par rapport à ta remarque sur imshow : isosurface n'est pas une généralisation de imshow à la 3D.

Pour ta question, je n'ai pas bien compris ce que tu souhaites faire et ou tu bloques...

[ocelote]

J'ai essayé en décommentant et en effet ma figure est bien rouge avec un jolie contraste. Elle parait plus applatit mais peu importe.

Ma question concerne l'identification d'un volume dans un autre. C'est a dire un 'gros' volume A d'une part et une parti de ce volume d'autre part B. Mon but est de pouvoir replacer B dans A.

Il existerait la fonction imregister, mais ne fonctionnant qu'avec du 2D dans ma version matlab, mais c'est quelque chose qui aurait été utile.

On peut egalement penser a les replacer en utilisant des surfaces planes et des sommets, mais sous matlab, je ne sais pas comment demander a l'utilisateur de sélectionner des points (surtout que l'affichage est au ralentit) pour en faire des marqueurs.

[Jean Dumoncel]

Pour la selections, tu peux utiliser le datacursormode, mais il n'est pas évident à manipuler.

Pour l'affichage, tu peux peut-être sous-échantilloner tes données, cela dégrade les images mais te permettra peut-etre de mieux manipuler les graphiques. Par exemple :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

p = patch( isosurface(v(1:2:end,1:2:end,1:2:end),0) );

divise par 2 la résolution.

Je crois que la bibliothèque SPM propose des outils d'alignement et de recalage.

[Jerome Briot]

Elle parait plus applatit mais peu importe.

Cela vient des réglages de la propriété DataAspectRatio (ici [1 1 1]) de l'objet Axes dans lequel est affiché le volume.

Dans ton tableau 3D sous MATLAB, l'espacement entre chaque voxel est constant (1,1,1), alors qu'en réalité cela devrait être quelque chose comme (PixelSpacing(1), PixelSpacing(2), <distance entre les coupes>)

La méthode que je préconisait prenait ça en compte directement via la matrice de passage (ligne, colonne) => (x,y,z)

Pour améliorer l'affichage, tu peux commencer par ajouter les lignes suivantes à ton code :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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set(gcf,'doublebuffer','on');
axis vis3d

Je te déconseille aussi d'utiliser de la transparence.

Pour bouger le volume, je te conseille de te servir de ces outils : View Control with the Camera Toolbar