Discussion :

[matt67]

Bonjour,

J'ai un ensemble de coupes 2D IRM DICOM axiales, contiguës et d'épaisseur 5mm et j'aimerais pouvoir sous Matlab reconstruire le volume 3D imagé en tenant compte des spécifications de dimensions précisées ci-dessus. Il est assez facile d'empiler sous forme de matrice 3D les images 2D dicom lues une à une, mais je ne vois pas comment tenir compte dans cette matrice 3D de la dimension d'épaisseur de coupe (une coupe à empiler tous les 5 mm) et de l'afficher ainsi correctement sous Matalb en tenant compte de ces dimensions...

Merci de votre aide !

[Jerome Briot]

Visualizing MRI Data :: Volume Visualization Techniques (3-D Visualization)

Il te faudra certainement jouer avec les propriétés DataAspectRatio et PlotBoxAspectRatio de l'objet Axes dans lequel tu feras la visualisation.

Note : l'efficacité du code dépendra fortement du nombre et de la taille des images.

[matt67]

Le lien que tu m'envoie je l'ai déjà vu mais en aucun cas il ne tient compte de l'épaisseur effective des coupes de cerveau, les coupes sont justes empilées à la hauteur 1, puis 2 , 3 etc... de la matrice 3D. J'ai besoin pour ma part que la matrice 3D tienne compte de l'épaisseur de coupe, souhaitant par la suite réaliser une interpolation 3D sur les distances et non les numéros de coupes...

Merci pour plus de précision

[Jerome Briot]

en aucun cas il ne tient compte de l'épaisseur effective des coupes de cerveau, les coupes sont justes empilées à la hauteur 1, puis 2 , 3 etc... de la matrice 3D.

Et alors ? Si tu sais à quelle hauteur se trouve la coupe 1, la coupe 2 ... c'est à dire, si tu as un vecteur Z qui contient toutes ces valeurs alors tu pourras quand même faire ton interpolation.

[Pingu1]

j'ai peur de dire une connerie, mais je pense que c'est à toi d'intégrer l'information de distance.

par exemple, si tu sais que pour une image (tranche de cerveau) ta résolution est de 1mm par pixel, alors il suffit de copier 5 fois cette image sur 5 lignes contigues en Z. une meilleure solution est effectivement de n'en mettre qu'une toutes les 5 lignes (toujours en Z) puis de faire une interpolation sur les 4 lignes vides. en gros, tu mets la couche 1 en position 1, la couche 2 en position 6, la 3 en position 11 (et ainsi de suite tous les 5n+1), puis entre la couche 1 et 6 tu interpoles sur les 4 couches vides.

[Jerome Briot]

Oui mais cela ne marche que si l'espacement entre pixels dans le plan des coupes vaut 1 mm... sinon