Discussion :

[fab13]

Je développe la version 3D d'un code utilisant la bibliothèque MPI (Message Passing Interface). Dans ce code, j'échange des tableaux 2D entre différents processus grâce à la fonction "MPI_Sendrecv".

Pour cela, mon tableau 3D doit être dynamiquement alloué et contigu en mémoire selon les dimensions x[size_tot_y][size_tot_x][size_tot_z]. Voici ce que j'ai essayé :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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 x = malloc(size_tot_y * sizeof(*x));
 
 for (i = 0; i < size_tot_y; i++) {
   x[i] = malloc(size_tot_x * sizeof(**x));
   for (j = 0; j < size_tot_x; j++) {
     x[i][j] = malloc(size_tot_z * sizeof(***x));
   }
 }

Malheureusement, j'ai des segmentations fault à l'exécution.

Dans la version 2D de ce code, j'alloue dynamiquement des tableaux 2D contigus de la manière suivante :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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  x0 = malloc(size_tot_y*sizeof(double*));
  x0_vals = malloc(size_tot_x*size_tot_y*sizeof(double));
 
  for(j=0;j<=size_tot_y-1;j++) {
    x0[j] = &x0_vals[j*size_tot_x];
  }

quel est selon vous la version 3D de cette allocation ?

[Neckara]

Bonjour,

Soit X, Y et Z tes dimensions, tu dois allouer :
- tab : X*Y*Z éléments ;
- tab1 : X*Y pointeurs sur tes éléments ;
Tu parcours ton tableau tab par pas de Z et tu stocke chaque adresse d'éléments sur lequels tu arrives dans le tableau tab1 ;
- tab2 : X pointeurs sur pointeurs sur tes éléments ;
Tu parcours ton tableau tab1 par pas de Y et tu stocke chaque adresse des cases sur lesquelles tu arrives dans le tableau tab2;

Soit 0 <= x < X; 0 <= y < Y; 0 <= z < Z
Utilisation : tab2[x][y][z];

[fab13]

voici ce que j'ai fait en prenant la convention pour les dimensions suivantes pour les tableaux x et X0 :

x[size_tot_y][size_tot_x][size_tot_z]
x0[size_tot_y][size_tot_x][size_tot_z]

code :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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  double*** x;
  double*** x0;
  double** x_vals1;
  double** x0_vals1;
  double* x_vals2;
  double* x0_vals2;
 
    x = malloc(size_tot_y*sizeof(double**));
  x_vals1 = malloc(size_tot_x*size_tot_y*sizeof(double*));
  x_vals2 = malloc(size_tot_x*size_tot_y*size_tot_z*sizeof(double));
  x0 = malloc(size_tot_y*sizeof(double**));
  x0_vals1 = malloc(size_tot_x*size_tot_y*sizeof(double*));
  x0_vals2 = malloc(size_tot_x*size_tot_y*size_tot_z*sizeof(double));
 
   for (i = 0; i < size_tot_y; i++) {
        x[i] = &x0_vals1[i*size_tot_x];
	x0[i] = &x0_vals1[i*size_tot_x];	
       }
   for (i = 0; i < size_tot_y; i++) {       
        for (j = 0; j < size_tot_x; j++) {
	    x[i][j] = &x_vals2[(i*size_tot_x+j)*size_tot_z];
	    x0[i][j] = &x0_vals2[(i*size_tot_x+j)*size_tot_z];
       }
     }

Malheureusement, une fois cette initialisation injectée dans le code MPI, les données produites ne sont pas correctes.

Quelqu'un voit-il l'erreur ?

[Neckara]

Tu fais un peu n'importe quoi :
Soit X, Y et Z tes dimensions, tu dois allouer :
- tab : X*Y*Z éléments ;

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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double * tab = (double *)malloc(X*Y*Z*sizeof(double) );
if( tab == NULL)
         ; //erreur d'allocation

- tab1 : X*Y pointeurs sur tes éléments ;

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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double ** tab1 = (double **)malloc(X*Y*sizeof(double *));
if(tab1 == NULL)
         ; //erreur d'allocation

Tu parcours ton tableau tab par pas de Z et tu stocke chaque adresse d'éléments sur lequels tu arrives dans le tableau tab1 ;

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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for(int i = 0, j =0; i < X*Y; ++i, j += Z)
               tab1[i] = &tab[j];
//OU
double * ptr = tab;
for(int i = 0; i < X*Y; ++i, ptr += Z)
               tab1[i] = ptr;

- tab2 : X pointeurs sur pointeurs sur tes éléments ;

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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double **tab2 = (double ***)malloc(X*sizeof(double **));
if(tab2 == NULL)
           ;//erreur d'allocation

Tu parcours ton tableau tab1 par pas de Y et tu stocke chaque adresse des cases sur lesquelles tu arrives dans le tableau tab2;

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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for(int i = 0, j =0; i < X; ++i, j += Y)
               tab2[i] = &tab1[j];
//OU
double * ptr = tab1;
for(int i = 0; i < X; ++i, ptr += Y)
               tab2[i] = ptr;