Discussion :

[bill86]

Bonjour à tous et à toutes,
En fait, comme je fais de la recherche, je me suis trouvé obligé de travailler avec le package Kappalab, et comme il est écrit en R, j'ai commencé avec des petits programmes pour tester la méthode que j'utilise et ça marche, mais après j'ai trouvé du mal à le faire tourner sur une base plus ou moins grande. Les fonctions que j'utilisais sont : rbind, cbind et overall
Je m'explique :
j'ai des données de cette forme (1400 lignes) :

0.2 0.3 0.5 0.4
0.1 0.4 0.7 0.6

le traitement qui va se faire sur ces deux lignes est le suivant :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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a<-c(0.2, 0.3, 0.5)
b<-c(0.1, 0.4, 0.7)
C<-rbind(a,b)
overall<-c(0.4,0.6)

Imaginez le traitement qui doit se faire sur 1000 lignes
Le cbind va se répéter 1000 fois! Le rbind va contenir un vecteur de taille 1000, de même pour overall

Y a t-il quelqu'un qui peut aider svp?

[vchouraki]

Bonjour,

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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?do.call
?Reduce

En utilisant avec une liste où chaque élément est un de vos vecteurs :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

test <- do.call(rbind, liste)

Même utilisation avec cbind.

HTH

Vincent

[bill86]

Merci pour ta réponse Vincent.
Mais je n'arrive pas à comprendre comment incruster cette fonction au lieu du code que j'ai mentionné.
C'est le premier code que j'écris en R, j'ai un peu cherché :
http://stat.ethz.ch/R-manual/R-patch...l/do.call.html
Mais apparemment je vais un peu perdre du temps pour faire tourner cette version avec d.call().
Si tu peux transformer ce que j'ai écris en ta version, je serais vraiment reconnaissant.
ps: j'utilise cette méthode juste pour des fins expérimentales, je dois pas passer trop de temps là dessus

[vchouraki]

Ah, j'ai peut-être été un peu rapide, j'ai considéré que chaque ligne était un élément séparé...

Sous quelle forme se présentent les données initiales (fichier texte, base de donnée, ...)?
Quelle est la classe de l'objet qui contient ces données dans R (matrice, data.frame)?

Cela pourrait peut-être être résolu avec une indexation? Du style :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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test2 <- test[, 1:3]
Overall <- test[, 4]

HTH

Vincent

[bill86]

C'est un fichier texte (1000lignes) de la forme :
0.2 0.3 0.5 0.4
0.1 0.4 0.7 0.6

Je travaille sur la ligne de commande, au début j'allais faire un programme simple en c++, qui permet d'écrire toutes les instructions (rbind, cbind et overal) pour chaque ligne, ça m'évite de les coder manuellement, et après j'allais copier/coller la sortie en ligne de commande. C'est très nul, je sais, mais c'est urgent voilà.

[vchouraki]

Dans ce cas là, il faut importer le fichier dans R avec la fonction read.table (voir l'aide pour les différents réglages) puis indexer pour extraire d'abord les trois premières colonnes puis la dernière. Ensuite on peut sauvegarder en utilisant la fonction write.table :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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?read.table
test <- read.table("/chemin/vers/fichier.txt")
write.table(test[, 1:3], file="/chemin/vers/resultat_col_1_3.txt")
write.table(test[, 4], file="/chemin/vers/resultat_col_4.txt")

Si le nombre de colonnes est variable et que l'on veut extraire toutes les colonnes sauf la dernière puis la dernière :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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write.table(test[, 1:(ncol(test) - 1)], file="/chemin/vers/resultat_col_1_3.txt")
write.table(test[, ncol(test)], file="/chemin/vers/resultat_col_4.txt")

HTH

Vincent