du point de vue mysql c'est assez simple, une table D qui ne contient qu'un id auto_increment, puis plusieurs tables / objets dont la clé primaire est une clé étrangère sur D.
une fois tes données mises dans ce format, un peu de reverse engineering avec les hibernate tools et c'est fini pour cette partie là :p
si tu ne veux pas retravailler ta base, tu as aussi l'option de rajouter la table d'origine pour différencier les ids dans ta table de mapping.
dans ce cas pas besoin de table mère, chaque classe devra par contre déclarer un set de C restreint aux éléments de sa table: il existe un attribut where pour les collections hibernate, permettant de préciser une contrainte SQL du genre:
<set name="setDeC" where="table_origine=A">
à toi de voir quelle solution tu préfères, bon courage !
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