Discussion :

[dub_julie]

Bonjour,
Je suis sous ubuntu 12.04
J'ai une application qui est configurée pour tourner avec apache 2;
Dans le fichier /etc/apache2/sites-available/default, j'avais configuré ainsi :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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RewriteEngine on
RewriteRule ^/galaxy$ /galaxy/ [R] #pour mettre mon appli dans un sub directory
RewriteRule ^/galaxy/(.*) http://localhost:8081$1 [P]
<Proxy http://localhost:8081>
Order deny,allow
Allow from all
</Proxy>

Et pour me connecter à mon application je lançais un firefox et me connectais via l'adresse : http://localhost:8081/galaxy
Maintenant j'ai configuré mon appli pour qu'elle tourne avec un job manager et plusieurs job handlers, j'ai donc ajouté les lignes suivantes dans mon fichier default et supprimé les anciennes instructions proxy:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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<Proxy balancer://galaxy>
BalancerMember http://localhost:8080
BalancerMember http://localhost:8081
BalancerMember http://localhost:8082
BalancerMember http://localhost:8083
</Proxy>

J'ai remplacé cette ligne :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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RewriteRule ^/galaxy(.*) http://localhost:8081$1 [P]

par ces lignes :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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RewriteRule ^/galaxy(.*) balancer://galaxy$1 [P]
RewriteRule ^/galaxy/admin/jobs(.*) http://localhost:8079/admin/jobs$1 [P]

J'ai deux questions :
1. Quelle adresse dois-je taper dans mon navigateur pour accéder à mon appli dans le cas de multi job handler ? Est-ce localhost/galaxy ou localhost/8079 (le job manager) ? ou autre chose?
2. Ma configuration est-elle bonne car quand je lance mon appli ca ne semble pas me lancer correctement les modes handling : comme je suis dans un subderectory "galaxy", dois-je écrire :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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RewriteRule ^/galaxy/admin/jobs(.*) http://localhost:8079/admin/jobs$1 [P]

ou

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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RewriteRule ^/galaxy/admin/jobs(.*) http://localhost:8079/galaxy/admin/jobs$1 [P]?

Faut-il que je remette les anciennes instructions de proxy <Proxy localhost> sans préciser le port cette fois ou en précisant juste le port manager ?
Merci d'avance.
julie

[dub_julie]

Quand je dis que le lancement de mon application ne lance pas les modes handling, je veux dire :
l'appli est configurée de telle sorte que lorsqu'on tape la commande dans un terminal :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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GALAXY_RUN_ALL=1 sh run.sh --daemon

le terminal devrait afficher :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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Handling web0 with log file web0.log...
Entering daemon mode
Handling web1 with log file web1.log...
Entering daemon mode
Handling manager with log file manager.log...
Entering daemon mode
Handling handler0 with log file handler0.log...
Entering daemon mode
Handling handler1 with log file handler1.log...
Entering daemon mode

Or mon terminal n'affiche que :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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Entering daemon mode

sans aucune autre précision et me rend la main.
C'est pour cela que je pense qu'au delà du fait que je ne sais pas quelle adresse taper dans mon navigateur, il y a aussi un problème de configuration d'apache qui empeche l'utilisation du mode handling.

[_Mac_]

L'URL à demander dans ton navigateur ne change pas, c'est l'adresse IP et le port d'Apache (qu'on ne connaît pas).

Au passage, deux éléments :

1. Il faut que tu inverses tes 2 RewriteRule pour la connexion à l'interface d'administration :
   

   Code :

   Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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   RewriteRule ^/galaxy/admin/jobs(.*) http://localhost:8079/admin/jobs$1 [P]
   RewriteRule ^/galaxy(.*) balancer://galaxy$1 [P]

   car le filtre ^/galaxy(.*) matche aussi l'URL d'administration donc pour celle-ci tu passais systématiquement par le proxy balancer.
2. Dans ta première configuration, tu as certes configurer un reverse proxy sur Apache mais tu ne l'as jamais utilisé car si je lis bien ta configuration, ton reverse proxy renvoie sur le port 8081 qui est celui de l'application donc demander http://localhost:8081/galaxy fait accéder Firefox directement sur ton application, jamais Apache...

[dub_julie]

Bonjour et merci pour votre réponse, je vais la reprendre point par point si vous le permettez:

L'URL à demander dans ton navigateur ne change pas, c'est l'adresse IP et le port d'Apache (qu'on ne connaît pas).

Avant la configuration balancer, je me connectais à mon appli via cette adresse :
http://localhost:8081/galaxy

Maintenant que le port 8081 fait parti des ports du balancer, je ne peux plus l'utiliser et donc je pensais me connecter simplement par :
http://localhost/galaxy, est-ce la bonne façon ?

Il faut que tu inverses tes 2 RewriteRule pour la connexion à l'interface d'administration :

C'est fait, mais je ne peux pas me conecter à mon appli :
http://localhost/galaxy renvoit la page "Internal Server Error"
et http://localhost:8079/galaxy/admin/jobs renvoit la page "Enable to connect"

Sauriez-vous donc ce qui cloche dans ma config ?
Ou auriez-vous un livre , une documentation à me conseiller, il est vrai que je découvre apache et son administration depuis seulement une semaine et j'ai mis ce genre de chose en place en suivant le tutoriel de l'application, mais les personnes qui la maintiennent n'ont pas encore su me répondre sur ce problème.

D'avance merci.
Julie

[dub_julie]

Petite rectification, (j'avais oublié un restart apache),
quand je tape http://localhost:8079/galaxy/admin/jobs, j'obtiens également la page "Internal Server Error"

[_Mac_]

Maintenant que le port 8081 fait parti des ports du balancer, je ne peux plus l'utiliser et donc je pensais me connecter simplement par :
http://localhost/galaxy, est-ce la bonne façon ?

A condition que le port d'Apache soit le port 80. Il faut regarder la configuration d'Apache : que vaut la directive Listen ? Dedans, tu trouves le port d'écoute d'Apache, le port à mettre dans tes URL.

C'est fait, mais je ne peux pas me conecter à mon appli :
http://localhost/galaxy renvoit la page "Internal Server Error"

Qu'y a-t-il dans les logs d'erreur d'Apache ?

[dub_julie]

que vaut la directive Listen ?

Elle vaut 80 effectivement.
Donc j'ai déjà la bonne façon de me connecter à mon appli. Merci

Qu'y a-t-il dans les logs d'erreur d'Apache ?

Dans le fichier access.log :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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127.0.0.1 - - [29/May/2012:09:23:22 +0200] "GET /galaxy HTTP/1.1" 302 532 "-" "Mozilla/5.0 (X11; Ubuntu; Linux x86_64; rv:12.0) Gecko/20100101 Firefox/12.0"
127.0.0.1 - - [29/May/2012:09:23:22 +0200] "GET /galaxy/ HTTP/1.1" 500 598 "-" "Mozilla/5.0 (X11; Ubuntu; Linux x86_64; rv:12.0) Gecko/20100101 Firefox/12.0"
127.0.0.1 - - [29/May/2012:09:23:22 +0200] "GET /favicon.ico HTTP/1.1" 404 500 "-" "Mozilla/5.0 (X11; Ubuntu; Linux x86_64; rv:12.0) Gecko/20100101 Firefox/12.0"

Dans le fichier error.log j'avais:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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[Tue May 29 09:20:19 2012] [notice] Apache/2.2.22 (Ubuntu) configured -- resuming normal operations
[Tue May 29 09:23:22 2012] [warn] proxy: No protocol handler was valid for the URL /galaxy/. If you are using a DSO version of mod_proxy, make sure the proxy submodules are included in the configuration using LoadModule.
[Tue May 29 09:23:22 2012] [error] [client 127.0.0.1] File does not exist: /var/www/favicon.ico

j'ai donc vérifié que mod_proxy était enable et je me suis aperçu que proxy_http ne l'étais pas.
Je l'ai donc rendu valide et retenté la connexion, j'arrive maintenant sur une page me disant :
Service temporarily Unavailable
Voici maintenant le contenu de mon fichier error.log :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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[Tue May 29 09:37:17 2012] [notice] Apache/2.2.22 (Ubuntu) configured -- resuming normal operations
[Tue May 29 09:37:32 2012] [error] (111)Connection refused: proxy: HTTP: attempt to connect to 127.0.0.1:8083 (localhost) failed
[Tue May 29 09:37:32 2012] [error] ap_proxy_connect_backend disabling worker for (localhost)
[Tue May 29 09:37:32 2012] [error] (111)Connection refused: proxy: HTTP: attempt to connect to 127.0.0.1:8082 (localhost) failed
[Tue May 29 09:37:32 2012] [error] ap_proxy_connect_backend disabling worker for (localhost)
[Tue May 29 09:37:32 2012] [error] (111)Connection refused: proxy: HTTP: attempt to connect to 127.0.0.1:8081 (localhost) failed
[Tue May 29 09:37:32 2012] [error] ap_proxy_connect_backend disabling worker for (localhost)
[Tue May 29 09:37:32 2012] [error] (111)Connection refused: proxy: HTTP: attempt to connect to 127.0.0.1:8080 (localhost) failed
[Tue May 29 09:37:32 2012] [error] ap_proxy_connect_backend disabling worker for (localhost)

Je ne comprends pas trop ce que ça signifie.

Merci
Julie

[_Mac_]

Ca signifie que Tomcat n'écoute pas sur les ports 8080, 8081, etc. Peut-être un problème de pare-feu.

[dub_julie]

bonjour,
merci pour votre réponse mais je n'ai pas de pare-feu !
Y aurait-il une option que j'aurai oublié d'activer ? ou un paramétrage mal fait dans apache?
merci

[_Mac_]

Je répète :

Ca signifie que Tomcat n'écoute pas sur les ports 8080, 8081, etc.

Donc la première à voir c'est la configuration de tes serveurs Tomcat.

[dub_julie]

Ma config est la suivante (pour Apache et non tomcat)
Dans ports.conf :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

Listen 80

Dans Default :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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RewriteEngine on
RewriteRule ^/galaxy$ /galaxy/ [R] #pour mettre mon appli dans un sub directory
RewriteRule ^/galaxy/admin/jobs(.*) http://localhost:8079/admin/jobs$1 [P]
RewriteRule ^/galaxy(.*) balancer://galaxy$1 [P]
 
<Proxy balancer://galaxy>
BalancerMember http://localhost:8080
BalancerMember http://localhost:8081
BalancerMember http://localhost:8082
BalancerMember http://localhost:8083
</Proxy>

Je n'ai rien d'autre. Pendant un temps j'avais essayé en ajoutant en plus de tout ça :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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<Proxy http://localhost>
Order deny,allow
Allow from all
</Proxy>

Mais ça ne changeait rien donc je ne l'ai pas gardé.

Merci
Julie

[_Mac_]

Si tu mets :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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BalancerMember http://localhost:8080
BalancerMember http://localhost:8081
BalancerMember http://localhost:8082
BalancerMember http://localhost:8083

c'est que tu as 4 serveurs Galaxy (je parle de Tomcat mais je peux me tromper) qui écoutent sur les ports 8080, 8081, 8082 et 8083. Les traces d'erreurs suggèrent qu'il n'y a justement rien qui écoute sur ces 4 ports. Donc la question est de savoir pourquoi il n'y a rien qui écoute sur ces ports. Où sont ces 4 serveurs Galaxy et sont-ils configurés pour écouter sur ces ports ?

[dub_julie]

Bonjour,

En fait galaxy n'est pas tomcat mais une application de traitement de données de séquençage.
Bref, cette application se lance via un script shell qui fait appel à un fichier de configuration contenant les lignes suivantes :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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[server:web0]
use = egg:Paste#http
port = 8080
host = 127.0.0.1
use_threadpool = true
threadpool_workers = 7
 
[server:web1]
use = egg:Paste#http
port = 8081
host = 127.0.0.1
use_threadpool = true
threadpool_workers = 7
 
...

puis

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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[server:manager]
use = egg:Paste#http
port = 8079
host = 127.0.0.1
use_threadpool = true
threadpool_workers = 5

ensuite :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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 [server:handler0]
use = egg:Paste#http
port = 8090
host = 127.0.0.1
use_threadpool = true
threadpool_workers = 5
 
[server:handler1]
use = egg:Paste#http
port = 8091
host = 127.0.0.1
use_threadpool = true
threadpool_workers = 5
 
...

et enfin :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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job_manager = manager
job_handlers = handler0,handler1,...
default_job_handlers = handler0,handler1,...

la partie du script shell qui nous intéresse est la suivante :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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if [ -n "$GALAXY_RUN_ALL" ]; then
    servers=`sed -n 's/^\[server:\(.*\)\]/\1/  p' universe_wsgi.ini | xargs echo`
    daemon=`echo "$@" | grep -q daemon`
    if [ $? -ne 0 ]; then
        echo 'ERROR: $GALAXY_RUN_ALL cannot be used without the `--daemon` or `--stop-daemon` arguments to run.sh'
        exit 1
    fi
    for server in $servers; do
        echo "Handling $server with log file $server.log..."
        python ./scripts/paster.py serve universe_wsgi.ini --server-name=$server --pid-file=$server.pid --log-file=$server.log $@
    done

Donc apparement déjà, étant donné que je ne vois pas aaparaitre dans ma console suite au lancement du script, les phrases :
Handling web0 with log file web0.log...

C'est que mon problème ne viendrait pas d'apache mais du fait qu'il n'arrive pas à lire dans mon fichier de config le fait qu'il y a plusieurs serveurs configuré.

Si vous pensez que ce n'est pas ça, avez-vous une autre idée ?
Merci

[_Mac_]

C'est que mon problème ne viendrait pas d'apache mais du fait qu'il n'arrive pas à lire dans mon fichier de config le fait qu'il y a plusieurs serveurs configuré.

C'est ce que je pense aussi.

[dub_julie]

Merci de votre aide.
J'ai avancé.
Julie