Extraire une partie des résultats de table()

**jane40** · 24/05/2012, 11h30

Bonjour,

J'utilise table() pour trouver le nombre d'éléments (mutations) qui se trouvent dans différentes catégories (des bandes cytogénétiques)

Pour cela, j'utilise :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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table(data_loh$cytoband)
 
 10p11.1 10p11.21 10p11.22  10p12.1  10p12.2 10p12.31    10p13    10p14 
       0        0        0        0        0        0        0        0 
 10p15.1  10p15.3 10q11.21 10q11.22 10q11.23  10q21.1  10q21.3  10q22.1 
       0        0        0        0        2        1        0        0 
 10q22.2  10q22.3  10q23.1  10q23.2 10q23.31 10q23.32 10q23.33  10q24.1 
       0        0        2        0        0        0        0        1 
 10q24.2 10q24.31  10q25.1 10q26.12 10q26.13  10q26.3 11p11.12  11p11.2 
       0        1        0        0        0        0        0        0 
   11p12  11p14.1  11p14.2  11p14.3  11p15.1  11p15.2  11p15.3  11p15.4 
       0        0        0        0        0        0        0        0 
 11p15.5    11q11  11q12.1  11q12.2  11q12.3  11q13.1  11q13.2  11q13.3 
       0        0        0        0        0        1        0        0 
 11q13.4  11q13.5  11q14.2  11q14.3  11q22.2  11q22.3  11q23.1  11q23.2 
       0        0        0        0        0        0        0        1 
 11q23.3  11q24.1  11q24.2  11q24.3  12p11.1  12p12.1  12p12.3  12p13.2 
       0        0        0        0        0        0        0        1 
12p13.31 12p13.32 12p13.33    12q12 12q13.11 12q13.12 12q13.13  12q13.2 
       0        0        0        0        0        0        0        0 
 12q13.3  12q14.2  12q23.2  12q23.3 12q24.11 12q24.12 12q24.13 12q24.23 
       0        0        0        1        0        0        0        0 
....

Les bandes où il y a 0 mutation ne m'intéressent pas. J'ai donc un résultat plus concis avec :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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table(as.character(data_loh$cytoband))
 
10q11.23  10q21.1  10q23.1  10q24.1 10q24.31  11q13.1  11q23.2  12p13.2 
       2        1        2        1        1        1        1        1 
 12q23.3  13q13.3 13q14.11 13q14.13  14q32.2 14q32.31  15q15.1  15q24.1 
       1        1        1        1        1        1        7        1 
 16p11.2  16p13.3  16q22.1  17p13.1  17p13.2  17q11.2    17q12 17q21.32 
       2        2        2        1        1        1        2        7 
18p11.32 19p13.11 19p13.12  19p13.3 19q13.12  19q13.2 19q13.31 19q13.32 
       1        2        2        1        1        2        1        1 
 1p36.13  1p36.31   1q23.1   1q25.2   1q32.1 20q13.33  21q22.3  22q12.1 
       2        1        1        1        1        1        1        1 
 22q13.1  22q13.2 22q13.31   2p11.1   2p13.1     2p21     2q35   2q37.1 
       2        1        1        1        1        1        2        1 
  3p12.3   3q27.3  4q21.21  4q21.22  4q21.23   4q21.3   4q22.1   4q22.2 
       2        1        4        2        6        1       14        1 
  4q22.3     4q23     4q24     4q25     4q26     4q27   4q28.1   4q28.2 
       5        9       23       20       22        5       11        6 
  4q31.1  4q31.21  4q31.22  4q31.23   4q31.3   4q32.1   4q32.2   4q32.3 
       3        9        4        1       18        4        5       24 
    4q33   4q34.1   4q34.2   4q34.3   4q35.1   4q35.2   5q14.3   5q23.2 
       1        3        6        6       32       10        1        1 
  5q33.1   5q35.3   6p12.1   6p21.1   6p22.1     6q21  7q11.21  7q11.23 
       1        1        1        1        1        1        1        1 
  8p23.1   8q12.1   8q13.3  8q24.11   9p11.2   9p21.2     9q13   9q31.3 
       3        1        1        1        1        1        1        2 
  9q34.2     Xq23 
       2        1

A présent, je ne souhaite conserver que les éléments avec plus de 1 mutation, et c'est là mon problème. J'essaie :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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table(data_loh$cytoband[which(table(data_loh$cytoband)>1)])
 
 10p11.1 10p11.21 10p11.22  10p12.1  10p12.2 10p12.31    10p13    10p14 
       0        0        0        0        0        0        0        0 
 10p15.1  10p15.3 10q11.21 10q11.22 10q11.23  10q21.1  10q21.3  10q22.1 
       0        0        0        0        0        0        0        0 
 10q22.2  10q22.3  10q23.1  10q23.2 10q23.31 10q23.32 10q23.33  10q24.1 
       0        0        0        0        0        0        0        0 
 10q24.2 10q24.31  10q25.1 10q26.12 10q26.13  10q26.3 11p11.12  11p11.2 
       0        0        0        0        0        0        0        0 
   11p12  11p14.1  11p14.2  11p14.3  11p15.1  11p15.2  11p15.3  11p15.4 
       0        0        0        0        0        0        0        0 
 
table(as.character(data_loh$cytoband[which(table(data_loh$cytoband)>1)]))

Ou :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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table(as.character(data_loh$cytoband[which(table(data_loh$cytoband)>1)]))
 
16p11.2  2p11.1  3p12.3 4q21.21    4q24    4q25    4q27  4q28.2  4q31.3  4q32.1 
      1       1       1       1       1       2       1       1       1       2 
 4q32.3  4q35.1 
      1       2

Et autres... Mais j'ai fini par m'embrouiller dans table() et which...
Est-il possible d'extraire des éléments de table(), en conservant le nombre d'éléments et la catégorie ? Ou faut-il le faire "à la main", dans une boucle ?

Merci d'avance,
Jane

**A. D.** · 24/05/2012, 14h49

Bonjour,

Est-ce que ceci fonctionne ?

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

table(data_loh$cytoband)[ which( table(data_loh$cytoband) > 1 ) ]

Cordialement,

A.D.

**jane40** · 24/05/2012, 15h40

Envoyé par A. D.

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

table(data_loh$cytoband)[ which( table(data_loh$cytoband) > 1 ) ]

ça marche bien, merci. Le seul petit bémol est que je "perds" la catégorie quand j'écris les résultats dans un fichier :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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instabilite_loh=table(data_loh_instab$cytoband)[ which(table(data_loh_instab$cytoband) > 1 ) ]
ou instabilite_loh=table(as.character(data_loh_instab$cytoband))[ which( table(as.character(data_loh_instab$cytoband)) > 1 ) ]
write.table(instabilite_loh,"~/Code/SNPCalling/patient1/traite/instabilite_gar",quote=FALSE,row.names=FALSE, col.names=TRUE,sep="\t")
x
32
24
23
22
20
18
14
11
10
9
9
7
7
...

Alors qu'avec :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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instabilite_loh=table(data_loh_instab$cytoband)
write.table(instabilite_loh,"~/Code/SNPCalling/patient1/traite/instabilite_gar",quote=FALSE,row.names=FALSE, col.names=TRUE,sep="\t")
Var1	Freq
4q35.1	32
4q32.3	24
4q24	23
4q26	22
4q25	20
4q31.3	18
4q22.1	14
4q28.1	11
4q35.2	10
4q23	9
4q31.21	9
15q15.1	7
...

Sinon, il me reste à présent une dernière chose à faire, où je suis bloquée à cause de table().
Etant donné que plus une bande est grande, plus il est probable qu'il y ait une mutation, je souhaite diviser les fréquences par les longueurs des bandes. Je voudrais avoir un fichier résultat du type :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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Var1	Freq  Freq_normalisée
4q35.1	32  32/taille
4q32.3	24  24/taille...
4q24	23
4q26	22
4q25	20
4q31.3	18
4q22.1	14
4q28.1	11
4q35.2	10
4q23	9
4q31.21	9
15q15.1	7

Je ne pense pas que table() me permette ceci. J'essaie d'intégrer les résultats de table() dans un data.frame afin de manipuler les données comme je le souhaite dans la suite, mais je ne parviens pas à séparer les 2 infos...

temp=data.frame(instabilite_loh)
dim(temp)
[1] 42 1

Est-il possible de sauvegarder les catégories et les fréquences dans une variable à 2 dimensions ?

Merci,
Jane

**A. D.** · 24/05/2012, 16h16

Re-bonjour,

Pour les catégories qui "disparaissent" dans le fichier de sortie, il faut passer l'argument "row.names" à TRUE :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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instabilite_loh<-table(data_loh$cytoband)[ which( table(data_loh$cytoband) > 1 ) ]
write.table(instabilite_loh,"~/Code/SNPCalling/patient1/traite/instabilite_gar",quote=FALSE,row.names=TRUE, col.names=TRUE,sep="\t")

Ensuite, pour votre autre question, je ne suis pas sûre d'avoir bien compris : vous souhaitez diviser chacune des valeurs de votre tableau par l'effectif total du tableau?
Si oui, vous pouvez utiliser la fonction "prop.table" comme suit :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

prop.table( table(data_loh$cytoband)[ which( table(data_loh$cytoband) > 1 ) ] )

Sinon pour sauver les infos (catégories et valeurs) dans deux variables différentes :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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instabilite_loh<-table(data_loh$cytoband)[ which( table(data_loh$cytoband) > 1 ) ]
 
valeurs_instabilite_loh<-as.numeric(instabilite_loh)
 
categories_instabilite_loh<-row.names(instabilite_loh)

En espérant que ceci vous aide, sinon n'hésitez pas à donner plus de précisions.

Cordialement,

A.D.

**jane40** · 25/05/2012, 09h44

Envoyé par A. D.

Re-bonjour,

Ensuite, pour votre autre question, je ne suis pas sûre d'avoir bien compris : vous souhaitez diviser chacune des valeurs de votre tableau par l'effectif total du tableau?
Si oui, vous pouvez utiliser la fonction "prop.table" comme suit :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

prop.table( table(data_loh$cytoband)[ which( table(data_loh$cytoband) > 1 ) ] )

Bonjour,

Je ne veux pas diviser mes fréquences par l'effectif total, je veux "normaliser" mon nombre de mutations.
Exemple : Une zone de 100 mutations dans une bande cytogénétique de 1000 nucléotides ne sera pas plus "grave" qu'une zone de 10 mutations dans une bande de 50 nucléotides.
Je veux connaître mon nombre de mutations, rapporté à la longueur de la zone considérée, pour comparer des zones de manière indépendante de leur longueur. J'espère que c'est clair

Sinon pour sauver les infos (catégories et valeurs) dans deux variables différentes :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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instabilite_loh<-table(data_loh$cytoband)[ which( table(data_loh$cytoband) > 1 ) ]
 
valeurs_instabilite_loh<-as.numeric(instabilite_loh)
 
categories_instabilite_loh<-row.names(instabilite_loh)

C'est tout à fait ce qu'il me fallait, merci

Extraire une partie des résultats de table()

R

Vue hybride

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