Bonjour,

Etudiante en stage, je me retrouve bloquée par le package ade4 que je n'arrive pas à utiliser...
Je dois effectuer une ACP sur codage flou sur mon tableau qui contient 34 variables de traits biologiques, 203 stations hydrologiques (individus), et une variable qualitative illustrative (nom des hydroécorégions auxquelles appartiennent les stations).

Mon gros souci est que je n'arrive pas à réaliser cette ACP floue.
Voici mes lignes de commandes et les messages de R, sachant que ma variable illustrative est dans la colonne numéro 2 :
Code : Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part
1
2
3
4
> C<-read.csv("Calcul matriciel.csv",header=T,row.names=1)
>C
>C.fuzzy<-prep.fuzzy.var(C[,2:36],col.blocks=34)
Erreur dans `[.data.frame`(C, , 2:36) : undefined columns selected
Mes colonnes sont pourtant bien définies... Quand je réalise cette ligne de commande sans ma variable, elle s'exécute parfaitement, mais ensuite, impossible de réaliser mon ACP floue (dudi.fpca) sur mon tableau, le même message d'erreur s'affiche.
Je ne sais pas quoi faire ...

De plus si quelqu'un sait comment on inclut des ellipses sous ade4 (en prenant donc ma variable illustrative ...), et comment on enlève les numéros des stations pour ne garder que des points, et les ellipses avec le nom de la HER concernée et une couleur pour chaque HER et ses stations ... Eh bien je suis grandement preneuse !!!

Pour info, voici le script sous FactomineR pour une simple ACP que j'essaie de reproduire sous Ade4 pour une ACP floue :
Code : Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part
1
2
3
4
5
6
7
>acp<-read.csv("ACP abondance.csv",header=T)
>acp
>res.pca<-PCA(acp[,3:354],scale.unit=TRUE,ncp=5,graph=T)
>res.pca<-PCA(acp,scale.unit=TRUE,ncp=5,quali.sup=2,graph=T) 
>concat<-cbind.data.frame(acp[,2],res.pca$ind$coord)
>ellipse.coord<-coord.ellipse(concat,bary=T)
>windows();plot.PCA(res.pca,axes=c(1, 2), choix="ind", habillage=2,ellipse=ellipse.coord,label = list("quali"), cex =1, cex.axis =0.8, cex.label =1,cex.lab = 1, ylim = c(-10,10), xlim = c(-20,20),title="ACP centrée sur les abondances")
Merci d'avance à ceux qui prendront le temps de me lire et de me répondre !

Bonne soirée,

Lucile