ACP floue et package ade4

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Bonjour,

Etudiante en stage, je me retrouve bloquée par le package ade4 que je n'arrive pas à utiliser...
Je dois effectuer une ACP sur codage flou sur mon tableau qui contient 34 variables de traits biologiques, 203 stations hydrologiques (individus), et une variable qualitative illustrative (nom des hydroécorégions auxquelles appartiennent les stations).

Mon gros souci est que je n'arrive pas à réaliser cette ACP floue.
Voici mes lignes de commandes et les messages de R, sachant que ma variable illustrative est dans la colonne numéro 2 :
Code:

1 2 3 4 > C<-read.csv("Calcul matriciel.csv",header=T,row.names=1) >C >C.fuzzy<-prep.fuzzy.var(C[,2:36],col.blocks=34) Erreur dans `[.data.frame`(C, , 2:36) : undefined columns selected
Mes colonnes sont pourtant bien définies... Quand je réalise cette ligne de commande sans ma variable, elle s'exécute parfaitement, mais ensuite, impossible de réaliser mon ACP floue (dudi.fpca) sur mon tableau, le même message d'erreur s'affiche.
Je ne sais pas quoi faire ...

De plus si quelqu'un sait comment on inclut des ellipses sous ade4 (en prenant donc ma variable illustrative ...), et comment on enlève les numéros des stations pour ne garder que des points, et les ellipses avec le nom de la HER concernée et une couleur pour chaque HER et ses stations ... Eh bien je suis grandement preneuse !!!

Pour info, voici le script sous FactomineR pour une simple ACP que j'essaie de reproduire sous Ade4 pour une ACP floue :
Code:

1 2 3 4 5 6 7 >acp<-read.csv("ACP abondance.csv",header=T) >acp >res.pca<-PCA(acp[,3:354],scale.unit=TRUE,ncp=5,graph=T) >res.pca<-PCA(acp,scale.unit=TRUE,ncp=5,quali.sup=2,graph=T) >concat<-cbind.data.frame(acp[,2],res.pca$ind$coord) >ellipse.coord<-coord.ellipse(concat,bary=T) >windows();plot.PCA(res.pca,axes=c(1, 2), choix="ind", habillage=2,ellipse=ellipse.coord,label = list("quali"), cex =1, cex.axis =0.8, cex.label =1,cex.lab = 1, ylim = c(-10,10), xlim = c(-20,20),title="ACP centrée sur les abondances")
Merci d'avance à ceux qui prendront le temps de me lire et de me répondre !

Bonne soirée,

Lucile

24/04/2012, 17h43
MMDM12

Bonjour,
Tu peux peut-être commencer par vérifier ta fonction

Code:

read.table

en lui spécifiant le séparateur de colonnes qui est un ";" pour les fichiers csv. Par exemple :

Code:

c <- read.table("monFic.csv", sep=";", dec=".",header=3) où dec indique le séparateur decimal et sep celui des colonnes

Sinon, sur l'utilisation de ADE4, il y a ce lien qui contient pas mal de choses.
Bonne continuation.

Bonjour !

Et merci pour le lien, il m'a permis de trouver pas mal de lignes de commandes !!

Par contre je suis bloquée en un point :

Je dois maintenant réaliser mon ACP floue sur chacun de mes traits. Certains traits ont 3 à 8 variables, mais j'en ai un qui n'a que deux variables ... Et mon gros souci, c'est qu'il m'est impossible de réaliser mon ACP, R "refuse"...
Code:

1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 > C<-read.csv("cycle.csv",header=T,row.names=1,dec=",") > her<-C$HER.2 > traits<-C[,c("Inf_1an","Sup_1an")] > C.fuzzy<-prep.fuzzy.var(traits,col.blocks=2) > C.fpca<-dudi.fpca(C.fuzzy) Select the number of axes: 2 > C.fpca Duality diagramm class: pca dudi $call: dudi.pca(df = df, row.w = row.w, col.w = col.w, center = TRUE, scale = FALSE, scannf = scannf, nf = nf) $nf: 1 axis-components saved $rank: 1 eigen values: 0.02526 vector length mode content 1 $cw 2 numeric column weights 2 $lw 203 numeric row weights 3 $eig 1 numeric eigen values data.frame nrow ncol content 1 $tab 203 2 modified array 2 $li 203 1 row coordinates 3 $l1 203 1 row normed scores 4 $co 2 1 column coordinates 5 $c1 2 1 column normed scores other elements: cent norm blo indica FST inertia > C.fpca$FST inertia max FST FV1 0.02526485 0.4866933 0.05191124 > scatter(dudi.fpca(C.fuzzy,scann=FALSE,nf=2),csub=0.8,clab.row=1,clab.col=0.8) Erreur dans `[.data.frame`(x$li, , c(xax, yax)) : undefined columns selected > windows();s.label(C.fpca$li, xax = 1, yax = 2,clabel=0,boxes=F,pch=5,cpoint=1,possub="topleft",sub = "ACP floue des traits biologiques") Erreur dans scatterutil.base(dfxy = dfxy, xax = xax, yax = yax, xlim = xlim, : Non convenient selection for yax
Le problème c'est que quand il me demande de choisir le nombre d'axes, je marque 2, mais le graph des valeurs propres me renvoie un seul et unique axe de 100% ... Donc je ne peux rien faire avec cela.
Et quand je rentre un seul axe

Code:

> windows();s.label(C.fpca$li, xax = 1, yax = 1,clabel=0,boxes=F,pch=5,cpoint=1,possub="topleft",sub = "ACP floue des traits biologiques")

cela me sort un graphique avec les points alignés en une droite montante passant par l'origine ...

Comment cela se fait-il ? Quel type d'info puis-je sortir de cela ?

Merci à ceux qui auront le courage de me conseiller !!

Lucile