Discussion :

[kwz_-]

Bonjour,
Je vous écris car je suis un peu en galère avec les fonctions macros/plugins de ImageJ.

En effet, je voudrais soustraire une image (Background) avec une autre image (via la fonction ImageCalculator) et faire ceci pour toutes les images qui se trouvent dans un répertoire donné. Je n'arrive pas à trouver les commandes pour automatiser tout ceci, je suis tombé sur un topic où une personne avait les mêmes intentions et qui a donné ses lignes de commandes (voir ci-dessous) mais je n'arrive pas à le faire marcher ...


http://www.developpez.net/forums/d10...ge-calculator/

Si quelqu'un pouvait m'aider pour écrire les lignes de commandes ça serait sympa

Merci d'avance pour vos réponses !

[onylink]

Salut,

Si ton image "background" est toujours la même, je te propose le code suivant :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
import ij.IJ;
import ij.ImagePlus;
import ij.plugin.ImageCalculator;
import ij.plugin.PlugIn;
import java.io.File;
import javax.swing.JFileChooser;
import javax.swing.JFrame;
 
 
public class TESTPlugin_ implements PlugIn{
 
	public void run(String arg) {
		ImageCalculator ic = new ImageCalculator();
		String directory = directoryChooser();
		String nameimageref = fileChooser();
		File[] listeFichiers; 		
		File repertoire = new File(directory); 		
		listeFichiers = repertoire.listFiles();
 
		ImagePlus impbackground = new ImagePlus(nameimageref);
		ImagePlus imp = new ImagePlus();
		ImagePlus impResult = new ImagePlus();
		for (File imgname : listeFichiers) {
			imp = new ImagePlus(imgname.getPath());
			impResult = ic.run("Subtract create",imp ,impbackground);
			impResult.setTitle("Result_"+imp.getTitle());
			saveImg(impResult, directory);
		}
		IJ.showStatus("Done...");
	}
 
	public void saveImg(ImagePlus imp, String path) {
		String fname = path +"\\" +imp.getTitle();
		IJ.save(imp, fname);
    }
 
	public String directoryChooser()
	{
		JFileChooser choix = new JFileChooser();
		choix.setFileSelectionMode(JFileChooser.DIRECTORIES_ONLY);
		int retour = choix.showOpenDialog(new JFrame());
		if(retour == JFileChooser.APPROVE_OPTION) {
			return choix.getSelectedFile().getAbsolutePath();
		} else {
			return "Le dossier n'a pas été choisi!"; }
	}
 
	public String fileChooser()
	{
		JFileChooser choix = new JFileChooser();
		int retour = choix.showOpenDialog(new JFrame());
		if(retour == JFileChooser.APPROVE_OPTION) {
			return choix.getSelectedFile().getAbsolutePath();
		} else {
			return "L'image n'a pas étée choisie !"; }
	}
}

Tu trouveras ici (http://imagejdocu.tudor.lu/doku.php?..._eclipse_howto) comment faire le plugin sous eclipse pour imageJ.


Le plugin est basique, il te demande le dossier à traiter puis l'image background et il enregistre les résultats dans le dossier traiter.

Je pense qu'avec cette base tu pourras déjà faire pas mal de chose.

[kwz_-]

Ouki , je te remercie, je vais aller essayer cela et je te tiens au courant !

[kwz_-]

bon j'ai suivi le tutorial, mais j'arrive à un problème. Après avoir choisi le dossier et l'image (background) j'ai un message d'erreur


java.lang.NullPointerException
at ij.plugin.ImageCalculator.createNewImage(ImageCalculator.java:253)
at ij.plugin.ImageCalculator.doOperation(ImageCalculator.java:226)
at ij.plugin.ImageCalculator.calculate(ImageCalculator.java:146)
at ij.plugin.ImageCalculator.run(ImageCalculator.java:99)
at TESTPlugin_.run(TESTPlugin_.java:25)
at ij.IJ.runUserPlugIn(IJ.java:183)
at ij.IJ.runPlugIn(IJ.java:150)
at ij.Executer.runCommand(Executer.java:127)
at ij.Executer.run(Executer.java:64)
at java.lang.Thread.run(Unknown Source)


Je ne sais pas d'où le problème vient maintenant

[kwz_-]

Rectification: Le plugin a l'air de marcher , je peux choisir le dossier où se trouve les images, je peux choisir mon background, par contre je me retrouve à la fin avec uniquement des images noires ... Je vais essayer de voir au niveau des lignes de commandes que tu m'as donné ... si tu as une suggestion je suis preneur

[kwz_-]

J'ai trouvé la solution :

il fallait changer cette ligne
impResult = ic.run("Subtract create",imp ,impbackground);

par

impResult = ic.run("Subtract create",impbackground ,imp);


Merci pour les lignes de commandes, ça va me faciliter la vie!!!
Bonne continuation à toi et merci encore !!

[onylink]

Ha oui, désolé. J'ai fait ça à la va vite, j'ai pas regardé l'ordre de la soustraction!

Bonne continuation