mise en forme

**Jasmine80** · 26/01/2012, 11h14

Bonjour,

J'ai un script principal qui utilise une base de données stockée dans un hash de hash. Généralement, je place mes hash en début de code mais dans ce cas-ci, mon hash fait plus de 5000 lignes et mon programme en lui même, à peine 1000. Je me demande donc comment faire par soucis de lisibilité. Puis-je stocker ma base de données dans un programme à part que mon programme principal interrogerait? Comment feriez-vous à ma place?

Merci beaucoup,

Jasmine,

**djibril** · 26/01/2012, 14h44

Qu'entends-tu par base de données stockée dans un hash de hash ?

**Jasmine80** · 26/01/2012, 14h52

Merci de me répondre :

des données de ce type :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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my %mix_db = (
 
 
	'M. gastri Mutation A + M. malmoense' => {
				'name_1' => 'M. gastri Mutation A',
				'name_2' => 'M. malmoense',
				'seq_1' => 'TTACCCAGCGGGCAATTTGCGG',
				'seq_2' => 'CTCTCGGCTGGTGCAAG',
				'0'	=> [1, 1],
				'1'	=> [1, 1],
				'2'	=> [1, 1],
				'3'	=> [0, 0],
				'4'	=> [1, 1],
				'5'	=> [2, 2],
				'6'	=> [1, 0],
				'7'	=> [2, 0],
				'8'	=> [0, 0],
				'9'	=> [0, 0],
				'10'	=> [0, 2],
				'11'	=> [1, 0],
				'12'	=> [2, 1],
				'13'	=> [0, 0],
				'14'	=> [3, 2],
				'15'	=> [0, 0],
				'16'	=> [1, 0],
				'17'	=> [0, 1],
				'18'	=> [0, 3],
				'19'	=> [2, 0],
				'20'	=> [0, 1],
				'21'	=> [1, 0],
				'22'	=> [0, 2],
				'23'	=> [1, 0],
				'24'	=> [0, 0],
				'25'	=> [2, 1],
				'mean_1' => [6, 11, 16, 21, 23],
				'mean_2' => [17, 20],
			},
	'M. gastri Mutation A + M. gordonae Mutation GCG' => {
				'name_1' => 'M. gastri Mutation A',
				'name_2' => 'M. gordonae Mutation GCG',
				'seq_1' => 'TCCTACCTGCCGGGTAAGG',
				'seq_2' => 'TGCTACTGGGCCCGCAGTCCGG',
				'0'	=> [1, 1],
				'1'	=> [1, 1],
				'2'	=> [1, 1],
				'3'	=> [0, 0],
				'4'	=> [1, 1],
				'5'	=> [2, 1],
				'6'	=> [1, 4],
				'7'	=> [2, 0],
				'8'	=> [0, 0],
				'9'	=> [0, 0],
				'10'	=> [0, 2],
				'11'	=> [1, 0],
				'12'	=> [2, 2],
				'13'	=> [0, 0],
				'14'	=> [3, 1],
				'15'	=> [0, 0],
				'16'	=> [1, 1],
				'17'	=> [0, 0],
				'18'	=> [0, 0],
				'19'	=> [2, 1],
				'20'	=> [0, 0],
				'21'	=> [1, 1],
				'22'	=> [0, 0],
				'23'	=> [1, 2],
				'24'	=> [0, 0],
				'25'	=> [2, 2],
				'mean_1' => [11],
				'mean_2' => [],
			},

**Schmorgluck** · 26/01/2012, 15h53

Euh, tu as une raison spécifique de ne pas mettre ça dans un fichier structuré ?

**thierry.chich** · 26/01/2012, 21h36

Googlize Storable. Ca devrait te donner une solution pour plutôt mettre tes données dans un fichier data séparé. A mon sens, elles n'ont rien à faire dans le corps de ton programme.
On peut aussi utiliser Data:

umper. Ca marche très bien.

**Jasmine80** · 27/01/2012, 07h22

Merci pour vos réponses

Envoyé par Schmorgluck

Euh, tu as une raison spécifique de ne pas mettre ça dans un fichier structuré ?

La seule raison est esthétique, afin de de pas avoir mes 5000 premières lignes de code contenant ma base de données.

Data::Dumper - stringified perl data structures, suitable for both printing and eval

... pour afficher ou évaluer ... ce module ne semble pas permettre de stocker

Qu'est-ce que Googlize Storable?

**Schmorgluck** · 27/01/2012, 09h48

Ben après, pour stocker, on utilise un fichier extérieur, justement. C'est ce que je voulais dire dans mon post précédent. Désolé si je n'ai pas été clair.

**Jasmine80** · 31/01/2012, 13h50

Vu que je ne m'en sortais pas avec la sérialisation et Data::Dumper voici ce que j'ai utilisé et qui fonctionne :

Hash_mix_DB.pm

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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#!/usr/local/bin/perl
 
 
package Hash_mix_DB;
 
 
#------------- Hash_mix_DB.pm
 
use strict;
use warnings;
 
use base 'Exporter';
 
our @EXPORT = qw($mix_db_ref);
 
 
 
my %mix_db = (
 
	'M. gastri Mutation A + M. malmoense' => {
				'name_1' => 'M. gastri Mutation A',
				'name_2' => 'M. malmoense',
				'seq_1' => 'TTACCCAGCGGGCAATTTGCGG',
				'seq_2' => 'CTCTCGGCTGGTGCAAG',
				'0'	=> [1, 1],
				'1'	=> [1, 1],
				'2'	=> [1, 1],
				'3'	=> [0, 0],
				'4'	=> [1, 1],
				'5'	=> [2, 2],
				'6'	=> [1, 0],
				'7'	=> [2, 0],
				'8'	=> [0, 0],
				'9'	=> [0, 0],
				'10'	=> [0, 2],
				'11'	=> [1, 0],
				'12'	=> [2, 1],
				'13'	=> [0, 0],
				'14'	=> [3, 2],
				'15'	=> [0, 0],
				'16'	=> [1, 0],
				'17'	=> [0, 1],
				'18'	=> [0, 3],
				'19'	=> [2, 0],
				'20'	=> [0, 1],
				'21'	=> [1, 0],
				'22'	=> [0, 2],
				'23'	=> [1, 0],
				'24'	=> [0, 0],
				'25'	=> [2, 1],
				'mean_1' => [6, 11, 16, 21, 23],
				'mean_2' => [17, 20],
			},
	'M. gastri Mutation A + M. gordonae Mutation GCG' => {
				'name_1' => 'M. gastri Mutation A',
				'name_2' => 'M. gordonae Mutation GCG',
				'seq_1' => 'TCCTACCTGCCGGGTAAGG',
				'seq_2' => 'TGCTACTGGGCCCGCAGTCCGG',
				'0'	=> [1, 1],
				'1'	=> [1, 1],
				'2'	=> [1, 1],
				'3'	=> [0, 0],
				'4'	=> [1, 1],
				'5'	=> [2, 1],
				'6'	=> [1, 4],
				'7'	=> [2, 0],
				'8'	=> [0, 0],
				'9'	=> [0, 0],
				'10'	=> [0, 2],
				'11'	=> [1, 0],
				'12'	=> [2, 2],
				'13'	=> [0, 0],
				'14'	=> [3, 1],
				'15'	=> [0, 0],
				'16'	=> [1, 1],
				'17'	=> [0, 0],
				'18'	=> [0, 0],
				'19'	=> [2, 1],
				'20'	=> [0, 0],
				'21'	=> [1, 1],
				'22'	=> [0, 0],
				'23'	=> [1, 2],
				'24'	=> [0, 0],
				'25'	=> [2, 2],
				'mean_1' => [11],
				'mean_2' => [],
			},
 
);
 
 
our $mix_db_ref = \%mix_db;
 
 
1;

Code :

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#!/usr/bin/perl
 
 
use strict; 
use warnings;
 
 
 
use Hash_mix_DB;
 
 
 
my %mix_db = %{$mix_db_ref};
 
 
 
foreach my $key (keys %mix_db ){
	print $mix_db{$key}{'name_1'}."\t".@{$mix_db{$key}{'mean_1'}}."\t".$mix_db{$key}{'name_2'}."\t".@{$mix_db{$key}{'mean_2'}}."\n";
}
 
 
print "nombre de clés : ".int((keys %mix_db))."\n";

Avez-vous des remarques, des critiques ou des conseils?

Merci à vous

**thierry.chich** · 31/01/2012, 22h52

Je n'étais pas très sûr de l'usage des modules que j'avais indiqué, donc j'ai essayé de l'implanter. Ce que j'ai essayé est finalement très similaire à ce que tu as fait. D'un coté, un fichier qui écrit les données, et de l'autre, un fichier dans le quel l'objet est instancié à partir d'un fichier.

Voici le fichier qui écrit les données:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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use 5.10.0;
use strict;
use Storable qw(store retrieve);
 
my $mix_db = {
	'M. gastri Mutation A + M. malmoense' => {
				'name_1' => 'M. gastri Mutation A',
				'name_2' => 'M. malmoense',
				'seq_1' => 'TTACCCAGCGGGCAATTTGCGG',
				'seq_2' => 'CTCTCGGCTGGTGCAAG',
				'0'	=> [1, 1],
				'1'	=> [1, 1],
				'2'	=> [1, 1],
				'3'	=> [0, 0],
				'4'	=> [1, 1],
				'5'	=> [2, 2],
				'6'	=> [1, 0],
				'7'	=> [2, 0],
				'8'	=> [0, 0],
				'9'	=> [0, 0],
				'10'	=> [0, 2],
				'11'	=> [1, 0],
				'12'	=> [2, 1],
				'13'	=> [0, 0],
				'14'	=> [3, 2],
				'15'	=> [0, 0],
				'16'	=> [1, 0],
				'17'	=> [0, 1],
				'18'	=> [0, 3],
				'19'	=> [2, 0],
				'20'	=> [0, 1],
				'21'	=> [1, 0],
				'22'	=> [0, 2],
				'23'	=> [1, 0],
				'24'	=> [0, 0],
				'25'	=> [2, 1],
				'mean_1' => [6, 11, 16, 21, 23],
				'mean_2' => [17, 20],
			},
	'M. gastri Mutation A + M. gordonae Mutation GCG' => {
				'name_1' => 'M. gastri Mutation A',
				'name_2' => 'M. gordonae Mutation GCG',
				'seq_1' => 'TCCTACCTGCCGGGTAAGG',
				'seq_2' => 'TGCTACTGGGCCCGCAGTCCGG',
				'0'	=> [1, 1],
				'1'	=> [1, 1],
				'2'	=> [1, 1],
				'3'	=> [0, 0],
				'4'	=> [1, 1],
				'5'	=> [2, 1],
				'6'	=> [1, 4],
				'7'	=> [2, 0],
				'8'	=> [0, 0],
				'9'	=> [0, 0],
				'10'	=> [0, 2],
				'11'	=> [1, 0],
				'12'	=> [2, 2],
				'13'	=> [0, 0],
				'14'	=> [3, 1],
				'15'	=> [0, 0],
				'16'	=> [1, 1],
				'17'	=> [0, 0],
				'18'	=> [0, 0],
				'19'	=> [2, 1],
				'20'	=> [0, 0],
				'21'	=> [1, 1],
				'22'	=> [0, 0],
				'23'	=> [1, 2],
				'24'	=> [0, 0],
				'25'	=> [2, 2],
				'mean_1' => [11],
				'mean_2' => [],
			} 
};
 
store($mix_db,"mesdata.dat");

Et voici celui qui charge l'objet.

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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{
	package TestClass;
	use strict;
	use Storable qw(store retrieve);
 
	sub new() {
		my $classe   = shift;
		my $filename = shift;
		my $self     = retrieve($filename);
		bless( $self, $classe );
		return $self;
	}
}
 
use 5.10.0;
use strict;
use Data::Dumper;
my $mix = TestClass->new("mesdata.dat");
print Dumper($mix);

Je précise que Storable a une particularité : les fichiers sont des fichiers binaires. Il y a des avantages, mais il y a aussi des incovénients. On ne peut pas les modifiers directement. En utilisant Data:

umper, on pourrait assez facilement écrire directement les fichiers de données sans pratiquement avoir à utiliser le "programme" d'écriture des données.

mise en forme

Langage Perl

Vue hybride

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