Bonjour à tous,
J'ai un fichier de ce type :
>rho-RA
ATGCGTAGC
>rho-RB
ATGCGTAGCATGCGTAGC
>rho-RC
ATGCGTAGCATGCGTAGCATGCGTAGCATGCGTAGC
>pax6-RA
GCTGCATGATAG
>pax6-RB
GCTGCATGATAGGCTGCATGATAG
donc, je veux en premier temps determiner la taille de chacune des séquences, j'ai donc écrit cela :
Mais j'aimerai qu'il ne m'affiche pour chaque entité (ie dans l'exemple rho et pax6) seulement le transcript (RA,RB...) qui a la plus grande sequence, dans l'exemple rho-RC et pax6-RB
Code : Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part
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13 my $fichier = 'test.fa'; open my $fh, '<', $fichier or die "Impossible de lire le fichier $fichier\n"; while ( my $ligne = <$fh> ) { chomp $ligne; if ($ligne =~ m{^>} ) { print "$ligne\t"; } else{ my $length = length($ligne); print "$length\n"; } } close $fichier;
je ne sais pas comment faire, quelqu'un pourrait m'aider ?
merci d'avance,
et bonne fête de fin d'année
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