Bonjour à tous et joyeuses fètes,

Voila j'ai un petit exercice a rendre a la fac, je viens de terminer enfin les 95% mais j'ai un petit bug là ...

Le but de l'exo sur R étant de calculer le nombre d'apparitions de codons dans une séquence ( vive la biologie moléculaire ).

Pour info, un codon est une séquence de 3 bases. Comme il y a 4 bases possibles, cela donne 64 séquences de 3 bases. Le fichier codons.txt présente ces 64 codons :

Code : Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59
60
61
62
63
64
U U U Phe 
U U C Phe 
U U A Leu 
U U G Leu 
C U U Leu 
C U C Leu 
C U A Leu 
C U G Leu 
A U U Ile 
A U C Ile 
A U A Ile 
A U G Met 
G U U Val 
G U C Val 
G U A Val 
G U G Val 
U C U Ser 
U C C Ser 
U C A Ser 
U C G Ser 
C C U Pro 
C C C Pro 
C C A Pro 
C C G Pro 
A C U Thr 
A C C Thr 
A C A Thr 
A C G Thr 
G C U Ala 
G C C Ala 
G C A Ala 
G C G Ala 
U A U Tyr 
U A C Tyr 
U A A Stop 
U A G Stop 
C A U His 
C A C His 
C A A Gln 
C A G Gln 
A A U Asn 
A A C Asn 
A A A Lys 
A A G Lys 
G A U Asp 
G A C Asp 
G A A Glu 
G A G Glu 
U G U Cys 
U G C Cys 
U G A Stop 
U G G Trp 
C G U Arg 
C G C Arg 
C G A Arg 
C G G Arg 
A G U Ser 
A G C Ser 
A G A Arg 
A G G Arg 
G G U Gly 
G G C Gly 
G G A Gly 
G G G Gly
A partir du fichier codons.txt, il faut construire un tableau à 2 dimensions de 64 lignes et 4 colonnes où chaque ligne comporte aux trois premières colonnes les trois bases nucléiques qui composent ce codon et le nom de celui-ci dans la quatrième colonne. ( Gné ?!?)

Une fois le tableau créé, il faut écrire un programme qui compte le nombre d’apparitions de chaque codon dans le code et renverra un vecteur avec le nombre d’apparitions de chaque codon. ( Là je suis pommé )

La séquence étant :
Code : Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
 A C C U G U C A A A 
C A A A U C U G G U 
C A A C C U G U G U 
C C A A U U C A G G 
U C U G A A C C U C 
A A A C C G U G U A 
C A G U A G C A U C 
A C A U G G U G A A 
C C U U G U C A C A 
U G C A C A U C A A 
U A A C G G U A C U 
A G G U C U A A U G
Merci de votre aide =)