Discussion :

[StanKub]

Bonjour à tous et joyeuses fètes,

Voila j'ai un petit exercice a rendre a la fac, je viens de terminer enfin les 95% mais j'ai un petit bug là ...

Le but de l'exo sur R étant de calculer le nombre d'apparitions de codons dans une séquence ( vive la biologie moléculaire ).

Pour info, un codon est une séquence de 3 bases. Comme il y a 4 bases possibles, cela donne 64 séquences de 3 bases. Le fichier codons.txt présente ces 64 codons :

Code :

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63
64
U U U Phe 
U U C Phe 
U U A Leu 
U U G Leu 
C U U Leu 
C U C Leu 
C U A Leu 
C U G Leu 
A U U Ile 
A U C Ile 
A U A Ile 
A U G Met 
G U U Val 
G U C Val 
G U A Val 
G U G Val 
U C U Ser 
U C C Ser 
U C A Ser 
U C G Ser 
C C U Pro 
C C C Pro 
C C A Pro 
C C G Pro 
A C U Thr 
A C C Thr 
A C A Thr 
A C G Thr 
G C U Ala 
G C C Ala 
G C A Ala 
G C G Ala 
U A U Tyr 
U A C Tyr 
U A A Stop 
U A G Stop 
C A U His 
C A C His 
C A A Gln 
C A G Gln 
A A U Asn 
A A C Asn 
A A A Lys 
A A G Lys 
G A U Asp 
G A C Asp 
G A A Glu 
G A G Glu 
U G U Cys 
U G C Cys 
U G A Stop 
U G G Trp 
C G U Arg 
C G C Arg 
C G A Arg 
C G G Arg 
A G U Ser 
A G C Ser 
A G A Arg 
A G G Arg 
G G U Gly 
G G C Gly 
G G A Gly 
G G G Gly

A partir du fichier codons.txt, il faut construire un tableau à 2 dimensions de 64 lignes et 4 colonnes où chaque ligne comporte aux trois premières colonnes les trois bases nucléiques qui composent ce codon et le nom de celui-ci dans la quatrième colonne. ( Gné ?!?)

Une fois le tableau créé, il faut écrire un programme qui compte le nombre d’apparitions de chaque codon dans le code et renverra un vecteur avec le nombre d’apparitions de chaque codon. ( Là je suis pommé )

La séquence étant :

Code :

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 A C C U G U C A A A 
C A A A U C U G G U 
C A A C C U G U G U 
C C A A U U C A G G 
U C U G A A C C U C 
A A A C C G U G U A 
C A G U A G C A U C 
A C A U G G U G A A 
C C U U G U C A C A 
U G C A C A U C A A 
U A A C G G U A C U 
A G G U C U A A U G

Merci de votre aide =)

[stoyak]

Bonjour à tous et bonnes fêtes également !

A partir du fichier codons.txt, il faut construire un tableau à 2 dimensions de 64 lignes et 4 colonnes où chaque ligne comporte aux trois premières colonnes les trois bases nucléiques qui composent ce codon et le nom de celui-ci dans la quatrième colonne. ( Gné ?!?)

Regarde ton fichier : tu as bien 64 lignes et 4 colonnes ! Les trois premières correspondent à une base et la dernière à l'acide aminé !
Cherche donc à lire ton fichier afin d'obtenir un tableau à 2 dimensions. Pour cela, cherche une fonction différente de

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

scan

!

[StanKub]

Oui je sais mais justement je trouve pas ... Au résultat j'arrive à un classement par ordre alphabétique des différents acides aminés ...

[StanKub]

Code :

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A  Ala  Arg  Asn  Asp    C  Cys    G  Gln  Glu  Gly  His  Ile  Leu  Lys  Met  Phe  Pro  Ser Stop  Thr  Trp  Tyr    U  Val 
48    4    6    2    2   48    2   48    2    2    4    2    3    6    2    1    2    4    6    3    4    1    2   48    4

Voila j'arrive a ça ... le problème c'est que j'ai des bases qui ne sont pas utilisées ... du coup la numération est fausse ...

[stoyak]

Mets nous le code qui a conduit à ce résultat !

[StanKub]

Code :

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2
codons<-scan("codons.txt",what="list")
table(codons)

Mais c'est archi faux ...