Discussion :

[karnivor]

Bonjour à tous ,

Je suis confronté à un petit problème : je souhaiterais modifier la mémoire allouée à Java pour ImageJ, seulement il m'est impossible de dépasser le seuil des 1098 Mb !!!
Pour info mon ordinateur tourne sous Windows XP pro SP3 et je possède 3Go de RAM.
J'ai tenté de modifier la mémoire allouée depuis ImageJ et également depuis le fichier ImageJ.cfg et le résultat est toujours le même dès que je dépasse 1098 il m'est impossible de démarrer ImageJ et je reçois un message d'erreur : "Could not create the Java virtual machine."
Je précise également que Java et ImageJ sont à jours.

Donc voilà si quelqu'un aurait une solution ou même une explication du pourquoi du comment il m'est impossible de modifier la mémoire allouée merci d'avance cela me permettra d'éviter des "out of memory" incessant.

[onylink]

Il faut augmenter la mémoire de la JVM en premier lieu.

Sous eclipse, il te suffit de rajouter des arguments dans ton run configuration
-> http://cyrillakech.blogspot.com/2007...de-la-jvm.html


Avec ça, tu devrais pouvoir exploiter ta RAM

[karnivor]

Bonjour, tout d'abord, merci de ta réponse rapide

Je n'utilise pas eclipse j'ai essayé de rajouter des arguments dans run configurations et de suivre les indications données dans le lien mais je ne suis pas sur d'avoir tout bien fait j'ai seulement réussi à ce que eclipse ne démarre plus non plus avec le même message d'erreur que pour ImageJ ("Could not create the Java virtual machine.")

N'y a-t-il pas un moyen plus direct (que passer par eclipse) pour modifier la mémoire de la JVM ?

[g17735]

salut,
ta version du jre est elle à jour ?
peux tu poster ton ImageJ.cfg ?

D'après ce que j'ai pu lire le maximum de mémoire utilisable en 32bit sous windows est 1700M, une valeur supérieure fait planter la machine. Toutefois il faut garder à l'esprit que, toujours d'après les recommandation des concepteurs, au delà de 70% de ta capacité mémoire (modification du flag -Xmx) tu provoques un swapping sur le disque qui nuit à la vitesse d'exécution de ton application.

[karnivor]

Oui Java est à jour (version 6 update 29). J'ai pu lire aussi que en 32-bit la mémoire maximum était de 1600Mb (ou 1700Mb comme tu dit peu importe) mais ayant 3Go de RAM j'aimerais pouvoir au moins atteindre cette limite seulement comme je l'ai précisé il m'est impossible de dépasser 1098Mb.

Mon ImageJ.cfg :
.
jre\bin\javaw.exe
-Xmx1600m -cp ij.jar ij.ImageJ

Voilà par exemple dans cette configuration impossible de démarrer ImageJ !
A défaut de parvenir à résoudre le problème j'aimerais, au minimum si cela est possible, une explication de pourquoi que ça marche pas...

[g17735]

tu es sur qu' imagej est lié à la dernière version de java, je suis surpris que le chemin soit jre\bin\javaw.exe et non pas jre6\bin\javaw.exe, n'hésite pas à mettre le chemin complet, j'ai l'impression que ton chemin indique le jre présent dans ta distribution d'imagej et non celle que tu as installé (il vaut mieux laisser le répertoire par défaut pour java (program files\java...)

[karnivor]

Ah j'avoue que je n'avais pas pensé à ça bien vu (au passage, je n'est rien modifié ça s'est créé comme ça), mais le problème persiste !!!
Maintenant que le fichier config pointe vers jre6 je ne peut dépasser 1078Mb (vraiment très bizarre ). Pour preuve voici le contenu de ImageJ.cfg
.
C:\Program Files\Java\jre6\bin\javaw.exe
-Xmx1078m -cp ij.jar ij.ImageJ

Si je dépasse 1078 : "Could not create the Java virtual machine."
Comme une envie d'envoyer tout valser...

[karnivor]

UP !!! Personne ne rencontre se problème ? Personne n'a de solution ? Personne n'a d'explication ?

[onylink]

Non, plus d'idée.. Demande peut-être sur un forum dédié à la JVM.

Sorry

[g17735]

Il se pourrait que ta mémoire soit réservée/utilisée par d'autres applications et que java ne puisse récupérer plus ; il semblerait que windows réserve jusqu'à 2Go pour son fonctionnement ... il me reste une machine sous xp32 je vais voir si je rencontre la même limitation (relativement à ma ram, je n'ai que 2Go sur cette machine)

[g17735]

j'ai fait le test sur une machine montée avec xppro32bits service pack3 et 3GO de ram. La version de IJ est 1.45k et java1.6.0_26 32 bit.
j'ai pu paramétrer 1599M sans problème, il me bloque à partir de 1600.

quelle est ta version d'imageJ ?

[karnivor]

Alors j'ai la version 1.46a d'ImageJ et je viens de tester avec la 1.45s et la 1.44 encore et toujours le même problème... (depuis ImageJ je n'ai pas pu accéder la version 1.45k). Je pense qu'un formatage s'impose il doit y avoir des programmes inutiles qui bloquent Java.

[onylink]

Quel plugin (ou autres méthodes) te fait avoir "out of memory" ?

Je développe sous ImageJ où je manipule des données assez conséquentes et je n'ai jamais eu ce problème, sauf quand mon code n'était pas très "propre". Et du coup, cela provoqué un problème de mémoire.

Il te faut peut-être revoir un bout de code.. ou autre..


Explique nous un peu ton utilisation, quelqu'un aura peut-être une idée.

[karnivor]

J'utilise principalement ImageJ pour importer des séquences d'images et lors d'importations de trop nombreuses images dans une pile j'ai un out of memory.

Je sais qu'il est possible de passer par l'option "use virtual stack" mais pour tout vous dire c'est mon patron qui m'a chargé de résoudre ce problème : "Pourquoi on ne peut pas utiliser les 1600Mb de mémoire ?"

C'est pourquoi je souhaite au minimum une explication et au mieux une solution à apporter à ce problème.

Et sinon je n'utilise aucun plugin et je n'ai encore pas touché ni au code source ni fait un quelconque plugin pour ImageJ.

[onylink]

Ok, ok.

Selon le cas, un stack n'est pas le plus adapté. Vu qu'il charge toutes les images, donc.. Bien lourd.

Bon des fois, c'est indispensable. Mais sinon, ce qui peut être fait c'est traité un dossier contenant tes images. Comme ça, tu charges les images en différées.

Sans rien touché sur ImageJ ou autre, je ne vois pas trop comment tu pourrais faire. Peut-être voir dans les plugins si il n'y a pas un truc qui pourrait gérer ça.
http://rsbweb.nih.gov/ij/plugins/virtual-opener.html

Sinon pour la RAM, j'ai testé chez moi (seven x64), je monte à 4Go sans problème. Pourtant je n'ai rien fait de plus. En x32, je crois que j'arrivais aussi à monter à 1600 et des brouettes sans problèmes.

Désolé de ne pas pouvoir t'en dire plus..


Edit :
C'est pour du médical pour de la visu 3D ? (au pif)

[karnivor]

D'accord je vais chercher dans les plugins dans le pire des cas je vais devoir quand même formater le PC je vous tiendrez au courant afin de pouvoir mettre ce sujet en résolu.

Pour répondre à ta dernière question je vais te résumer un peu tout ça sans avoir l'air de raconter ma vie.

Je suis en BTS IRIS (informatique réseau en gros) et je fait ce BTS en apprentissage. J'ai été embauché pour mon alternance par une boite qui fait dans la tomographie.

Ils utilisent donc ImageJ pour le traitement des images principalement sur des pièces mécaniques (vérifier les défauts, etc.) et je suis là pour optimiser leur utilisation d'ImageJ dans un premier temps je recenses toutes les fonctions d'ImageJ qu'ils ne connaissent pas et puis quand je saurais bien programmer en Java, je leur ferais des plugins bien adapté à leurs besoins.

Tout ça dans le but de simplifier et améliorer le travail des techniciens car ces derniers n'ont pas le temps de chercher sur internet des plugins pour ImageJ et les tester.

Ils utilisent un scanner médical et un tomographe pour analyser une pièce et ensuite avec un logiciel ils récupèrent les images fournies par l'analyse. Par conséquent, bien souvent, ils se retrouvent avec une importante quantité d'images et ils visualisent le tout par pile parce que une par une bonjour la galère et également par visualisation 3D.

Et c'est là que mon patron m'a demandé de chercher pourquoi il est impossible d'allouer les 1600Mb de mémoire à ImageJ ce qui faciliterai leur travail. Après maintes tentatives je me suis retrouvé ici.

En espérant ne pas t'avoir endormi

[g17735]

avant de formater tente de désinstaller complétement imageJ, efface bien les fichiers cfg qui pourraient trainer, puis télécharge la dernière version et réinstalle là dans un répertoire de ton choix à la racine (pas dans program files).

Si le problème persiste teste la distribution fiji de imagej...

[karnivor]

J'ai bien suivi tes indications j'ai tout viré, j'ai retéléchargé et réinstaller dans mes documents et là, c'est le drame : JAVA COULD NOT CREATE THE JAVA VIRTUAL MACHINE encore et toujours limité à 1078Mb.

Pour ce qui est de Fiji c'est pire quand je modifie la mémoire allouée il sauvegarde même pas ni en passant par ImageJ ni en passant par le fichier config de Fiji !!!

[g17735]

bon là j'arrive un peu à cours d'idée, peut être essayer de faire la modification de la mémoire en lançant imagej via le fichier .jar (pas l'exe), mais je n'y crois pas trop.

Peux tu me donner les caractéristiques de ta machine ?

[karnivor]

J'avais pensé aussi au .jar mais rien n'y fait... Quelles caractéristiques veut-tu connaitre ?