Discussion :

[socaw]

Bonjour à tous,

J'ai un CGI sur mon serveur Linux (Ubuntu server) qui devrait se charger de sortir un graphique généré par R avec des données récupérées dans MySQL en fonction de paramètres saisis dans une interface web. Or le graphique n'est pas créé.

Il n'y a pas de message d'erreur de le log d'erreur d'Apache.
Lorsque je lance les lignes de commandes relatives à R en console sur le serveur, il n'y a pas de message d'erreur et le graphique est créé (aussi bien en root qu'en simple utilisateur).

Voici les lignes de mon script Perl :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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use Statistics::R;
my $R = Statistics::R->new();
$R->startR;	
 
my $i = 0;
my @pourcentage;
foreach (@data) {
	push @pourcentage, $data[$i][0];
	$i++;
}
 
$R->send('pc<- c ('. join(",", @pourcentage). ')');
$R->send('png("/home/www-data/test/essai.png")');
$R->send('plot(pc)');
$R->send('dev.off()');

Quelqu'un a une idée du problème ?

[socaw]

En tapant la commande suivante en console

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

ls -l /usr/bin/R

on peut remarquer que les droits de R sont les suivants

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

-rwxr-xr-x 1 root root 7979 2010-01-18 16:31 R

Est-ce que mon problème ne serait pas lié aux droits des fichiers exécutables ? Je vais regarder la doc de Hugo ETIEVANT sur les droits étendus...

[stoyak]

Est-ce que mon problème ne serait pas lié aux droits des fichiers exécutables ?

La première des choses est de vérifier que Perl et R ont les droits d'écriture et de lecture dans le répertoire qui est utilisé pour faire le pont entre les deux langages.

[socaw]

le répertoire qui est utilisé pour faire le pont entre les deux langages.

Stoyak, est-ce que tu veux parler de l'option log_dir qu'il est possible de paramétrer lors de la création de l'objet bridge entre Perl et R ?

Dans mon cas, je n'ai pas modifié l'option par défaut. Je suppose donc que le répertoire où le pont est créé est celui qui est mentionné dans la doc du module Statistics::R :

log_dir
The directory where the bridge between R and Perl will be created.
R and Perl need to have read and write access to the directory!
By dafault it will be created at %TMP_DIR%/Statistics-R.

Sur mon serveur, j'ai bien un dosssier /tmp/Statistics-R/, si je fais un ls -l sur ce dossier, j'obtiens ceci :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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admin@serveur:~$ ls -l /tmp/Statistics-R/
drwxrwxrwx 2 www-data www-data 4096 2011-08-02 13:37 output
adminoca@gxsimaoca:~$

Comment vérifier que Perl et R ont les droits en écriture sur ce dossier (ça devient plus une question d'ordre Linux... peut-être dois-je poster ailleurs) ?

[djibril]

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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admin@serveur:~$ ls -l /tmp/Statistics-R/
drwxrwxrwx 2 www-data www-data 4096 2011-08-02 13:37 output
adminoca@gxsimaoca:~$

Le répertoire est en 777 donc tout le monde a les droits dessus. Par contre, tu crées l'image dans /home/www-data/test/

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

$R->send('png("/home/www-data/test/essai.png")');

et je ne sais pas si l'utilisateur apache a les droits d'écriture dans ce répertoire.

[stoyak]

Je me suis fait doubler par djibril !
En effet, ton répertoire temp est accessible à tous en lecture et écriture. Je préfère utiliser l'option log_dir pour paramétrer le répertoire du pont.

Je suivrai le conseil de djibril et vérifierai si ton utilisateur a les droits sur l'ensemble des répertoires que tu spécifies dans ton script.