Discussion :

[GLDavid]

Bonjour et bienvenue sur le forum Bioinformatique de developpez.com

Ce forum a été récemment ouvert au sein de la rubrique générale Perl. Pourquoi ? Parce que la bioinformatique devient de plus en plus un paramètre improtant de la stratégie des industriels biotechnologiques et/ou pharmacologiques, ceux-ci requièrent de plus en plus des personnes capables de comprendre un problème biologique et de trouver une solution informatique. Ce forum est un sous-forum de la rubrique Perl car Perl est le langage le plus communément utilisé par les bioinformaticiens de la recherche fondamentale ou appliquée.

L'objet de ce sondage est de savoir si vous êtes intéressé (en qualité d'étudiant ou d'actif dans le monde du travail) par une FAQ et des tutoriaux sur cet univers qu'est la bioinformatique. De même, les suggestions sur ce forum seront particulièrement appréciés.

En vous remerciant d'avance d'émettre vos opinions.

@++

[Gnux]

Oui oui je veux, surtout si c'est toi qui les fait

[Woufeil]

Parrain président, parrain président !


Bon, plus constructif l'avis
Je pense que la biologie est une science passionnante, malheureusement méconnue des informaticiens, et que cette FAQ et ces cours les aiderait à mieux la cerner et l'apprécier.

Je pense aussi que ce forum est fréquenté par pas mal de bioinformaticiens de métier qui pourrait bien avoir besoin de cours sur le domaine.

Et je pense que j'aimerais bien lire des choses sur le domaine... Ca fait un an et demi que j'ai pas fait de biologie (pour un ancien S SVT spé SVT, ça le fait pas ) et j'aimerais bien revoir deux trois trucs, en introduisant l'informatique (et surtout Perl) en plus.

Donc, pour, pour et repour

[GLDavid]

Ok, alors je vois ce que je pourrais faire comme cours de bioinfo.
Attention, j'avertis d'entrée de jeu, pas question de faire à 100% de la bioinformatique fondamentale. Mon propos sera accès avec l'univers professionnel.
Je vois bien un petit rappel de quelques notions de biologie, biologie moléculaire et on attaque avec les outils utilisés en bioinformatique et l'introduction des langages comme Perl ou Java pour scripter ou pour voir quelques algorithmes.
Qu'en pensez-vous ?

@++

[GLDavid]

Tiens, il y en a un qui a voté non. Cette personne peut il nous dire pourquoi ?

@++

[Woufeil]

Tiens, il y en a un qui a voté non. Cette personne peut il nous dire pourquoi ?

@++

Je pense qu'il a dit non parce que ça l'intéresse pas tout simplement

[GLDavid]

Oki !
De toute façon, ce serait anormal si tout le monde était d'accord.

@++

[minus]

Un petit coucou chers collègues de cette matière si peu connue :p

Les sites sur la programmation en bioinfo sont rares... et encore plus quand il s'agit de sites français... c'est dejà un réel plaisir de voir un forum sur ce sujet sur developpez, alors si en plus on peux faire une FAQ je vote pour bien sur

A quand les tutos?

[djibril]

c'est bien que cela intéresse pas mal de personnes. On est sur une bonne voix.
En tout cas, s'il y a des personnes parmis vous prêt à filer un coup de main, ayant des idées sur les sujets à traiter, à mettre en place dans la FAQ, n'hésitez pas à contacter Woufeil, GLDavid et moi.

Merci de votre participation!!

[Mayeu]

Bonjour,

J'ai vu que le sondage étais un peu vieux, mais j'ai quand même ajouté ma voix pour dire que je suis entièrememt pour!

Salutation

Mayeu

[djibril]

Bonjour,

J'ai vu que le sondage étais un peu vieux, mais j'ai quand même ajouté ma voix pour dire que je suis entièrememt pour!

Salutation

Mayeu

Non il n'est pas vieux; mais toujours d'actualité
Avec plus de voix et surtout de contributions de chacun, on pourra commencer à mettre quelque chose en place.

[sohnic]

Bonjour,
Bien sur je suis 100 % pour !
Sohnic

[djibril]

A propos de la FAQ section BIOINFO,
je n'en ai toujours pas crée car j'attends de voir l'évolution du sous forum bioinformatique.
Ca avance pas à pas, c'est bien mais pas encore suffisant.
Donc je pense qu'il serait plus intéressant de faire dans la section futur de bioinfo des questions simples et des suggestions suivantes :
- Qu'est ce que la bioinformatique ?
- Y a t il des modules CPAN spécifiques à la bioinfo?
Oui => bioperl et autres
leur installation, etc.
- Quelques scripts utiles en bioinfo!
Et là il faudrait des scripts intéressants simples et utiles.
Par exemple :

1. Parser un fichier fasta, Genbank ou autres
2. Parser un fichier Blast
3. traduire une séquence d'ADN en sequence protéique (tous les cadres de lectures)
4. complémentaires d'une séquences
5. etc.

Bref, de tels scripts sont faciles à mettre en place et disponibles sur google, mais au moins ça donnerait un léger aperçu de scripts bioinfo.
Donc si vous avez une idée sur le contenu de la liste citée si dessus, je suis preneur.

Merci

[crochepatte]

Pour ma part, j'ajouterai

-> Taux de GC d'une séquence: selon l'algorithme choisi, on peut augmenter considerablement le temps de calcul!!!
-> Recherche de motifs: je sais que c'est plutot vague mais c'est le genre de problème typique de bioinfo!!! Ca peut aller de la recherche simple de microsattelites à la recherche floue (compliqué, je trouve!!!) de motifs...

Voila, pas d'autres d'idées pour de petits scripts pour l'instant

A plus

[CKLN00]

je suis pour et je pense que crée une mini FAQ avec le contenu que tu a prévu serais déjà bien mais surtout inciterais les gens à découvrir ces outils et d'autre approchant.
Et donnerais envis à ces personnes d'augmenter la FAQ, p-e

[bluemartini]

Alors elle est où cette FAQ???
Sérieux j'ai quelques idées d'articles et de FAQ qu'il me plairait de faire, mais il faudrait déjà savoir dans ce cas le format que cela doit prendre.