[Sondage] Une FAQ Bioinfo et des tutoriaux

**GLDavid** · 19/12/2006, 11h36

Bonjour et bienvenue sur le forum Bioinformatique de developpez.com

Ce forum a été récemment ouvert au sein de la rubrique générale Perl. Pourquoi ? Parce que la bioinformatique devient de plus en plus un paramètre improtant de la stratégie des industriels biotechnologiques et/ou pharmacologiques, ceux-ci requièrent de plus en plus des personnes capables de comprendre un problème biologique et de trouver une solution informatique. Ce forum est un sous-forum de la rubrique Perl car Perl est le langage le plus communément utilisé par les bioinformaticiens de la recherche fondamentale ou appliquée.

L'objet de ce sondage est de savoir si vous êtes intéressé (en qualité d'étudiant ou d'actif dans le monde du travail) par une FAQ et des tutoriaux sur cet univers qu'est la bioinformatique. De même, les suggestions sur ce forum seront particulièrement appréciés.

En vous remerciant d'avance d'émettre vos opinions.

@++

**Gnux** · 20/12/2006, 22h29

Oui oui je veux, surtout si c'est toi qui les fait

**Woufeil** · 20/12/2006, 22h53

Parrain président, parrain président !

Bon, plus constructif l'avis

Je pense que la biologie est une science passionnante, malheureusement méconnue des informaticiens, et que cette FAQ et ces cours les aiderait à mieux la cerner et l'apprécier.

Je pense aussi que ce forum est fréquenté par pas mal de bioinformaticiens de métier qui pourrait bien avoir besoin de cours sur le domaine.

Et je pense que j'aimerais bien lire des choses sur le domaine... Ca fait un an et demi que j'ai pas fait de biologie (pour un ancien S SVT spé SVT, ça le fait pas

) et j'aimerais bien revoir deux trois trucs, en introduisant l'informatique (et surtout Perl) en plus.

Donc, pour, pour et repour

**GLDavid** · 21/12/2006, 10h25

Ok, alors je vois ce que je pourrais faire comme cours de bioinfo.
Attention, j'avertis d'entrée de jeu, pas question de faire à 100% de la bioinformatique fondamentale. Mon propos sera accès avec l'univers professionnel.
Je vois bien un petit rappel de quelques notions de biologie, biologie moléculaire et on attaque avec les outils utilisés en bioinformatique et l'introduction des langages comme Perl ou Java pour scripter ou pour voir quelques algorithmes.
Qu'en pensez-vous ?

@++

**GLDavid** · 21/12/2006, 10h25

Tiens, il y en a un qui a voté non. Cette personne peut il nous dire pourquoi ?

@++

**Woufeil** · 21/12/2006, 16h40

Envoyé par GLDavid

Tiens, il y en a un qui a voté non. Cette personne peut il nous dire pourquoi ?

@++

Je pense qu'il a dit non parce que ça l'intéresse pas tout simplement

**GLDavid** · 21/12/2006, 17h02

Oki !

De toute façon, ce serait anormal si tout le monde était d'accord.

@++

**Leishmaniose** · 21/12/2006, 19h11

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

$Sous_forum_bioinfo .= "tutoriaux" . "FAQ";

Je vois ça comme une suite logique...

Notez que les communautés d'internautes bioinformaticiens manquent cruellement sur la toile, n'en parlant pas de celles qui sont francophones.

Pour ma part, mon enregistrement sur ce forum de développeur (déjà 3 ans auparavant) était justement pour résoudre des problèmes info. traitant de la bio. et croyez moi que j'espèrais de tout coeur voir un jour une rubrique bioinfo. sur developpez.com et finalement c'est ce qui s'est passé et voila maintenant que ça se dévoloppe

**GLDavid** · 22/12/2006, 10h01

Cher Leishmaniose

Ta succession d'idées me plaît bien et j'avais envie d'appliquer cela.
Il est clair que la bioinfo se développe et n'en déplaise à ses détracteurs, un site qui prétend traiter de l'informatique en général, se doit aussi de traiter de la bioinformatique.
Commencer par les tutoriaux me semble bien. Elle permettra ensuite de reprendre des idées maîtresses en résumé pour une FAQ.

Merci de ton opinion.

@++

**stoyak** · 31/12/2006, 19h28

ok également pour l'idee ... le sujet étant tellement vaste qu'il me semble nécessaire de commencer par quelque chose de simple et de bien balisé.
peut-être en commençant par l'analyse de séquence nucléique ou protéique, transcription, traduction? ça permettrait d'avoir les concepts bio de base et une utilisation de perl ou java directe, en utilisant ou non les modules Bio::Perl.

voilà ma petite contribution à la discussion!;)

**mobscene** · 03/01/2007, 04h49

Heu pourquoi ne pas développer un séquenceur en perl ?

**Leishmaniose** · 08/01/2007, 11h48

Envoyé par mobscene

Heu pourquoi ne pas développer un séquenceur en perl ?

J'exige des précisions !!!

**scaleo** · 18/01/2007, 01h41

Envoyé par mobscene

Heu pourquoi ne pas développer un séquenceur en perl ?

Hein

**mobscene** · 22/01/2007, 03h40

Envoyé par Leishmaniose

J'exige des précisions !!!

Bah pogrammer un séquenceur génétique en pel

**Leishmaniose** · 22/01/2007, 16h13

Envoyé par mobscene

Bah pogrammer un séquenceur génétique en pel

Je n'arrive toujours pas à saisir le fond de ta pensée. Est ce que tu veux dire développer un programme en perl pour la gestion d'un séquenceur ADN ??? Sinon c'est quoi un séquenceur génétique

**mobscene** · 22/01/2007, 22h18

Envoyé par Leishmaniose

Je n'arrive toujours pas à saisir le fond de ta pensée. Est ce que tu veux dire développer un programme en perl pour la gestion d'un séquenceur ADN ??? Sinon c'est quoi un séquenceur génétique

Bah par exemple tu donne au programme un séquence ADN lui il établie une carte génomique, il peut aussi a partir de cette carte et des bases de données dispo dans certaines université te dire a qu'elle espèce appartient la séquence d'ADN en question etc...

faudrait que le programme remplace tout ce que tu vois la

, bref un truc de dingue

http://ead.univ-angers.fr/~jaspard/P...termSeqNUC.htm

**Tygrou** · 02/02/2007, 11h09

Voila une très bonne idée ç'est par où qu'on s'inscrit ?

**minus** · 05/03/2007, 13h20

Un petit coucou chers collègues de cette matière si peu connue :p

Les sites sur la programmation en bioinfo sont rares... et encore plus quand il s'agit de sites français... c'est dejà un réel plaisir de voir un forum sur ce sujet sur developpez, alors si en plus on peux faire une FAQ je vote pour bien sur

A quand les tutos?

**djibril** · 05/03/2007, 14h08

c'est bien que cela intéresse pas mal de personnes. On est sur une bonne voix.
En tout cas, s'il y a des personnes parmis vous prêt à filer un coup de main, ayant des idées sur les sujets à traiter, à mettre en place dans la FAQ, n'hésitez pas à contacter Woufeil, GLDavid et moi.

Merci de votre participation!!