Discussion :

[Jasmine80]

Le post de Stoyak m'a donné une idée. On devrait créer une discussion dans laquelle on conseillerait les logiciels qu'on trouve les plus utiles.


Bioedit (gratuit): pour ce qui est d'éditer et d'analyser des séquences.
Ce programme est vraiment génial, il est plein de fonctions utiles et en plus, il est gratuit ... malheureusement il n'est disponible que sur windows.

Autodimer (gratuit): pour l'analyse des amorces, recherche simplement les hairpins et dimères.

Perlprimer (gratuit) : pour ceux qui veulent designer des amorces. Je ne le connais pas bien mais vu qu'il est écrit en Perl, parlons-en.

[yann.falevoz]

Pourquoi ne pas les ajouter à la liste des meilleurs outils gratuits pour Windows

Yann

[djibril]

C'est une bonne idée.

Pourquoi ne pas les ajouter à la liste des meilleurs outils gratuits pour Windows

Yann

Je pense qu'il faudrait déjà lister pas mal de logiciels et ensuite, il sera plus simple de le faire ajouter au logiciel de Windows.

[stoyak]

Pour l'analyse de données transcriptomiques, je conseille TigrMeV !!! PAs forcément le plus intuitif au départ, les fichiers doivent être formatés le plus souvent avant import, mais il est quand même bien utile!

[Homaradieux]

Très bonne initiative
Moi je voudrais bien savoir quel logiciel utiliser pour pouvoir faire un blast global de toutes les protéines à partir d une séquence consensus que j ai élaboré. est ce qu on peu blaster par exemple GGVxxxxxTKLxPR donc en remplaçant les acides aminés intercheangeables par des x sur le site du NCBI?

[-SKUD-]

la très bonne suite de bioinformatique initialement développée pour unix qui se nomme EMBOSS (european molecular biology open software suite) qui compte plus de 300 microprogrammes existe en version executable sur windows et se nomme mEMBOSS, downloadable here : http://memboss.software.informer.com/
ou
sur le site officiel : http://www.interactive-biosoftware.c...embosswin.html

Un MUST have...

[-SKUD-]

Très bonne initiative
Moi je voudrais bien savoir quel logiciel utiliser pour pouvoir faire un blast global de toutes les protéines à partir d une séquence consensus que j ai élaboré. est ce qu on peu blaster par exemple GGVxxxxxTKLxPR donc en remplaçant les acides aminés intercheangeables par des x sur le site du NCBI?

PSIBLAST serait bien adapté à ta demande, son nouveau nom est BLASTPGP

[djibril]

Vous pouvez les alimenter ici.