Discussion :

[alexgille]

Bonjour,

j'essaye désespérément d'installer les deux bibliothèques CLAPACK 3.2.1 et Magma 1.0 RC5.
CLAPACK compile parfaitement (f2clib également), sans aucune erreur, mais lorsque j'essaye de compiler Magma voici ce que je reçois :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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...
gcc -O3 -DADD_ -DGPUSHMEM=200 -fPIC -Xlinker -zmuldefs -DGPUSHMEM=200  testing_zpotrf.o  -o testing_zpotrf lin/liblapacktest.a -L../lib \
          -lcuda -lmagma -lmagmablas -lmagma -L/usr/local/ATLAS/lib -L/usr/local/CLAPACK-3.2.1/F2CLIBS/ -L/usr/local/cuda/lib64  /usr/local/CLAPACK-3.2.1/lapack_LINUX.a -lf77blas -latlas -lcblas -lf2c -lcublas -lcudart -lm 
/usr/local/CLAPACK-3.2.1/lapack_LINUX.a(zpotrf.o): In function `zpotrf_':
zpotrf.c:(.text+0x263): undefined reference to `f2c_zherk'
zpotrf.c:(.text+0x368): undefined reference to `f2c_zgemm'
zpotrf.c:(.text+0x3e7): undefined reference to `f2c_ztrsm'
zpotrf.c:(.text+0x4dc): undefined reference to `f2c_zherk'
zpotrf.c:(.text+0x60b): undefined reference to `f2c_zgemm'
zpotrf.c:(.text+0x684): undefined reference to `f2c_ztrsm'
/usr/local/CLAPACK-3.2.1/lapack_LINUX.a(zpotf2.o): In function `zpotf2_':
zpotf2.c:(.text+0x1fc): undefined reference to `f2c_zdotc'
zpotf2.c:(.text+0x36b): undefined reference to `f2c_zgemv'
zpotf2.c:(.text+0x3d7): undefined reference to `f2c_zdscal'
zpotf2.c:(.text+0x520): undefined reference to `f2c_zdotc'
zpotf2.c:(.text+0x68f): undefined reference to `f2c_zgemv'
zpotf2.c:(.text+0x6fb): undefined reference to `f2c_zdscal'
collect2: ld returned 1 exit status
make[1]: *** [testing_zpotrf] Erreur 1
rm testing_zpotrf.o
make[1]: quittant le répertoire « /usr/local/magma_1.0.0-rc5/testing »
make: *** [test] Erreur 2

Voici mon PATH

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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/usr/local/sbin:
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/usr/sbin:
/usr/bin:
/sbin:
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/usr/games:
/usr/local/cuda/bin:
/usr/local/magma_1.0.0-rc5/include

Mon ld.so.conf

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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include /etc/ld.so.conf.d/*.conf
/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/4.4
/usr/local/cuda/lib
/usr/local/cuda/lib64
/usr/local/ATLAS/lib

Mon LD_LIBRARY_PATH est vide

Atlas 3.8.3 s'est parfaitement installé et les tests n'ont pas échoués.
La compilation de CLAPACK c'est bien déroulée et les test n'ont pas échoués.

De plus j'ai utilisé tous les makefile d'origine proposés dans les sources en ayant modifié que le strict nécessaire.

Quelqu'un saurait d'où ça vient ?

J'ai lu toutes les documentations (très incomplètes et obsolètes) sur les deux lib pour les installer, mais sans résultat.

Merci beaucoup.

[alexgille]

J'ai trouvé la solution

D'abord dans le makefile de magma, la bibliothèque qui est demandée dans LIB doit est compilé par une version de lapack et non CLAPACK.

Après, à la fin de la compilation, lorsque les test plantent à cause de certains appels à des fonctions gfortran, il vous faut rajouter -lgfortran dans le make.inc comme ceci :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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LIB       = /usr/local/lapack-3.3.1/lapack_LINUX.a \
            -lf77blas -lgfortran -latlas -lcblas -lf2c -lcublas -lcudart -lm

Dans mon cas, j'avais un "ld: cannot find -lgfortran" qui était incohérent car j'avais la bibliothèque gfortran. Pour résoudre ce problème je suis passé de la version 4.3 à la version 4.4 de gcc. Je ne sais pas pourquoi ça fonctionne, mais bon ..

Et voilà, les bibliothèques compilent à merveille !