Discussion :

[Marciane]

Bonjour,

J'exécute des scripts R avec bash, et je n'arrive pas à utiliser la fonction paste avec un slash :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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echo 
"if (substring(string, nchar(string)-3, nchar(string)) == \".fcs\") 
        { read <- read.FCS(string, alter.names=TRUE) } 
else 
        { string <- paste(\"$wd\", \"/\", string, sep=\"\"); 
        load(string); 
        read <- $fcs\$$pop } " >> $script

Me renvoie : Erreur : '/' inattendu(e) dans "if (substring(string, nchar(string)-3, nchar(string)) == ".fcs") { read <- read.FCS(string, alter.names=TRUE) } else { string <- paste("/home/crioualen/workflow_results/1105_tests", "/", strin"

La même chose se produit si je mets le slash en séparateur, et je ne peux pas non plus échapper le slash, "\/" me donne : Erreur : '\/' est un code escape non reconnu dans une chaîne de caractères débutant "\/"

$wd est un chemin vers un dossier

Merci d'avance...

[Marciane]

Trouvé !

Le problème ne venait pas du paste(), il fallait en fait écrire :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

read <- \"$fcs\$$pop\"

Les oublis stupides sont toujours ceux qui prennent le plus de temps à résoudre... sigh