Discussion :

[saracen]

Bonjour,

Ci-après un fichier txt(Hdr) qui donne des informations sur des fichiers au format raw.

En total, on a 17 fichiers raw, et chacun contient 13 images, soit 17*13=221 en tout

Une fonction a été crée pour récupérer les images depuis les fichiers raw à l'aide des informations de ce fichier txt notamment avec fread, reshape..etc

Code :

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!INTERFILE :=                           //Example format used in nuclear medicine
!version of keys := 3.3                 //Interfile version                                                     (string)
!filetype := native                     //native, expert, algo                                                  (string)
 
!EVALUATION SPECIFIC SECTION
!algo_name :=                           //Algorithm name (in case 'algo' in filetype)                           (string)
!expert_ID :=                           //Expert identifier (in case 'expert' in filetype)                      (string)
!tested_data :=                         //Name of the tested data in case 'algo' or 'expert' in filetype)       (string)
!test_parameters :=                     //Test parameters (in case 'algo' in filetype)                          (string)
 
!IMAGING SPECIFIC SECTION
!imaging modality := mri                //MRI, CT, USTO, USTT                                                   (string)
!originating system := Siemens Trio Tim 3T                 //constructor_system name,                                              (string)
!Partner_ID := Dijon                        //Partner identifier                                                    (string)
!Patient_ID := 001                          //Patient identifier                                                    (string)
!Patient_Status := rest                 //rest, stress, post-injection...                                       (string)
 
!GENERAL DATA :=
!data starting block := 0               //data offset                                                           (integer)
!number of images this frame group := 13  //Interfile compatibility                                             (integer)
!filenumber := 17                        //filenumber, by default 1                                              (integer)
!name of data file[1] := Dijon_PA_001_01.raw       //                                                          (string)
!name of data file[2] := Dijon_PA_001_02.raw 
!name of data file[3] := Dijon_PA_001_03.raw 
!name of data file[4] := Dijon_PA_001_04.raw 
!name of data file[5] := Dijon_PA_001_05.raw 
!name of data file[6] := Dijon_PA_001_06.raw 
!name of data file[7] := Dijon_PA_001_07.raw 
!name of data file[8] := Dijon_PA_001_08.raw 
!name of data file[9] := Dijon_PA_001_09.raw 
!name of data file[10] := Dijon_PA_001_10.raw 
!name of data file[11] := Dijon_PA_001_11.raw 
!name of data file[12] := Dijon_PA_001_12.raw
!name of data file[13] := Dijon_PA_001_13.raw  
!name of data file[14] := Dijon_PA_001_14.raw 
!name of data file[15] := Dijon_PA_001_15.raw 
!name of data file[16] := Dijon_PA_001_16.raw 
!name of data file[17] := Dijon_PA_001_17.raw //                                                            (string)
!imagedata byte order := BIGENDIAN	       //                                                         (string)
!number format := unsigned integer		//	                                                       (string)
!number of bytes per pixel := 2             //                                                                    (integer)
 
!GENERAL IMAGE DATA :=
!type of data := 3D+t               //2D, 2D+t, 3D, 3D+t                                                    (string)
!image_orientation :=SA                   //SA, LA2C, LA4C, LA3C, AX                                              (string)
!total number of images := 13          //Interfile                                                             (integer)
!matrix size[1] := 264                  //interfile compatibility                                               (integer)
!matrix size[2] := 384                  //interfile compatibility                                               (integer)
!width := 264                          //Image dimensions                                                      (integer)
!height := 384                               //                                                                   (integer)
!slice_number := 13                     //Number of slices                                                      (integer)
!phase_number := 17                   //Number of phases                                                      (integer)
!width_resolution := 0.91145831346512                   //Image resolutions in mm                                               (float)
!height_resolution := 0.91145831346512                 //                                                                         (float)
!interslice_distance := 5                 //Interslice distance in mm                                             (float)
!slice_thickness := 5                    //Slice thickness in mm                                                 (float)
!time_resolution := 44.98                   //Temporal resolution (time in ms between frames)                       (float)
 
Additionnal information (optional: To be discussed)
>origin coordinates and slice location (in case of 3D segmentation with multiple slice orientation). Could be
!slice_origin[1] := Ox,Oy,Oz                                                                                 (float x3)
!slice_orientation[1] := dx,dy,dz                                                                            (float x3, directional vector)
!slice_origin[2] := Ox,Oy,Oz                                                                                  (float x3)
!slice_orientation[2] := dx,dy,dz                                                                               (float x3, directional vector)
...
 
!METADATA := (optional: to be discussed)
 
!END OF INTERFILE :=

A la fin de ce fichier (ligne 61-64), l'auteur a dit qu'en cas de segmentation 3D, on a des informations supplémentaires voire slice_origine et slice_orientation

Qu'est-ce que ces dernières représentent?

Comment on peut les avoir? Depuis les fichiers raw ou?

Par ce qu'en cas de segmentation 3D, on a besoin de x,y et 'z', est-ce que ça un rapport avec la coordonnée z? Sinon, comment on procède pour l'avoir?

Je vous remercie.

[b_reda31]

A la fin de ce fichier (ligne 61-64), l'auteur a dit qu'en cas de segmentation 3D, on a des informations supplémentaires voire slice_origine et slice_orientation

Qu'est-ce que ces dernières représentent?

Comment on peut les avoir? Depuis les fichiers raw ou?

Par ce qu'en cas de segmentation 3D, on a besoin de x,y et 'z', est-ce que ça un rapport avec la coordonnée z? Sinon, comment on procède pour l'avoir?

Je vous remercie.

Bonsoir,
Le Fichier Raw contient uniquement les intensités des pixels/voxel de l'image/volume. Afin de pouvoir lire et afficher correctement les différentes coupes (s'il s'agit d'un volume), vous avez besoins des informations d'entête contenues dans le fichier hdr (header).Parmi ces informations, les plus "importantes" sont :
- Le nombre de dimension du fichier raw : (2D,3D, 3D+t,...etc.)
- Les dimensions sur chaque axe (Xdim,Ydim,ZDim)
- La représentation des intensités (sur combien d'octets / signé ou non).
- La stratégie de stockage (Big/Little Endian)
- ...
Chacune de ces informations est stockée à un offset bien précis dans le fichier hdr. Mais ces emplacements peuvent variés d'un format à un autre (Analyze,Nifti,SPM,...etc). Sur ce lien vous trouverez une description assez détaillé du format Analyze.
Pour ce qui est de l'orientation (cas d'un volume), je pense qu'il doit s'agir d'une "codification" permettant de déterminer quels axes correspondent à quels coupes dans les images médicales (Coronal, sagittal ou axial).