module Bio::Tools::Run::Alignment::Sim4 !

**Jasmine80** · 05/05/2011, 08h38

Bonjour,

J'essaie d'utiliser le module Sim4

Bio::Tools::Run::Alignment::Sim4 - Wrapper for Sim4 program that allows for alignment of cdna to genomic sequences

mais j'obtiens l'erreur :

Use of uninitialized value in concatenation (.) or string at C:/Perl/site/lib/Bio/Tools/Run/Alignment/Sim4.pm line 282.
Use of uninitialized value in concatenation (.) or string at C:/Perl/site/lib/Bio/Tools/Run/Alignment/Sim4.pm line 290.

et un des fichier s'ouvre

Voici mon code :

Code :

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#!/usr/bin/perl
 
use strict;
use warnings;
 
use Bio::Tools::Run::Alignment::Sim4;
 
 
 
my $cdna_seq = "P:/Theorie/Driss/PCR_quintuplex/sequences/p16.fa";
my $genomic_seq = "P:/Theorie/Driss/PCR_quintuplex/ref_DNA_sequences/p16.fa";
 
my @params = (W=>15, K=>17, D=>10, N=>10,cdna_seq=>$cdna_seq, genomic_seq=>$genomic_seq);
my $sim4 = Bio::Tools::Run::Alignment::Sim4->new(@params);
 
 
my @exon_sets = $sim4->align;

Merci beaucoup

**Philou67430** · 05/05/2011, 08h59

Pour t'aider, il faudrait que tu fournisses les deux fichier .fa ...

**Jasmine80** · 05/05/2011, 09h06

Merci

$genomic_seq

>genomic_p16
ATGTGATGTTTTGTTTTTAATTCTGTTTTCGTGGTGTATCACATATGTTAAATCATCCCTACATTCCTGG TATGAAACCCACTTGATCATGTCATGGTGGATTATTTTTTGATATGTTGTTGGATTCTGTTAGCTAGTAT TTTGTTAAGGATTTTAGCATCAATGCCCAACAAGGATATCAATCTGTAGTTTTTAAATGTGCTTTTCTGG ACCGGCACGGTGGCTAAGGCCTGTAATCCCAACACTTTGGGAGGTCGAGGAGGGCGGACCACTTGAGGTC AGGAGTTCGAGATCAGCCTGGCCAAAATGGTGAAAATCCGTCTCTACTAAAAAGGTGTTGTGGCGGGCGC CTGTAATCTCAGCTACTGAGGAGGCTGAGGCAGGAGAATCGCTTGCACCCGGGAGGCGGAGGTTGCAGTG AGCCGAGATCGCACCACTGCACTCCAGCCTGGGCGACAGAGAAAGACTCCGTCTCAAAAAAAAAAAAAAA AAAAAAAAAGTTGTTTTCTGCTATTTCCTGAACTTTATTACGTAAATGAGACACGTGAGATCTGGAAGGA GGTGGAGGTGAAGACCCTCCCACCTGGCCTGCATCCAGAGTACTTGGGGTGTGGCACTGGCGTGGGCCCC AGGAAGGATCCCAGCCAGTTTTGGTGCTGGAGGCCCGGCCAAAGGAAGGGCTGCTCTCCCGTCCCGCGGG CTCCGAGGTCGCCGCACCCGGGCGCGCCTGGGCCTCGTCACCCGCGCTCGTGACGCGTGCTTACAAAGGA AACTTTTACAGGTTTCGGTGGGCAGGGCCTTTTATTGCCCTTCTGCTCCACAGCCCCCGTGCTTAATCGG TTGGTTGGGAGGTTTCTTTCGTCCGTGGTTTTGGAAAGTCCCCGCCTCCAAACCGCAGTCCCGCAGTCAG TTCTGCAGCCTCAGGGCCTCGAACAGCCATGCTTAGAATCCGTCCTTCTTTCCTGCTCCATCTACCCTTC CCCTCTGGCTTCTTTTTTTTCACTGGAGAAAGCCCACCCGAGTCTCTCAGCCTGCTTCGGAGGTTACTGC GGCCTCCTCCACGGGTAGTTCTGGGACCCGGGTCTAGTCCGCGGTTCCGGAGCAGGTCCCTCCCTGGAGT CGTCAGGCCCAGTATGCGTGTGCTCAGTGTGCTCGGGAAACACGCGTGGGCTTTAACAGCAGATCTCCAT AAAAGGGTCCCGGAGATAGCCTCTGCCTGGCCCGAGGCCCAGTGCCTCAAAGCGGACGCCTTTGCGCTCC CGGAGGTGCTCACACCACAGCGGAGCCTGCTGGCGAGTGGAGCGTAGGACTGCGAACCAGCAATCTCCCG AGAAGCGGCGAGGGGGAGGGGAATGTCTGTGAATCGGTTATCCCTCCCACCCCCAGCAGAAGTCGGGGAA ATGGGGGTGGAAGGGGGAAAAAGGGAGAGAACAGGAGTGGGGTTGAGGAAGGGTAAGGAGGAAGGTGAGC TTCCTACAGCTGCGGGGGAAGGTGGAGAAAATTTTCAGGGGGACAGCTGAGTGGTAGAGCTAGCGAGCTT CAGAGAAATGTTGACAGACAGATGCCCAGAAAGTGAGGATGCCGGGCATGGGCACTGCGTACCAGGCACA GGAGATATATGGAGGCAGGAAATTGGCACATCATAAGCATTTGACCATCCTGCCCTAAAACAAAACAAAT TGAACAACAACAACAACAAAAGATAATAGCAAAAGTGGCACAGTAGTGAGCTCGCAGGGCCCATTCCTAT ATAGAAACACAGAAAAATAAGCAAAAGCTGCCAGAATTGACTTCGTGGGAACTCTGGGAAACAGTAAGAA AGTTTTACAGCAACCAAGTGAGTGCTGAACCAAGGCAAAGGTAACTGAAACGCAATGATAGAGAAGAGGG GCAGGGAAGTGTTGGGTAGACAAAGGCGGGTCCCTGGTAAGGGCCCTCCCCTGGGCCTGTGCCCACTGGA CCTAGGTGAGGACAGGCACTCCTTCCTTCACGCCCAAATGTTGCATATCCCAAGACCACCCTGTCCCGCC ACGCCCCCATCCTTTGCCTATGAAAACCCTGAGACCCTAGCAGGCAGACACACAAGCGGCTCTATGTCCA GAGGAACTCATCGGAGGAACTGGACGTGGAGCGGGGCACCCCAGCGGAAGGGAGCACGCCAGTGGAAGAG CACACTGACAGACCATAGGAGTCAGTCTGTTATATTATCATAGTATAATATTATAAAATTATTATAATAC AATAAAAATATAAAAATATAAATAATGTAATAAATATGGATAAAAATAATAATTACATATTTATATTTAT ATGAGAACACTATGAATAATTTTAAGCCAAAAAACAACTCGATGTTCATCACTGGATGAGTAGACGAGCA ATTTCCAGTATATTCATACAATGGAATATGATTCAGCCATAAAATGAAATGAGGTACTGATACATGCTGC AGCAGGAATGAACCCCCAAAACACTACACTTGGTGAAAGAAGCCAGACACGGAAGGTCACATATTGTATG ATCCCATTTATAAGAAATATTCAGAATAGGTAAATCCATAGAGACAAAAGGAGTTTTGTAGTTGCCAGGA GTTGGAGGCAAGAAGAGTTTAACAGGTATGCTTAATGGGGCCTCCTATGCAGTTGACGAAAATGTTTTGG GCTAGATAGGAGTGATGGTTGCATAACATTGTACTAAATGCCACTGAATTCTACTCTTTAAAATTTTTAG TTTTATGTTATGTGGCGTGTACCCTAAAAAAAAAAATAGAGGTGCAGTGCTCCAGCACGGGATGAGGCAG CGTGGACAGGAGCATCTCCCAACCTCAGTGAAGTCTGAGCCGCGTGCCTGCAACAATCCCACTGTGGCAG AGAACCGCAGAGTTCCTTCCGGTTTGGCAGCAGTCATTCGCAACCTCACAGCCCTCTGGAACCCCAGCCT GGGGGTCTCAGAACGCCGAGGCGGGGACTGGGAGCCGAGTCGGATTCCGAGACTATGGGCCAGGGTTGGC TGGATTCAGTTACCTGGCTGAGGCCTGGTGAGCAAAATATCCCAAACCTCGCGTGATCTGGAAGGGGAAG CCGGATAAATACGGATCTCCAGATGTGCCAGTCTCGAGTCTATCGATATGAGGTCCCCCTAGAGTTTCTA TTCATCATTTTAACCGCATTTCATCGATCTTGAGACACGGCTTTTGATATTTTATCACCTCAAGATAAAT AGTGTTAGATGTCTAATAGCAGCGTTTTTCTAAGAGATACATGAAACAACAGTGTCAGAAACGATGCTGT CTTCCATGCGATGAAATTGTTGTAATAGGTGCTCAATAAATGTTGACAATAAATGAGTGAATGAATGAAA ATTATTTTATTTTTATTTGAGCTTTGGTTCTGCCATTTGCTAGCAGTGTGACTCAAGAGAAGCCAGTAAC CCCCCTGAGCTTCCCTAGTTCACAAAATGCTTGTCATGAAGTCGACAGCTTCCGGAGGCTGCGAGGCTCG CAAGAAATGCCCACATGAATGTGCGCTTAGGGCGTGAGTGCTCACTCCAGAAAACTCCAACACAGTGAAA AGGCAGAAGCGGTGTTTTTCTTTTTTACATTTTTATAAGAATATATAAAAAATGATATAAATGGACATTT ACGGTAGTGGGGGAAGGCATATATCTACGTTAAAAGGCAGGACATTTTTAAAAGCTCTATTTTCTAAATG AAAACTACGAAAGCGGGGTGGGTTGTGGCGGGGGCAGTTGTGGCCCTGTAGGACCTTCGGTGACTGATGA TCTAAGTTTCCCGAGGTTTCTCAGAGCCTCTCTGGTTCTTTCAATCGGGGATGTCTGCAGAGGGCAGAAA GAAAACAGGCGTTAGAAACCTGAGGTCAAAGATGTGTGGCACATCCCGCCCTCCTCTCTTGCCGTCCCTA CCGGCATTGAAATACTTATGGATAAAGTTCTCGCAATGGCTTCACGTGCATGTACCCGCCGCCACCGCTC TCCCACACCTCCCTGGTCCAGCAGCTAGTCCACTGCCCGCCTGGCTGCTCCAGGCGCGCCGACCGCTCAA GCGCTCCAGGTCCACCCGGCGGAGGGCAGAGAAAGCGCGACCGCGCGGCCCGCAGGGTTGCAAGAAGAAA ACGAGTGTTATATAATGAGTCTCAGTGGTTGCTCACAATGCCAGGCGCGAAGGCGTGAAGATGTGGCCTT TCCCTTCCCGCATCCCCAGGCATCTTTTGCACCTGGTGCGGAGTGAGCCAGCCAGCTTGCGATAACCAAA GGGCGCCTCAGGCTCTGGCGCTCCTCGGCGGAATCCCGTAGCTTCCCTACGCATGCCTGCTTCTACAAAC CCACAAATGGTTTCCGATCATTTCTGAAACAAAATGGATGCTCATTTATTCATGTGCTCTGGCTTCTGCC TTCCTCTCTAATCTCGTTGCGTATGGGCTCCAGCTCGCCGTTCGGTTCTCCCGAGGCAGCATTTACACTT GAGAGTCTCAAGATTATTTTATTCCTGAGGGAGCATTTGCACTTGAAAGTCTCTTTTTACGTTTATTCCT GAGGCAGCATTTGCACTTGAGTTTCTTTCTCCCGTAGCTTGCATTAGATTCTCCGACCACTCTTTAGCTT CTCCTCCTATTCACACTTCATATTTACCCATTGCATTGGTTTTATAAACTCGCTCTCTGAAAATAGATTG TTATCTTCCTTAACGTCTGTTTCCCAGGTCGGGCAAGATAGCTTGGGACTGTAATCCCAGTACTTTAGGA GGAGGAGGGGGGATGATCGCTTGAGCCCAGATAACATGGTGAGACCTTCGTCTCTATTAAACAAACAAAC AAACCCAGGCGTCGTGGCGTGCACCTGTGGTCCCAGCTAGTCGGGAGGCTCAGGTGGGAGAACCCCTTGA GCCAGGGAGTTTGAGGCTGCAGTGAGCTGTGATCGCGCCACTGCACTCCAGGTTGGGCAACAGATCGACT CTGTCTCCAAATGTAAACCCCATGAGGGCAAGACTCTTGTTTGGTCTCATTCACCTTGGCGTGCCCACCA CCTAGAACAGGGCTGATCACGCAGTAGAATCTAACCATATAATTAATTGTGCTTGAAGAGGGGGTGTTGG GGAGTAAGAGAAGGAAGGGAGGAGGGAAGAAATGAAAGACTTGTGTGTTTGGATTAAATATATTAGGTTT GGTTAAGAGTCGTTCAGTTTATTCATTTGCTTGTGGCCCAATTCAGTAGTTTTACTCCCTCTCCCACTTG GCTCCTCAGGCTTTTTGCTCAGCCCTGGAACCGCGCTGTAATTGGCAGCTCCTTCTAAATCGGGACCCGG ATGCTAGCTGTAACTGGAGCCGAAGTCTCCTTCTTCACCTCCCGGGACCTGGATGCTAGCTGTAACTGGA GGGAATTGGCGGGGGGGAGGGGAGGAGGGGCCGAGTAAAGAAGAACTTCGCGTCTTTAACTTCGAAGGTG ATTTTGCGTTCTGTATTTACAGCATCTCCAAGCAGAGGGCTTAGAGCTAACTCTTCACCCTGTCCTCCCC AGCTCCCCTATGGCCCAAGGAGCCCAATGCCCCCGTTCTGGGCCAAAATAAGATGGATTTCATAATCTTC AAGGTCATGTTTTACCTTAAATATTCGTGTTAATTCCCGTGTACTGTTTCATATATCTATTTTGTTTCAA AAAAAAATGTTCCTCCCCCCAGAAACAATTGAGTAATGTTGGCAGTTTCAGCAGACAGCTGTGGGAGTAG GGAACTGGGGCCATGGAATGGGGGCGGAGGGAGGATGCTTTGAGATCACAAAAAGGAAAGGCAAGGGCAA GGAGGACCATAATTCTACCTTCATCGCTCAGCGATCTCTTGCACAAGTTTAAGAGGGAAAGGAGCCAACT CCGGTGCACAGACTGCCAGGGTCAGCGAAGTCTTGGTCCTGATGTCCCCAGAACCCCCTGGGGCAGCTCT GGAAAACTCTACCGCATAAAGCGGAGGGTCAGATTAGCTGAGGAGGGTCAGATTAGTTGAGTTGTGCAGA AGAGCCGAGATCGAGAGATCTCCAGATGATGCCACGCACAATTGGGTTTGGAAATCCTGAGGTTGGTCCA GCCAGCTTGGTATGCAAATGAGGAAACAGACCTGGTAAGTGGATGCAACTGGCCCTAGTTTGGAGGAAGA GGGGGCACTAGACCTCTAGCCTCTTGAGTCTTCATTGCTCCGCAGTCTAGGCCTTGAACTAGCAGAGGGT AGGTGTTTGGGTGGTGGTATGCTTTGGGAAGTATAATGTACAAAATGGGCTTTCACGTGCGCAAGTCCAT TTCGGGATTATTTCCCATTTGCCGCCCTGGCGGGGCAGGGCGATAGGGAGACTCAGGCCGTCCCACCGAT TGGCGCGTGAGCTGAGGCAAGACCGGAGACTGGTCTCCCGGGCTGAACTTTCTGTGCTGGAAAATGAATG CTCTGAGCTTTGGAAGCTCTCAGGGTACAAATTCTCAGATCATCAGTCCTCACCTGAGGGACCTTCCGCG GCATCTATGCGGGCATGGTTACTGCCTCTGGTGCCCCCCGCAGCCGCGCGCAGGTACCGTGCGACATCGC GATGGCCCAGCTCCTCAGCCAGGTCCACGGGCAGACGGCCCCAGGCATCGCGCACGTCCAGCCGCGCCCC GGCCCGGTGCAGCACCACCAGCGTGTCCAGGAAGCCCTCCCGGGCAGCGTCGTGCACGGGTCGGGTGAGA GTGGCGGGGTCGGCGCAGTTGGGCTCCGCGCCGTGGAGCAGCAGCAGCTCCGCCACTCGGGCGCTGCCCA TCATCATGACCTGCCAGAGAGAACAGAATGGTCAGAGCCAGGGTGGGGGCCGGCATGACGGAAAGGAAGC TTGTGTAGAGCCCCCTCACCGCCAAGCAGACCCCCACACAAGCCCCAGGTGTCTAATTACCCCTACATTT GCTTCCAGTTTCCAATTTCCTTCTTGAGTTCTCTATCCATTCTTCAGTACACAATGAATTCCATTATATC CTCCGAACTTCTGCGGAGCTGTCGTCACAGGCAGAGAGCACTGTGAGGCACGGGCAAAATAGCAAAGGGG CAGGGACAGACTGACTTTTACTCCAGGCTAACTTCCTGTATTTCCCCTGAGATACAACTACTGAAATTTC TTCCTGAAATTATGTTAGGCCTGGAGATTTTTTTTTTTTTTTTTGTTCACTGCTGTATATCCAAGCGCAG AATGTGGTAATTGTTAAAAAGAGAAAACTTGTTTGTTTGTTAAAACAAATTCTCACAAAACTTTTAAGTT ACACTTAGCTTCTGGGAATGTTGAACTTCAATTTCTTTTTCATTATATTAGTTTTAAAATTATATATTGG GATAGTACAGTTGTATATATTTATGTGGTACAATATGAAGTTATGATCTTTGAACACAATGGGGAATTAT TAAGTCAAGCTAAGTAACCTATCCATCATCTCAAATATTTGACATTTTTGTCAAATGAGAGCATTTGGGA TTTACTATTTAGCTATATTCATCATGCTATGAAACACATCTCAAAAAAAACAATCAAACTTATTCCTCCC ATCTTAACTGAGGCTTTATATCTTGATTACCATCTCCCCATTCCTCCCACCCCCCAGCTCTAGTAACCAC CATTCTACTCTTTACTGCTAAGAATGTAATTGTTTTATATTTCACAGATAAGTGAGAACATGTGATATTT GTCTTTCTGTGTTTGGCTTATTTCATTTAGCATAATGCTCTCCAATTCCAAAACTTCAATTTCTTCAAGT ATAAAATAAGAAGGCTAGTTTAATTAACCCTAAAATTCCTTCCTGTGGTAGGCTGAATAATGCCCCCCCA CCCCCAATGTCTATGTCCTAATCCTCAAAAACTTTTAATACATTAACTTATGTGGCAAAAGAGGCTTTGC AGATGTGATTTAATTAATGGTCTTGAGGGAGATTATCCAGAATTTTCAGGGTGGGCCCAACATAACCCCA AGTGTTTTTATTAGAGGGTCACAGTCAGAGAGAAGATACAAGAATGGAAGCACAGGCCACAGAGAAAATA CAGAGACCATGAGCCAAGGAATTTGATGGTCACTAGAAGCTGGAAAAGACAAGGAAACAGATTGCCCCTT AGAGTTTCCAAAAGGAATGAAACCTTGTGGACCCATTTTTGACTTCTGATCTCTAGAACTGTAAAATAAT AATTTTGTGTTTGTTTTAGCTAACACATTTGTGATAATTTGTAACAGCAGCAGTAGGAAACTAAAACACT TCCCAGGTTTATGATTTGAGAGTTCATTAAACAAGAGATGGTCACCTCTTTGGTTCCTAAATCATCTTGG AAACAAAGCCATTTCCAGAGAGGAATTTTAAAATACTGTCTGCAGTCATAGCAACCTTAAAATTTGAGTG CTGCATGGTGGAAGTAGACAATTTATTTTAGGATAACTGTTATTTGTTATATTAGTTTGAGGATGGTGGT GTTAAAGAGGAGTTACTTATTTTTAGGTACATTTCATACTAAACACAAATTGCATAATTTGCCTAAATCA AGGAATTATACTAAATTATATTATGGTTATTAAATCCTGTCCTGAGAAAGTGAAACTGACTCAGTTTTCA AAGAGACAAAGAGAAAGTATAAGCAAACCAAATTGCAGCTACAAAAAGAAAGACAAAATGTTGCAGTATA TTTATTGTTTTGTGTATTCAATGAAGTCCTTCGTCTTGGTCATAAAACTAGCCTTAAAGGTTTTTCTTAT ATTTCATAGTATGAAAAATCTAAAAAGTAACCCATATGTAAATATTTAAATCATGATAGAAATCCAAAGC AAAAAGAAAATGAATCAATTGAATTAAAATGTGTAGGATGCTTAAACCCATTTGATAATATATCCATTTG ATAATATACTAATATGAATTTAGTACTTTAAAATGTTATATAAATAAATGTTCCTATATTAAACACCAAT GTAGTTAGGATTCTAAGCCAACATCATTTCCCCTTTTCTACATGTTCTTCTCCCGTCTCCATTAAAAATT GTCAAAACTATCCACTTTTCTTTTTCCTTTTTGTTTTTAAACAAATAAGGTCTCTTCTAAGATATTGTAG GACTACAAAGCCAAACTCCCGGGTTCAAGCTGTTGGCAAAATTTTAGAGATGCTAAGTTACCCATGTATT AATTACTTTTAAATCCTCCCCTAACTCCCTCACAAAACAGGAGTAGGGAGAGGAGAAACACCTCTGTTCA AAAATGAGGAATTGAAAACTCTTATCACAAATAAACTATATCAAGTAAGCTAAAGATAGTAAAAGAGCAA AAATGTTAGCAGATATTCCCAAAATGGTAACTACATATTACCTCTGGAATGATCACATGAATGTGGCTCA TTATTTCCTAAGTTCCTACAGCAAACATATATTTATTTGCCCTACTCAGTTAAAAATAAACACAATATGT AGTTGCTTCTGAATAATTTTTCTCTCTCTCTTTCTCTCTTTCTTTCTTTCGACAAAGTCTCACTCTGTCA CCCAGGCTGGAGTGAAGTGGCTCCATCTCGCTGTTCACTACAACCTCAGCCTCCCGGGTTCAAGCGATTC TCCTGCCTCAACCTCCCGAGTAGCTGGGATTACAGGCGCCTGCCACCACCCCCGGCTACTTTTTGTATTT TTAGTAGAGGCGAGGTTTCACCTGTTGGCCAGGCTGGTCTCGAACTCCCGACCTCAGGTGATTCCCCCCG CCTTGATCTCCCAAAGTGAAGGGATTACAAGGCGTGAGGCACCGCGCCCGGCCGCTTCTGAATAATTTCG ATCAAAATTTATATTCGATATTTATTCCAACATACACCACAGATTTCCACTGATAATCCCTCCTAGTAAG AAAGATAAGCTCCATCCAGGTATCTGTGAATTGGAGGCTAAGTAGTCCCAGCACATCTTACATTTCTTTA AGACTCCCTTTTTATCCCAAACGTTCGTAAATTTTGTATCTGATAAAGAGCATACTTCCATCTAATACAA ATATGTTCCCCCCTTCAGATCTTCTCAGCATTCGAGAGATCTGTACGCGCGTGGCTCCTCATTCCTCTTC CTTGGCTTCCCAAGCCCCCAGGGCGTCGCCAGGAGGAGGTCTGTGATTACAAACCCCTTCTGAAAACTCC CCAGGAAGCCTCCCCTTTTTCCGGAGAATCGAAGCGCTACCTGATTCCAATTCCCCTGCAAACTTCGTCC TCCAGAGTCGCCCGCCATCCCCTGCTCCCGCTGCAGACCCTCTACCCACCTGGATCGGCCTCCGACCGTA ACTATTCGGTGCGTTGGGCAGCGCCCCCGCCTCCAGCAGCGCCCGCACCTCCTCTACCCGACCCCGGGCC GCGGCCGTGGCCAGCCAGTCAGCCGAAGGCTCCATGCTGCTCCCCGCCGCCGGCTCCATGCTGCTCCCCG CCGCCCGCTGCCTGCTCTCCCCCTCTCCGCAGCCGCCGAGCGCACGCGGTCCGCCCCACCCTCTGGTGAC CAGCCAGCCCCTCCTCTTTCTTCCTCCGGTGCTGGCGGAAGAGCCCCCTCCGACCCTGTCCCTCAAATCC TCTGGAGGGACCGCGGTATCTTTCCAGGCAAGGGGACGCCGTGAGCGAGTGCTCGGAGGAGGTGCTATTA ACTCCGAGCACTTAGCGAATGTGGCACCCCTGAAGTCGCCCCAGGTTGGGTCTCCCCCGGGGGCACCAGC CGGAAGCAGCCCTCGCCAGAGCCAGCGTTGGCAAGGAAGGAGGACTGGGCTCCTCCCCACCTGCCCCCCA CACCGCCCTCCGGCCTCCCTGCTCCCAGCCGCGCTCCCCCGCCTGCCAGCAAAGGCGTGTTTGAGTGCGT TCACTCTGTTAAAAAGAAATCCGCCCCCGCCCCGTTTCCTTCCTCCGCGATACAACCTTCCTAACTGCCA AATTGAATCGGGGTGTTTGGTGTCATAGGGAAAGTATGGCTTCTTCTTTTAATCATAAGAAAAAGCAAAA CTATTCTTTCCTAGTTGTGAGAGCCCCACCGAGAATCGAAATCACCTGTACGACTAGAAAGTGTCCCCCT ACCCCCTCAACCCTTGATTTTCAGGAGCGCGGGGTTCACTAAGTCAGAAACCCTAGTTCAAAGGATTCCT TTTGGAGAGTCGGACTGCTCTCTCCTTCCCCTCCCCTTCCCCTCCTGCGTGTAAAACGGCTGTCTGGGGC AAGGGTTTCTCAGACGTGTACATTGCCTGGTATAAGAGCAGACTCTGAAAAGATGAGGTTTATTTAATAC GGACGGGGGAGAATTCTGCCTGTAGGCAGATAGGAAAATGGGGAGGGAGTCATTGGAAGGACGGACTCCA TTCTCAAAGTCATAATTCCTAGACCAGAAAAAGTGCTCAGTGTTCTAGAAGCAGAGTTGCACAGTGATCC AAAGACCAGCTTCAAATACTGTCCTGTCTCCTTCACACTTCTCACATTTCTCTTTCCTACTGAAAATACC TTGCATTTTTCGTAATTATAAAGGGGGAAGGGAATATGAGTGCCCCCTGCTTTATAGGGGTTGTTGTGAG TTTAAATGATGTATTAATACATATAAGCCTTAAGAACAGTGCCACACATCCTAAGCTAATACCTGTTAGC TCTTGAATTATCCGCTTTGAGGACTGGCTTGCAATCTTGTTTTGAGGCATAGAAAGAAAATGCTTTGGAG CAGGACGCGGTGGCTCACACCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAAGCCGAGGCGGGCAGATCACCTGAGGTC AGGAGTTCGAGGCCAGCTTGGCCAAAATGGTGACACCCCGTCTCTACTAAAAATACAAAAATTAGCTGGC CATGGTGGCGCACGTGTGTAATTCCAGCTACTCAGGAGGCTGAGGCAGGAGAATCGCTTGAACCCGGGAG GCAGAGGTTGCAGTAAGCCGAGATCGCGCCACCACCCTCCAGCCTGGGTGACAGAATGAGACTCCGACTC AAAAAAAAAAAAAAAAATGCTTTGGATAGAATTATCACTATTACATAAAAGGAAAGTCCGGATGCGGTGG CTCACGTCTATAATCCCAGCATTCTGGGAGGCCGAGACAGGCGGATCACCTGAGGCCAGGAGTTCGAGAC AAGCCTGACCAACATGGCGAAACCCTGTCTCTACTAAAAAATACAAAATTAGCGGGGCTTGGTGGCGCAT GCCTGTAATCCCAGCTACTCGGAGGCTGATGTAGGAGAATCGCTTGAACCCAGGAGAAGGCGGAGGTTGC AGTGAGCCGAGATCGCGCCATTGCACTCCAGCCTGGGAGACAAGAGCGAAACTTGGTCTCAAGAAAAAAA GAAAGAAAGAAAGAAAGAAAGACCAAGAAGAACTTACTCCCTGAAAAGATTATGGGCACCCTCCACCACC CTCACTTACAAAGAAAAGTTAAACAGCACTAAAGAGTATAACAAGCGCAAGGAGGTAAAAGTTCTAATTT TTCCTGTGACTACTACTTTTTAAGCTTATCAAAAACATGTACTACGTTTTAAAAAATGGATTGCTCAGAC TTTGCTGATGCCTTAAGCACATGCTTAATCTGCCTACTGGATAATCCAGCTCTGTTTAAAAGTTATATTT CAATCCCTGGTTGACTTAAACCTTGTAGACCCAGTATATCTTGTACTTTTAGTGTCTGCTTGATTTTAAA ACATGTAGTTTTTAAAATGAAGCCAATGAAAACAATTTGGGATGTCAAGTATGTTATTAAAATCTACAAT GCATTACTGTACCATTTATATTTTCCTCGGGGTACCTCTCAATTAGCTGTGTAGCAATGATAGGGAAAAT TCAAACTATCGATAAATAAAATTATTTTAGTTTAGTTTAAGATATTTTATGATGGAGGAGGAAGAAAGTG GTTGCCAGGATGGGAGGGAGGGAACACATTTCCATCACTAATACAATGGTTCTTTCTTTTTGTTTGTTTG TTTTGTGTGTTTTTTTGAGATGGAGTTTCGCTCTGTTGCCCAGGCTGGAGTGAAATGGCACCGCACGATC TCTCTCGGTTCACTGCAACCTCCGCCTCCCGGGTTCGAGCAATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCGAGTAGCT GGGATTACAGGCACATGCTGCCATACCCAGCTAATTTTTGTATTATTAGTAGAGACGGGGTTTCACTATG TTGGCTAGGCTTGTCTCGAACTCCTGACCTCAGGTGATCCACCCACCTTAGCCTCCCAAAGTGCTGGGAT TACAGGCATGAGCCATCGTGCCCGGCCTACAGTGGTTCTTAATGGGGGTGGGAGAGTGGGAAGAGTAGGC TCCTTCAAGAGTCTGTTGAAATAAATACCTTCTTCTCAAAAAAGAAAGTAGGTAATGATTTTTTTTAAAA AAGATGTGTTCACTTGCACATGTATTTCTAGATAAAACTTTCAGTGAATTCAGGGATTTCTCTGAAACTC TACCATGGATTCCTACATCAAGAACTCTTTCAGCTCTTGTGAAAAATATATATAGCTATTGGTGAAGAAG ATGGGAGATGCAACCATATAAAAACAACATTTGGATGCATTATAAACAGGTGTAAAAGTTGACTGCTTTG GAAATACCAAGAACAAGTTTTAGATATGTATATCTCATATCTTGCAGTAGAGCTCTGGAAGGATTATGGC ATCCTTGGGTGGGGCCATTTTGCTCTAGAAATTGAAGTCCATTATCCATTATAAATCTTATGTAGGGGGG AGGGGGGAGGGATAGCATTAGGAGATATACCTAATGCTAAATGATGAGTTGATGGGTGCAGCACACCAAC ATGGCACATGTATACATATGTAACAAACCTGCACATTGTGCACATGTACTCTAAAACTTAAAGTATAAAT AATAATAAAATTAAAAAAATATTATGTAAATAATTAATAATAGTGGGAAAACTTTCCTAGTTTTTCTGTT AAAGAGCCCATTATACTCCCAGTTTACTCATACATATCGACCTGAGGTGCAAAATCCTAGAAGAATGAAA ATATAAAGTCCTGGATCTCTGTGCTCCTTATGCCAGTCTCAGATTTCCTATGTGCAAAATGGGATTATAA TATATTTCATGTGGCCATAAAATATGATAATGTATGTCCAAAAGCTTTTAATGTAAAAATTTACTACATT TACTAAATTTACTAAAGTTTGTTGGTTATTGTTATTATTATTCTCACACTTACTTTTCCTCTTTCCTGAG AATGCCATTCTTTTTTTAGATTTGCACTGCCTTTGCAGTTTTGAAAATTCTACACGTGAAATTTAAACCT GTCTTAATTCTGATCAGTCTTATAACAAAAAAAGACTACCACCTGTTCATTCATTCAACAAGCTCAGAAA CTAAGGGCAGACATGGGGTGGGGGCAGAGGGGAGTAGGTCAAACATAGTATCTCTACAGTCAGACTGCCA GGGTTCAAACCTCAACTGTTCCACTTATTGGTTCTTTAACTTTTATCAAAGTTACTCAACATGTCTGGGC CTCTGTTTTCTCATTTGCATGATTAGGATAATAACTGTACTTGCCTCAAACAGTTGTTTAGGGATTAAAT GAAGCATGTAACGCTCTTAGAAGAGCAAAATAAAGCACAGAATGATACAAGAAAATGAAAAGGTGACCAA ACTCATTCTCATTTGTCTCTAGTAGGCAAAGGCTTCCGGATGCTGAGAGCTGATCCCAGTCTTGAAGAAT GATGTGAGAGTTTAAAGATGGAAAAGAAGGAGAAAGATATTCTAGGCAGAGGTAAGAGGATGTGCAAAGG CATAGAAGTTTAGGAAAACTGAAAGTGATTCATTTAGACTTATTCCTGAAAACCAGCCTGTGAAGGACTC CTCAGAGAGCCAAAAGAAAAACTAGGATAATGGGATGGCAAGGAAGTGGGGACACTGCGTTGACTACTCT TTCATAGCTTGGTTGTGATAGTTCAAGGCCCTATGCCATGAAGTGAGGCAGATGGAAGGTGGAGGAGACC TGAGCACACATATACCTGGAAGGGCAAGTGCCAAGTGAAGAGAAGGGAAAGTTAGAAAAGAATAAAAGAA AAGTTAAGTACACAGGCAAGATAGGATATTTTTGAGGACTTGAGGTCCCTCAAAAATAATGAAGAAATAG AACTCAAAGTACAGCGGTGGTTATAGATTTTGTCACAAGAGATACATAGATTTGGGAGGGAGAAAAGGTC AGAACGGGGAGGAAGTTGAGGCACTTCCTTCTATGAATGAGGAGGTTAGCTTGTTTGCAGAGTGAAAATA AGATGGTCGGTTAGGAAGTTTGAGAATCGTAAAGGTTTGGAATACCTCTTATGAGTAGAGAGGATGGGTT GAGTAAGACTCAGACAGAGAAGCCTTTTGTTTTGTTCTTTAAAACCAGACTGGAGAACCCAGCTGAGGGT GGAGATCATGACACAGTAGGGACACCTGATTACTTTCTTTAAACTAAAGAAAGCCCTGCAGTGGTGCTAC TACTTCAGCAACCCTACAAATCAAAGACTAGTCATAATAGATGTGAATATTAATTCAACATATTACCATA AAGAGACAGAAAGATACTTGAGAAGGTAGTGTTCCAGAGTTGGGTTCTGGTTCTGATGCGGCATTGTAGG ATTGGCAATATGCACGTATTTCATGGGATAAGCAAGATGATTTTGTTAGGAAAATAAAGGGAGTTGAGGC 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ATGCCTGAATATAAAATAGCTGAATGAAAGTGGATGGGTTCATTTTAAAATACAAAATTGTTTTTCTTGA TGGTGAAGTGTTTAAGAGGTGGATTAATCTCATTGGGCAACAAATAGAGAAGATATTAGTAGTTAGGTAT ATGAGAATCAGAATTCAGATAATTTGTCTTAAAAATTCATATTCAATGTAAAAATTTTATATTTAGAAAA TGAAACTGTACCCATTGTTTATATAACTTAAACTGCCAAAATAAAGCACCACAAAAACTTTTTATCACGT TGGTTTTTGTATCAGGCTGGGCTTTGCAGCAGATGGAGGAGCTAGGGCAAGCTTGTCCAACCTGTGGGCC CGAGGGTCACATGCAGCCCAGGATGGTTTTGAATGCTGCCCAACACAAATTCATACACTTTCTTAAAGTA TCATGAGTTTTTTTTTTTTTTTAAGCTCATCAGCTATTGTTAGTGTTAGTGTATTTAATGTGTGTCCCAA GACAATTCTTCTTCTTCCTATGTGGCCCAGGGAAGGTAAAAGATTGAACACCCCTGGCCTACAGTGTTCT ACTATGAAGTTTCAGTTTTAGTTCGGCCTAGAATGTTTTAGTACAGAAGGCAAGTGAGATTTTCTCTGTT TCTCCAAGGACTTTTGAAAAAGTGTAAAAGCACTGGGCCCACTGTTGAACCTTGCTATAAAAAAGTATTT TTGATACCATTTGTATCACTTTAGTAATAGGAGTTTTTCATATGTTGGGAAAATGGTTTAGCTTAACTCT ATCATGGTAGTTGATAGTGATGAACTAACGTGGAATAATAGATCTGTAAACCATCATAGACGGTAATAGG CTATGTTGTTGCTACCTTAGGATCATAATGGACTTTCTAAAATTCAAGAGTACTCAAAGAAGTAAAATGA ATATAAGTCTTGATTTCTGAAAGGGCTATGGTTCACTTGGAACACAATACAAACTGTGAATCATGTACAC 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$cdna_seq

>p16
CGAGGGCTGCTTCCGGCTGGTGCCCCCGGGGGAGACCCAACCTGGGGCGACTTCAGGGGT
GCCACATTCGCTAAGTGCTCGGAGTTAATAGCACCTCCTCCGAGCACTCGCTCACGGCGT
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AACCAGAGAGGCTCTGAGAAACCTCGGGAAACTTAGATCATCAGTCACCGAAGGTCCTAC
AGGGCCACAACTGCCCCCGCCACAACCCACCCCGCTTTCGTAGTTTTCATTTAGAAAATA
GAGCTTTTAAAAATGTCCTGCCTTTTAACGTAGATATATGCCTTCCCCCACTACCGTAAA
TGTCCATTTATATCATTTTTTATATATTCTTATAAAAATGTAAAAAAGAAAAACACCGCT
TCTGCCTTTTCACTGTGTTGGAGTTTTCTGGAGTGAGCACTCACGCCCTAAGCGCACATT
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AATGGCAGAACCAAAGCTCAAATAAAAATAAAATAATTTTCATTCATTCACTCAAAAAAA
AAAAAAA

**Philou67430** · 05/05/2011, 09h27

J'ai du mal à comprendre, en insérant le texte de tes citations dans des fichiers .fa et en lançant, je m'appercois que Sim4 attends de ces fichiers qu'ils soient exécutables... ce qui échoue bien évidemment avec ces erreurs :

Code bash :

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$ perl sim4.pl
sh: cdna_p16.fa: command not found
 
------------- EXCEPTION: Bio::Root::Exception -------------
MSG: Sim4 call ( cdna_p16.fa genomic_p16.fa  A=0 W=15 K=17 D=10 N=10 > /tmp/oQfS81KEq9/TnBVxEEvbM) crashed: 32512
 
STACK: Error::throw
STACK: Bio::Root::Root::throw /usr/lib/perl5/site_perl/5.10/Bio/Root/Root.pm:357
STACK: Bio::Tools::Run::Alignment::Sim4::_run /usr/lib/perl5/site_perl/5.10/Bio/Tools/Run/Alignment/Sim4.pm:296
STACK: Bio::Tools::Run::Alignment::Sim4::align /usr/lib/perl5/site_perl/5.10/Bio/Tools/Run/Alignment/Sim4.pm:260
STACK: sim4.pl:17
-----------------------------------------------------------

**Jasmine80** · 05/05/2011, 10h52

C'est étrange que nous ayons des erreurs différentes.

.fa c'est un fichier fasta, un fichier texte

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

 $sio = Bio::SeqIO->new(-file=>"est.fa",-format=>"fasta");

**Philou67430** · 05/05/2011, 11h30

C'est effectivement étrange... tu travailles dans quel environnement ?

**Jasmine80** · 05/05/2011, 11h54

Envoyé par Philou67430

C'est effectivement étrange... tu travailles dans quel environnement ?

Windows XP

**Philou67430** · 05/05/2011, 13h21

DOS/ActivePerl ou Cygwin/perl ?

**Jasmine80** · 05/05/2011, 13h59

Envoyé par Philou67430

DOS/ActivePerl ou Cygwin/perl ?

DOS/ActivePerl

**Philou67430** · 05/05/2011, 15h57

J'ai donc installé Bioperl (le bundle) et bioperl-run, mais lorsque je lance le script sous DOS/AP, il ne trouve pas le module Bio::SeqIO
Quel module faut-il installer ???

**Jasmine80** · 05/05/2011, 18h43

Merci beaucoup de faire tant d'efforts pour m'aider. Normalement BioSeqIO est dans le package BioPerl. Il faut bien indiquer 'use Bio::SeqIO;'. Je vais essayer de mon côté.

**Jasmine80** · 05/05/2011, 19h00

Voila, je viens d'installer bioperl, à la maison et Bio::SeqIO fonctionne, mais je suis sur Ubuntu. Au travail, ça fonctionne sur Windows. En conclusion, Bio::SeqIO est bien dans bioperl. Peut-être dois-tu utiliser la dernière version du module. Bonne soirée et merci.

**Jasmine80** · 05/05/2011, 19h15

Voici la documentation : Bio::SeqIO et aussi

**Philou67430** · 06/05/2011, 08h22

J'ai installé le bundle bioperl 2.1.8 avec ppm (utilise bioperl 1.5.2), et perl ne me trouve pas Bio::SeqIO

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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D:\root\dev\DVP\Jasmine80>perl -MBio::SeqIO -e "1"
Can't locate Bio/SeqIO.pm in @INC (@INC contains: c:/perl/site/lib c:/perl/lib .).
BEGIN failed--compilation aborted.

Après vérification, le répertoire c:\perl\site\lib\Bio ne contient pas SeqIO.pm
En conséquence, je suppose que l'installation de bioperl a partiellement échouée. J'essaye également d'installer bioperl 1.6.1.

Je pense essayer sur Ubuntu pour voir.

**Jasmine80** · 09/05/2011, 13h24

Les fichiers sont pourtant correctes, je les ouvre sans problème avec Bio::SeqIO mais avec Bio::Tools::Run::Alignment::Sim4, ça ne va pas.

Philou, as-tu réussi a installer bioperl?

**Philou67430** · 09/05/2011, 13h34

Après installation correcte, j'obtiens un problème similaire à celui que j'avais avec Cygwin : le script croit que cdna_p16.fa est un fichier exécutable et tente de lancer un programme windows pour le traiter (comme Windows n'as pas d'association avec les extensions .fa, il m'ouvre une fenêtre pour me demander de saisir un exécutable).

De quelle version de Bio::Tools::Run::Alignment::Sim4 disposes-tu ? Pour ma part, c'est la 1.006.001.

**Jasmine80** · 09/05/2011, 13h41

Peut-être avec le script :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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my $cdna_seq = "P:/Theorie/Driss/PCR_quintuplex/sequences/p16.fa";
my $genomic_seq = "P:/Theorie/Driss/PCR_quintuplex/ref_DNA_sequences/p16.fa";
 
my $sio = Bio::SeqIO->new(-file=>$cdna_seq,-format=>"fasta");
 
my @est_seq=();
while(my $seq = $sio->next_seq){
	push @est_seq,$seq;
}
 
 
$factory->executable("C:/Sim4.exe");
 
my @exon_sets = $factory->align(\@est_seq,$genomic_seq);

J'ai essayé d'installer l'exécutable Sim4 mais je n'y arrive pas : http://globin.cse.psu.edu/html/docs/sim4.html

Peut-être que Sim4 ne fonctionne pas sur Windows

**Philou67430** · 09/05/2011, 14h04

Envoyé par Jasmine80

Peut-être que Sim4 ne fonctionne pas sur Windows

Issus de la page d'installation :

Note: sim4 was written to work on a Unix (ANSI/POSIX standard) system. It may require a few modifications to compile and run on a different platform.

**Philou67430** · 09/05/2011, 14h05

Tu devrais essayer de faire tourner ton script sous Linux (par exemple, avec une machine virtuelle sous Windows, comme par exemple VirtualBox). Autre voie : utiliser Cygwin sous windows, et tenter de compiler Sim4 sur cette plateforme (je peux essayer).

**Jasmine80** · 09/05/2011, 14h18

Envoyé par Philou67430

Tu devrais essayer de faire tourner ton script sous Linux (par exemple, avec une machine virtuelle sous Windows, comme par exemple VirtualBox). Autre voie : utiliser Cygwin sous windows, et tenter de compiler Sim4 sur cette plateforme (je peux essayer).

Merci pour ton aide. Je ne connais pas du tout Cygwin. VirtualBox est déjà installée sur mon PC, je vais essayer ... j'espère que ce n'est pas trop difficile d'installer un programme sur linux.

module Bio::Tools::Run::Alignment::Sim4 !

Modules Perl

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