Bonjour,
J'essaie d'utiliser le module Sim4
Bio::Tools::Run::Alignment::Sim4 - Wrapper for Sim4 program that allows for alignment of cdna to genomic sequences
mais j'obtiens l'erreur :et un des fichier s'ouvreUse of uninitialized value in concatenation (.) or string at C:/Perl/site/lib/Bio/Tools/Run/Alignment/Sim4.pm line 282.
Use of uninitialized value in concatenation (.) or string at C:/Perl/site/lib/Bio/Tools/Run/Alignment/Sim4.pm line 290.
Voici mon code :
Code : Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17 #!/usr/bin/perl use strict; use warnings; use Bio::Tools::Run::Alignment::Sim4; my $cdna_seq = "P:/Theorie/Driss/PCR_quintuplex/sequences/p16.fa"; my $genomic_seq = "P:/Theorie/Driss/PCR_quintuplex/ref_DNA_sequences/p16.fa"; my @params = (W=>15, K=>17, D=>10, N=>10,cdna_seq=>$cdna_seq, genomic_seq=>$genomic_seq); my $sim4 = Bio::Tools::Run::Alignment::Sim4->new(@params); my @exon_sets = $sim4->align;
Merci beaucoup
Partager