Bonjour,


J'essaie d'utiliser le module Sim4

Bio::Tools::Run::Alignment::Sim4 - Wrapper for Sim4 program that allows for alignment of cdna to genomic sequences

mais j'obtiens l'erreur :
Use of uninitialized value in concatenation (.) or string at C:/Perl/site/lib/Bio/Tools/Run/Alignment/Sim4.pm line 282.
Use of uninitialized value in concatenation (.) or string at C:/Perl/site/lib/Bio/Tools/Run/Alignment/Sim4.pm line 290.
et un des fichier s'ouvre

Voici mon code :
Code : Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part
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#!/usr/bin/perl
 
use strict;
use warnings;
 
use Bio::Tools::Run::Alignment::Sim4;
 
 
 
my $cdna_seq = "P:/Theorie/Driss/PCR_quintuplex/sequences/p16.fa";
my $genomic_seq = "P:/Theorie/Driss/PCR_quintuplex/ref_DNA_sequences/p16.fa";
 
my @params = (W=>15, K=>17, D=>10, N=>10,cdna_seq=>$cdna_seq, genomic_seq=>$genomic_seq);
my $sim4 = Bio::Tools::Run::Alignment::Sim4->new(@params);
 
 
my @exon_sets = $sim4->align;

Merci beaucoup