supprimer un fichier

**Jasmine80** · 14/04/2011, 11h55

Comment supprimer proprement un fichier?

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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	my $fich_fsa = 'P:/Theorie/YANN/Fadoua/mutation_seq/ref_ali/'.$id.'.fsa';
	my $fich_msf = 'P:/Theorie/YANN/Fadoua/mutation_seq/ref_ali/'.$id.'.msf';
 
 
	my @params = (	
 
		'gapopen' => 15,
		'PAIRGAP' => 0,
		'ktuple' => 4, 
		'type' => 'dna', 
		'outfile' => $fich_msf, 
		'format' => 'Fasta',
		'outorder' => 'aligned',
	);
 
	# and pass the factory a reference to that array
	my $factory = Bio::Tools::Run::Alignment::Clustalw->new(@params);
	$factory->executable("C:/ClustalW2/clustalw2.exe");
 
 
	my $aln = $factory->align($seq_array_ref);
 
	# création du fichier fasta
	my $in_msf  = Bio::AlignIO->new(-file => $fich_msf , -format => 'msf');
	my $out_fsa = Bio::AlignIO->new(-file => ">".$fich_fsa , -format => 'fasta');
 
	while ( $aln = $in_msf->next_aln() ) {
	    $out_fsa->write_aln($aln);
	}
 
	close ($fich_fsa);
	close ($fich_msf);
 
 
	unlink ['P:/Theorie/YANN/Fadoua/mutation_seq/ref_ali/'.$id.'.msf'];

J'utilise donc :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

	unlink ['P:/Theorie/YANN/Fadoua/mutation_seq/ref_ali/'.$id.'.msf'];

J'ai essayé plus simplement :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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	my @file = ('P:/Theorie/YANN/Fadoua/mutation_seq/ref_ali/'.$id.'.msf');
 
	unlink @file;

mais ça ne va pas non plus.

merci pour votre aide

**mamax29** · 14/04/2011, 12h17

Qu'as tu comme message d'erreur?

avec ceci cela fonctionne parfaitement, le fichier est bien supprimé sans message d'erreur:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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my $file = "essai";
unlink $file or die "Could not delete the file: $file\n";

**Jasmine80** · 14/04/2011, 12h22

Merci pour ta réponse

ne faut-il pas un array en argument à unlink?

Pour répondre à ta question, je n'avais aucun message d'erreur mais le fichier ne s'effaçait pas.

Ton code ne fonctionne pas non plus, on entre dans le die.

**djibril** · 14/04/2011, 13h53

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

unlink @files or die "Could not delete the file(s) : $!\n";

**Philou67430** · 14/04/2011, 14h03

Envoyé par djibril

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

unlink @files or die "Could not delete the file(s) : $!\n";

Attention, unlink retourne le nombre de fichiers supprimés, ainsi, si un seul fichier n'est pas supprimé dans la liste, le résultat de unlink ne sera pas faux, et le die n'aura pas lieu.

Il serait donc préférable d'écrire :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

(unlink @files) != @files or die "Could not delete one or more files : $!\n";

**Jasmine80** · 14/04/2011, 14h50

Envoyé par Philou67430

Attention, unlink retourne le nombre de fichiers supprimés, ainsi, si un seul fichier n'est pas supprimé dans la liste, le résultat de unlink ne sera pas faux, et le die n'aura pas lieu.

Il serait donc préférable d'écrire :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

(unlink @files) != @files or die "Could not delete one or more files : $!\n";

Ok merci

Donc, je dois écrire :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

(unlink ['P:/Theorie/YANN/Fadoua/mutation_seq/ref_ali/'.$id.'.msf']) or print "Could not delete the file: $id\n";

**mamax29** · 14/04/2011, 15h07

dans ton cas tu n'a pas de tableau écrit plutôt:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

unlink ('P:/Theorie/YANN/Fadoua/mutation_seq/ref_ali/'.$id.'.msf') or print "Could not delete the file: $id\n";

Attention il faut les parenthèse et non des crochet pour la fonction unlink

**Philou67430** · 14/04/2011, 16h13

Dans ton cas, Jasmine, tu ne souhaites supprimer qu'un fichier, nul besoin de mettre une liste. Tu peux donc écrire :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

unlink 'P:/Theorie/YANN/Fadoua/mutation_seq/ref_ali/'.$id.'.msf' or print "Could not delete the file: $id\n";

**Jasmine80** · 15/04/2011, 09h03

Envoyé par Philou67430

Dans ton cas, Jasmine, tu ne souhaites supprimer qu'un fichier, nul besoin de mettre une liste. Tu peux donc écrire :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

unlink 'P:/Theorie/YANN/Fadoua/mutation_seq/ref_ali/'.$id.'.msf' or print "Could not delete the file: $id\n";

D'accord, merci, je pensais qu'avec le or, il fallait des parenthèses (unlink '...') or print

**Jasmine80** · 15/04/2011, 11h17

je ferme le fichier ouvert en lecture, puis j'essaie de le supprimer :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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	close ($fich_msf);	
 
	unlink $fich_msf or print $out_file_log "Could not delete the file: $id\t$!\n";

mais j'obtiens le message :

Could not delete the file: TEM_souche_A Permission denied

**Philou67430** · 15/04/2011, 11h21

Je doute que $fich_msf soit un nom de fichier s'il est utilisé dans close (mais un file handle). Or, unlink n'accepte que des noms de fichiers.

**Jasmine80** · 15/04/2011, 11h23

Voici le code en entier

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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	my $seq_array_ref = $_[0];
	my $id = $_[1];
 
	my $fich_fsa = 'P:/Theorie/YANN/Fadoua/mutation_seq/ref_ali/'.$id.'.fsa';
	my $fich_msf = 'P:/Theorie/YANN/Fadoua/mutation_seq/ref_ali/'.$id.'.msf';
 
 
	my @params = (	
 
		'gapopen' => 15,
		'PAIRGAP' => 0,
		'ktuple' => 4, 
		'type' => 'dna', 
		'outfile' => $fich_msf, 
		'format' => 'Fasta',
		'outorder' => 'aligned',
	);
 
	# and pass the factory a reference to that array
	my $factory = Bio::Tools::Run::Alignment::Clustalw->new(@params);
	$factory->executable("C:/ClustalW2/clustalw2.exe");
 
 
	my $aln = $factory->align($seq_array_ref);
 
	# création du fichier fasta
	my $in_msf  = Bio::AlignIO->new(-file => $fich_msf , -format => 'msf');
	my $out_fsa = Bio::AlignIO->new(-file => ">".$fich_fsa , -format => 'fasta');
 
	while ( $aln = $in_msf->next_aln() ) {
	    $out_fsa->write_aln($aln);
	}
 
	close ($fich_fsa);
	close ($fich_msf);
 
 
	unlink $fich_msf or print $out_file_log "Could not delete the file: $id\t$!\n";

les close() sont inutiles car je crois que le module Bio::AlignIO ferme les fichiers. Je les ai supprimés mais ça ne change rien à l'erreur.

**Philou67430** · 15/04/2011, 11h32

OK, cela vient donc probablement des droits par défaut que ton système d'exploitation attribue à la création d'un nouveau fichier.
Ces droits sont modifiables sous Linux avec la commande umask. Cette commande est également disponible en perl, sous le même nom (voir la doc).

**Jasmine80** · 15/04/2011, 12h13

Merci, je vais y regarder. Je suis sous windows et en tant qu'administrateur, ne peut-on pas changer ce droit par défaut?

umask() sous perl s'utilise à l'ouverture du fichier? Comment faire dans mon cas où le module ouvrant le fichier est Bio::Tools::Run::Alignment::Clustalw

**Philou67430** · 15/04/2011, 12h27

Désolé de ne pouvoir t'aider, je ne connais pas du tout la gestion des droits sous Windows.

Cela dit, il est aussi possible que le fichier soit encore ouvert par le module bioperl lui-même, tant que tous les objets bio-perl sont encore référencés... Mais bon, je n'en sais trop rien, désolé.

**Jasmine80** · 15/04/2011, 12h35

Envoyé par Philou67430

Désolé de ne pouvoir t'aider, je ne connais pas du tout la gestion des droits sous Windows.

Cela dit, il est aussi possible que le fichier soit encore ouvert par le module bioperl lui-même, tant que tous les objets bio-perl sont encore référencés... Mais bon, je n'en sais trop rien, désolé.

Je vais chercher et si je trouve, je te dis quoi

**Jasmine80** · 15/04/2011, 12h46

J'ai trouvé une solution

Script

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Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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CORE
 
 
while ( my $seq = $in->next_seq() ) {
 
      ...
      ...
      ...
      &ClustalW2 ([ $seq, $seqobj_ref], $seq->primary_id );
      ...
      ...
}
 
my @msf_files = grep { !/^\.\.?$/ } glob($rep.'/ref_ali/*.msf');
(unlink @msf_files) != @msf_files or print $out_file_log "Could not delete the file\t$!\n";
 
 
 
 
 
 
sub ClustalW2 {
 
          ....
 
	close($fich_msf);
	close($fich_fsa);
 
 
}

Au lieu d'effacer les fichiers un à un à la fin du sous-programme ClustalW2, je les efface tous d'un coup à la fin du script principal. Probablement que les fichiers ne sont pas fermés via le close().

supprimer un fichier

Langage Perl

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