Discussion :

[Jasmine80]

Comment supprimer proprement un fichier?

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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	my $fich_fsa = 'P:/Theorie/YANN/Fadoua/mutation_seq/ref_ali/'.$id.'.fsa';
	my $fich_msf = 'P:/Theorie/YANN/Fadoua/mutation_seq/ref_ali/'.$id.'.msf';
 
 
	my @params = (	
 
		'gapopen' => 15,
		'PAIRGAP' => 0,
		'ktuple' => 4, 
		'type' => 'dna', 
		'outfile' => $fich_msf, 
		'format' => 'Fasta',
		'outorder' => 'aligned',
	);
 
	# and pass the factory a reference to that array
	my $factory = Bio::Tools::Run::Alignment::Clustalw->new(@params);
	$factory->executable("C:/ClustalW2/clustalw2.exe");
 
 
	my $aln = $factory->align($seq_array_ref);
 
	# création du fichier fasta
	my $in_msf  = Bio::AlignIO->new(-file => $fich_msf , -format => 'msf');
	my $out_fsa = Bio::AlignIO->new(-file => ">".$fich_fsa , -format => 'fasta');
 
	while ( $aln = $in_msf->next_aln() ) {
	    $out_fsa->write_aln($aln);
	}
 
	close ($fich_fsa);
	close ($fich_msf);
 
 
	unlink ['P:/Theorie/YANN/Fadoua/mutation_seq/ref_ali/'.$id.'.msf'];

J'utilise donc :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

	unlink ['P:/Theorie/YANN/Fadoua/mutation_seq/ref_ali/'.$id.'.msf'];

J'ai essayé plus simplement :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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	my @file = ('P:/Theorie/YANN/Fadoua/mutation_seq/ref_ali/'.$id.'.msf');
 
	unlink @file;

mais ça ne va pas non plus.


merci pour votre aide

[mamax29]

Qu'as tu comme message d'erreur?

avec ceci cela fonctionne parfaitement, le fichier est bien supprimé sans message d'erreur:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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my $file = "essai";
unlink $file or die "Could not delete the file: $file\n";

[Jasmine80]

Merci pour ta réponse

ne faut-il pas un array en argument à unlink?


Pour répondre à ta question, je n'avais aucun message d'erreur mais le fichier ne s'effaçait pas.

Ton code ne fonctionne pas non plus, on entre dans le die.

[djibril]

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

unlink @files or die "Could not delete the file(s) : $!\n";

[Philou67430]

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

unlink @files or die "Could not delete the file(s) : $!\n";

Attention, unlink retourne le nombre de fichiers supprimés, ainsi, si un seul fichier n'est pas supprimé dans la liste, le résultat de unlink ne sera pas faux, et le die n'aura pas lieu.

Il serait donc préférable d'écrire :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

(unlink @files) != @files or die "Could not delete one or more files : $!\n";

[Jasmine80]

Attention, unlink retourne le nombre de fichiers supprimés, ainsi, si un seul fichier n'est pas supprimé dans la liste, le résultat de unlink ne sera pas faux, et le die n'aura pas lieu.

Il serait donc préférable d'écrire :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

(unlink @files) != @files or die "Could not delete one or more files : $!\n";

Ok merci

Donc, je dois écrire :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

(unlink ['P:/Theorie/YANN/Fadoua/mutation_seq/ref_ali/'.$id.'.msf']) or print "Could not delete the file: $id\n";

[Jasmine80]

je ferme le fichier ouvert en lecture, puis j'essaie de le supprimer :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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	close ($fich_msf);	
 
	unlink $fich_msf or print $out_file_log "Could not delete the file: $id\t$!\n";

mais j'obtiens le message :

Could not delete the file: TEM_souche_A Permission denied

[Philou67430]

Je doute que $fich_msf soit un nom de fichier s'il est utilisé dans close (mais un file handle). Or, unlink n'accepte que des noms de fichiers.

[Jasmine80]

Voici le code en entier

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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	my $seq_array_ref = $_[0];
	my $id = $_[1];
 
	my $fich_fsa = 'P:/Theorie/YANN/Fadoua/mutation_seq/ref_ali/'.$id.'.fsa';
	my $fich_msf = 'P:/Theorie/YANN/Fadoua/mutation_seq/ref_ali/'.$id.'.msf';
 
 
	my @params = (	
 
		'gapopen' => 15,
		'PAIRGAP' => 0,
		'ktuple' => 4, 
		'type' => 'dna', 
		'outfile' => $fich_msf, 
		'format' => 'Fasta',
		'outorder' => 'aligned',
	);
 
	# and pass the factory a reference to that array
	my $factory = Bio::Tools::Run::Alignment::Clustalw->new(@params);
	$factory->executable("C:/ClustalW2/clustalw2.exe");
 
 
	my $aln = $factory->align($seq_array_ref);
 
	# création du fichier fasta
	my $in_msf  = Bio::AlignIO->new(-file => $fich_msf , -format => 'msf');
	my $out_fsa = Bio::AlignIO->new(-file => ">".$fich_fsa , -format => 'fasta');
 
	while ( $aln = $in_msf->next_aln() ) {
	    $out_fsa->write_aln($aln);
	}
 
	close ($fich_fsa);
	close ($fich_msf);
 
 
	unlink $fich_msf or print $out_file_log "Could not delete the file: $id\t$!\n";

les close() sont inutiles car je crois que le module Bio::AlignIO ferme les fichiers. Je les ai supprimés mais ça ne change rien à l'erreur.

[Philou67430]

OK, cela vient donc probablement des droits par défaut que ton système d'exploitation attribue à la création d'un nouveau fichier.
Ces droits sont modifiables sous Linux avec la commande umask. Cette commande est également disponible en perl, sous le même nom (voir la doc).

[Jasmine80]

Merci, je vais y regarder. Je suis sous windows et en tant qu'administrateur, ne peut-on pas changer ce droit par défaut?

umask() sous perl s'utilise à l'ouverture du fichier? Comment faire dans mon cas où le module ouvrant le fichier est Bio::Tools::Run::Alignment::Clustalw