Discussion :

[Jasmine80]

Appel du sous-programme

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

&ClustalW2 ($out_file, \($seq->seq, $sequences_ref{$gene}) );

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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sub ClustalW2 {
 
	my $fich_fsa = $_[0];
	my $seq_array_ref = $_[1];
 
 
	(my $fich_msf) = $fich_fsa =~ s/\.fsa/\.msf/;
 
 
	# my $fich_msf_fh = FileHandle->new (">".$fich_msf);
	# close $fich_msf_fh;
 
	my @params = (	
 
		'gapopen' => 15,
		'PAIRGAP' => 0,
		'ktuple' => 4, 
		'type' => 'dna', 
		'outfile' => $fich_msf, 
		'format' => 'Fasta',
		'outorder' => 'aligned',
	);
 
	# and pass the factory a reference to that array
	my $factory = Bio::Tools::Run::Alignment::Clustalw->new(@params);
	$factory->executable("C:/ClustalW2/clustalw2.exe");
	# $factory->executable("C:/ClustalW/clustalw.exe");
 
	my $aln = $factory->align($seq_array_ref);
 
	# création du fichier fasta
	my $in_msf  = Bio::AlignIO->new(-file => $fich_msf , -format => 'msf');
	my $out_fsa = Bio::AlignIO->new(-file => ">".$fich_fsa , -format => 'fasta');
 
	while ( my $aln = $in_msf->next_aln() ) {
	    $out_fsa->write_aln($aln);
	}
}

ERREUR

Can't call method "isa" on unblessed reference at C:/Perl/site/lib/Bio/Tools/Run/Alignment/Clustalw.pm line 854, <GEN0> line 1.

Merci pour votre aide

[Dimitry.e]

Où est la ligne 854 ?

[Jasmine80]

Où est la ligne 854 ?

Il n'y en a pas ... ça doit-être dans le module

[Philou67430]

Il y a de fortes chance que lors de la création de ton objet $factory, les paramètres fournis n'ont pas permis la création et qu'une méthode interne a échouée.
Pour connaitre la fonction de ton programme qui a engendré l'erreur tu peux lancer ton script ainsi :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

perl -MCarp=verbose script.pl ...

(ou bien ajoute

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

$Carp::verbose = 1;

au début de ton script).

Si cela ne donne pas plus d'indication, tente alors d'ajouter ceci :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

$SIG{__DIE__} = sub { require Carp; Carp::confess };

[Jasmine80]

Merci Philou


J'obtiens :

Name "Carp::verbose" used only once: possible typo at Bio_SeqIO_ref_compare.pl line 6.
Can't call method "isa" on unblessed reference at C:/Perl/site/lib/Bio/Tools/Run/Alignment/Clustalw.pm line 854, <GEN0> line 1.

at Bio_SeqIO_ref_compare.pl line 6
main::__ANON__('Can\'t call method "isa" on unblessed reference at C:/Perl/si...') called at C:/Perl/site/lib/Bio/Tools/Run/Alignment/Clustalw.pm line 854
Bio::Tools::Run::Alignment::Clustalw::_setinput('Bio::Tools::Run::Alignment::Clustalw=HASH(0x22745fc)', 'SCALAR(0x213ba68)') called at C:/Perl/site/lib/Bio/Tools/Run/Alignment/Clustalw.pm line 508
Bio::Tools::Run::Alignment::Clustalw::align('Bio::Tools::Run::Alignment::Clustalw=HASH(0x22745fc)', 'SCALAR(0x213ba68)') called at Bio_SeqIO_ref_compare.pl line 110
main::ClustalW2('FileHandle=GLOB(0x1f74a84)', 'SCALAR(0x213ba68)', 'SCALAR(0x236c04)') called at Bio_SeqIO_ref_compare.pl line 73

[Jasmine80]

Si j'utilise les paramètres de la doc :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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	my @params = ('ktuple' => 2, 'matrix' => 'BLOSUM');
	my $factory = Bio::Tools::Run::Alignment::Clustalw->new(@params);
 
	$factory->executable("C:/ClustalW2/clustalw2.exe");

J'obtiens la même erreur

[Jasmine80]

le problème venait du fichier de sortie

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

'outfile' => $fich_msf,

[Philou67430]

J'avais visé juste dans ma première réponse

[Jasmine80]

Coucou,


je viens de reprendre le programme, et j'ai immédiatement trouvé l'erreur. Comme quoi, quand on est trop dedans, on ne voit plus ses fautes.

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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	my $fich_fsa = '>P:/Theorie/YANN/Fadoua/mutation_seq/ref_ali/'.$id.'.fsa';
	my $fich_msf = '>P:/Theorie/YANN/Fadoua/mutation_seq/ref_ali/'.$id.'.msf';
 
 
 
# plus bas
 
my $out_fsa = Bio::AlignIO->new(-file => ">".$fich_fsa , -format => 'fasta');

=> j'ai donc deux fois le '>' d'ouverture ... comme quoi, une bête erreur peut nous tracasser longtemps !