Appel du sous-programme
Code : Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part
&ClustalW2 ($out_file, \($seq->seq, $sequences_ref{$gene}) );
Code : Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part
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sub ClustalW2 {
 
	my $fich_fsa = $_[0];
	my $seq_array_ref = $_[1];
 
 
	(my $fich_msf) = $fich_fsa =~ s/\.fsa/\.msf/;
 
 
	# my $fich_msf_fh = FileHandle->new (">".$fich_msf);
	# close $fich_msf_fh;
 
	my @params = (	
 
		'gapopen' => 15,
		'PAIRGAP' => 0,
		'ktuple' => 4, 
		'type' => 'dna', 
		'outfile' => $fich_msf, 
		'format' => 'Fasta',
		'outorder' => 'aligned',
	);
 
	# and pass the factory a reference to that array
	my $factory = Bio::Tools::Run::Alignment::Clustalw->new(@params);
	$factory->executable("C:/ClustalW2/clustalw2.exe");
	# $factory->executable("C:/ClustalW/clustalw.exe");
 
	my $aln = $factory->align($seq_array_ref);
 
	# création du fichier fasta
	my $in_msf  = Bio::AlignIO->new(-file => $fich_msf , -format => 'msf');
	my $out_fsa = Bio::AlignIO->new(-file => ">".$fich_fsa , -format => 'fasta');
 
	while ( my $aln = $in_msf->next_aln() ) {
	    $out_fsa->write_aln($aln);
	}
}
ERREUR
Can't call method "isa" on unblessed reference at C:/Perl/site/lib/Bio/Tools/Run/Alignment/Clustalw.pm line 854, <GEN0> line 1.

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