Discussion :

[shadow19c]

Bonjour,
je suis nouveau en python et je dois faire de la bioinfo en meme temps la galere:
voila mon souci d`aujourdhui est le suivant :
j`ai une chaine
['528365..528435,528774..528938,529294..529389,529779..530001,530348..530487,530870..530990\n']

et je veux en faire une sous chaine telle que: ['528365..528435'][`,`][528774..528938] ainsi de suite et je voudrai enlever le \n a la fin

jai fait ceci coo=line.split(',')
mais j`aarive pas a lui dire de garder les virgules et denlever le retour a la ligne pouvez vous m`aider svp


J`ai oublie est ce qu`il y a des bioinformaticiens sur python car j`ai vu qu`en perl


merci

[Captain'Flam]

Que penses-tu de ça :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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>>> s = '1,2,3,4,5,6\n'
>>> s2 = s.strip().split(',')
>>> s2
['1', '2', '3', '4', '5', '6']
>>> s3 = sum( map( list,zip( s2,','*len( s2 ))),[])[:-1]
>>> s3
['1', ',', '2', ',', '3', ',', '4', ',', '5', ',', '6']

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Captain'Flam

[shadow19c]

J'ai essaye ca marche pas voila mom code initial:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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with open('coco_cds.txt') as fichier:
	for line in fichier:
		ch= line.split('\t')[1:2]
		if ch in lsite:
			brin=line.split('\t')[3:4]
			if '+'in brin:	
				print "ok"
				coo=line.split('\t')[7:8]

quand je fais print coo j'obtiens ca ['1412897..1412909,1413103..1413155,1413409..1413531,1413634..1413748,1414228..1414427,1414721..1414891,1415181..1415381,1415548..1415679\n']

je veux a partir de ca avoir une sous chaine contenant [`'1412897..1412909',','...]
en fait couper tous le monde meme les virgules

Merci

[VinsS]

Hello,

Je ne comprend pas que quand tu print ta chaîne elle soit entre crochets. Ou alors c'est toi qui les a ajoutés.

Partons du principe que ce soit une chaîne,

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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# -*- coding: utf-8 -*-
 
ch = '528365..528435,528774..528938,529294..529389,529779..530001,530348..530487,530870..530990\n'
ch = ch[:-2]   # suppression de '\n'
 
result = []
for i in ch.split(','):
    result.append([i])
    result.append([','])
 
print result

resultat:

[['528365..528435'], [','], ['528774..528938'], [','], ['529294..529389'], [','], ['529779..530001'], [','], ['530348..530487'], [','], ['530870..53099'], [',']]

C'est ça que tu veux?


edit: Je suppose que tune veux pas la virgule finale, alors result = result[:-1]

[shadow19c]

oui c'est bon merci

[kango]

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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ch = ch[:-1]   # suppression de '\n'

attention, juste un caractère à enlever pour \n. D'ailleurs on voit que tu as mangé le '0' à la fin de ton test

[VinsS]

attention, juste un caractère à enlever pour \n. D'ailleurs on voit que tu as mangé le '0' à la fin de ton test

Bien vu, en fait je pensais que ce n'était vrai que lors d'une lecture de fichier et pas lorsque la chaîne est donnée dans le code.

Je m'impose un gage. (aller chercher moi-même ma bière dans le frigo).