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Modules Perl Discussion :

problème avec le module BioPerl-Run


Sujet :

Modules Perl

Vue hybride

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  1. #1
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    Par défaut problème avec le module BioPerl-Run
    Bonjour,

    J'ai installé avec l'aide de Philou (encore merci) le module BioPerl-Run.
    Seulement quand j'essaie de l'utiliser dans mon script :

    Code : Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part
    use Bio::Tools::Run::Alignment::Clustalw;
    J'obtiens :
    Can't locate Bio/Tools/Run/Alignment/Clustalw.pm in @INC
    Pourtant cela fonctionne très bien quand j'utilise le script sous Windows et ici je suis sur ubuntu via VirtualBox, savez-vous pourquoi?


    Merci

  2. #2
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    Par défaut
    As-tu suivi les recommandations d'usage de la documentation ?

  3. #3
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    Par défaut
    Au fait, sous Ubuntu, tu pouvais aussi installer Bioperl et Bioperl-run par l'intermédiaire du gestionnaire de paquet Ubuntu.

  4. #4
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    Par défaut
    J'ai donc procédé à l'installation de Bioperl et Bioperl-run sur ma version Virtualbox/Ubuntu depuis Synaptic, et je n'ai pas de problème avec

    Code : Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part
    perl -e 'use Bio::Tools::Run::Alignment::Clustalw;'

  5. #5
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    Par défaut
    Merci d'avoir testé ça chez toi.

    Je n'arrive pas à créer la variable d'environnement (clustalw2 est le répertoire contenant l'exécutable)

    export CLUSTALDIR /home/user/Programmes/clustalw2
    '/home/user/Programmes/clustalw2' not a valid identifier
    As-tu une idée de la raison?

  6. #6
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    Par défaut
    Installe le module à l'aide du packet Bioperl-run sous Synaptic. Tu ne devrais pas avoir de problème, comme pour moi.

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