problème avec le module BioPerl-Run

**Jasmine80** · 16/12/2010, 11h31

Bonjour,

J'ai installé avec l'aide de Philou (encore merci) le module BioPerl-Run.
Seulement quand j'essaie de l'utiliser dans mon script :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

use Bio::Tools::Run::Alignment::Clustalw;

J'obtiens :

Can't locate Bio/Tools/Run/Alignment/Clustalw.pm in @INC

Pourtant cela fonctionne très bien quand j'utilise le script sous Windows et ici je suis sur ubuntu via VirtualBox, savez-vous pourquoi?

Merci

**Philou67430** · 16/12/2010, 11h43

As-tu suivi les recommandations d'usage de la documentation ?

**Philou67430** · 16/12/2010, 13h36

Au fait, sous Ubuntu, tu pouvais aussi installer Bioperl et Bioperl-run par l'intermédiaire du gestionnaire de paquet Ubuntu.

**Philou67430** · 16/12/2010, 14h03

J'ai donc procédé à l'installation de Bioperl et Bioperl-run sur ma version Virtualbox/Ubuntu depuis Synaptic, et je n'ai pas de problème avec

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

perl -e 'use Bio::Tools::Run::Alignment::Clustalw;'

**Jasmine80** · 17/12/2010, 10h11

Merci d'avoir testé ça chez toi.

Je n'arrive pas à créer la variable d'environnement (clustalw2 est le répertoire contenant l'exécutable)

export CLUSTALDIR /home/user/Programmes/clustalw2

'/home/user/Programmes/clustalw2' not a valid identifier

As-tu une idée de la raison?

**Philou67430** · 17/12/2010, 10h46

Installe le module à l'aide du packet Bioperl-run sous Synaptic. Tu ne devrais pas avoir de problème, comme pour moi.

**Jasmine80** · 17/12/2010, 10h53

J'ai suivi les conseils de http://doc.ubuntu-fr.org/synaptic

Mais dans Système, je n'ai que KPackages, cela peut-il m'aider?

**Philou67430** · 17/12/2010, 11h35

Tu es sous Kubuntu ou Ubuntu ?
Si tu es sous Ubuntu, tu vas dans Système->Synaptic et tu cherche Bioperl-run pour l'installer

**Jasmine80** · 17/12/2010, 11h49

Quand le lance VirtualBox, il est indiqué 'Ubuntu-vm Sun-xVM VirtualBox'

Mais mon module de recherche est Konqueror et la majorité des applications commencent par un K, donc je ne sais pas trop ce que j'utilise

Merci

**Philou67430** · 17/12/2010, 12h11

Tu ne trouves pas Synaptic dans le menu Systeme ?

Si tu as un menu K en haut de ton écran, alors tu utilises Adept que tu trouves normalement dans le menu K → Poste de travail → Adept Installer

J'espère pour toi que quelqu'un pourra t'aider, car je pars maintenant en week-end.
A+