Discussion :

[Jasmine80]

Bonjour,



Je n'arrive pas à installer un module via le shell, c'est ubuntu sur virtual box.

cpan> install BioPerl-run

Comment dois-je faire?


Merci pour votre aide

[Philou67430]

Ce module ne me semble pas géré par le CPAN.
Tu dois donc l'installer "à la main", en extrayant l'archive et en consultant le fichier INSTALL (généralement : perl Makefile.PL && make install)

[Beniou]

Vu dans le fichier install de Bioperl-run :

CPAN INSTALLATION

To install using CPAN you will need a recent version (v1.8802 has
been tested) of it and your prefer_installer conf set to 'MB':

>cpan
cpan>o conf prefer_installer MB
cpan>o conf commit
cpan>q

Find the name of the bioperl-run version you want:

>cpan
cpan>d /bioperl-run/
Database was generated on Mon, 20 Nov 2006 05:24:36 GMT
Distribution C/CJ/CJFIELDS/BioPerl-run-1.5.9_1.tar.gz

Now install:

cpan>install C/CJ/CJFIELDS/BioPerl-run-1.5.9_1.tar.gz

If you've installed everything perfectly then you may pass all the tests
run in the './Build test' phase.
It's also possible that you may fail some tests. Possible explanations:
problems with local Perl installation, previously undetected bug in
Bioperl, flawed test script and so on. A few failed tests may not affect
your usage of bioperl-run.

If you decide that the failed tests will not affect how you intend to use
bioperl-run and you'd like to install anyway do:

cpan>force install C/CJ/CJFIELDS/BioPerl-run-1.5.9_1.tar.gz

This is what most experienced Bioperl users would do. However, if you're
concerned about a failed test and need assistance or advice then contact
bioperl-l@bioperl.org.

J'ai fait un test rapide avec le d/bioperl-run/ il me donne :

Database was generated on Tue, 14 Dec 2010 09:31:45 GMT
Distribution BIRNEY/bioperl-run-1.4.tar.gz
Distribution CJFIELDS/BioPerl-run-1.6.1.tar.gz
2 items found

Donc apparemment il y a bien la 1.6.1 qu'il faudrait installer avec :

cpan>install CJFIELDS/BioPerl-run-1.6.1.tar.gz

[Jasmine80]

Merci pour votre aide

J'ai essayé avec :

cpan> install home/user/Documents/BioPerl-run.tar.gz

C'est BioPerl-run-1.6.1.tar.gz que j'ai renommé BioPerl-run.tar.gz
mais ça doit être faux car voici ce que j'obtiens à l'installation :


Et le module ne fonctionne toujours pas ...

[Philou67430]

N'as-tu pas oublié le / devant home ?

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

cpan> install /home/user/Documents/BioPerl-run.tar.gz

[Jasmine80]

N'as-tu pas oublié le / devant home ?

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

cpan> install /home/user/Documents/BioPerl-run.tar.gz

Ah oui merci ...

[Jasmine80]

Avec un slash, il prend la commande pour une expression régulière


Comment faire pour quitter le cpan?