installer BioPerl-run via le shell

**Jasmine80** · 14/12/2010, 10h47

Bonjour,

Je n'arrive pas à installer un module via le shell, c'est ubuntu sur virtual box.

cpan> install BioPerl-run

Comment dois-je faire?

Merci pour votre aide

**Philou67430** · 14/12/2010, 11h05

Ce module ne me semble pas géré par le CPAN.
Tu dois donc l'installer "à la main", en extrayant l'archive et en consultant le fichier INSTALL (généralement : perl Makefile.PL && make install)

**Beniou** · 14/12/2010, 11h46

Vu dans le fichier install de Bioperl-run :

CPAN INSTALLATION

To install using CPAN you will need a recent version (v1.8802 has
been tested) of it and your prefer_installer conf set to 'MB':

>cpan
cpan>o conf prefer_installer MB
cpan>o conf commit
cpan>q

Find the name of the bioperl-run version you want:

>cpan
cpan>d /bioperl-run/
Database was generated on Mon, 20 Nov 2006 05:24:36 GMT
Distribution C/CJ/CJFIELDS/BioPerl-run-1.5.9_1.tar.gz

Now install:

cpan>install C/CJ/CJFIELDS/BioPerl-run-1.5.9_1.tar.gz

If you've installed everything perfectly then you may pass all the tests
run in the './Build test' phase.
It's also possible that you may fail some tests. Possible explanations:
problems with local Perl installation, previously undetected bug in
Bioperl, flawed test script and so on. A few failed tests may not affect
your usage of bioperl-run.

If you decide that the failed tests will not affect how you intend to use
bioperl-run and you'd like to install anyway do:

cpan>force install C/CJ/CJFIELDS/BioPerl-run-1.5.9_1.tar.gz

This is what most experienced Bioperl users would do. However, if you're
concerned about a failed test and need assistance or advice then contact
bioperl-l@bioperl.org.

J'ai fait un test rapide avec le d/bioperl-run/ il me donne :

Database was generated on Tue, 14 Dec 2010 09:31:45 GMT
Distribution BIRNEY/bioperl-run-1.4.tar.gz
Distribution CJFIELDS/BioPerl-run-1.6.1.tar.gz
2 items found

Donc apparemment il y a bien la 1.6.1 qu'il faudrait installer avec :

cpan>install CJFIELDS/BioPerl-run-1.6.1.tar.gz

**Jasmine80** · 14/12/2010, 11h57

Merci pour votre aide

J'ai essayé avec :

cpan> install home/user/Documents/BioPerl-run.tar.gz

C'est BioPerl-run-1.6.1.tar.gz que j'ai renommé BioPerl-run.tar.gz
mais ça doit être faux car voici ce que j'obtiens à l'installation :

Et le module ne fonctionne toujours pas ...

**Philou67430** · 14/12/2010, 12h00

N'as-tu pas oublié le / devant home ?

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

cpan> install /home/user/Documents/BioPerl-run.tar.gz

**Jasmine80** · 14/12/2010, 12h02

Envoyé par Philou67430

N'as-tu pas oublié le / devant home ?

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

cpan> install /home/user/Documents/BioPerl-run.tar.gz

Ah oui merci ...

**Jasmine80** · 14/12/2010, 12h03

Avec un slash, il prend la commande pour une expression régulière

Comment faire pour quitter le cpan?

**Philou67430** · 14/12/2010, 13h34

tape h pour avoir l'aide, et q pour quitter

Sinon, lance la commande cpan là où se trouve ton archive, et fait l'installation sans préciser de chemin, juste le nom du fichier archive.

**Jasmine80** · 14/12/2010, 13h39

Comment faire pour lancer la commande cpan là où se trouve mon archive?

Avec le shell, je me suis placée dans le répertoire contenant l'archive et quelle commande dois-je utiliser?

Merci

**Philou67430** · 14/12/2010, 14h20

ben.... cpan tout simplement (cpan est normalement dans ton $PATH).

**Jasmine80** · 14/12/2010, 14h33

... merci pour ton aide car je ne suis pas très douée

Voici ce que j'obtiens :

**Philou67430** · 14/12/2010, 14h44

J'avoue que je n'ai jamais essayer d'utiliser une archive avec CPAN.
Moi, je la déarchive, et j'exécute les instructions de INSTALL, à savoir la plupart du temps :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
perl Makefile.PL
make install

Je vais voir si je peux simuler ta config sur mon poste.

**Philou67430** · 14/12/2010, 14h49

En fait, en suivant les instructions de INSTALL, tu dois faire :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
3
4
5
6
cpan
>d /bioperl-run/
Distribution    BIRNEY/bioperl-run-1.4.tar.gz
Distribution    CJFIELDS/BioPerl-run-1.6.1.tar.gz
2 items found
> install CJFIELDS/BioPerl-run-1.6.1.tar.gz

Les parties vertes sont les réponses du système, tu ne les tapes pas.
Il se peut que les distributions disponibles de ton point de réseau soient différentes. Selon les distributions trouvées, tu sélectionnes la version voulues et tu l'installes.