Discussion :

[pontarose]

Bonjour,

comment récupérer TOUTES mes clés et valeur?

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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while (my $line = <DATA>) {
    chomp($line);
    if($line =~ /^>/){
	$nom=$line;
	$count ++;
	#print("$nom\n");
    }
    else{
	$sequence=$line;
	#print("$sequence\n");
    }
    %hash=($nom=>$sequence);
 
}
 print("nb count: $count\n");
 
 
foreach my $t (keys%hash){
    print  "clé: $t\nvaleur: $hash{$t}\n";#verif
}
 
 
close(DATA);

merci par avance

[Jasmine80]

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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foreach my $t (keys%hash){
    print  "clé: $t\nvaleur: $hash{$t}\n";#verif
}

C'est la bonne méthode. Il faut néanmoins savoir que si 2 valeurs ont la même clé, tu écraseras la valeur précédente. Est-ce cela le problème?

Pour remplir le tableau j'utilise plutôt

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

$hash{$nom} = $sequence;

[Jasmine80]

Si tu travailles avec un fichier fasta, il vaut mieux utiliser le module Bio::SeqIO

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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#!/usr/local/bin/perl
 
use strict;
use warnings;
 
use Bio::SeqIO;
 
# fichier d'entrée
my $in  = Bio::SeqIO->new(-file => "P:/.../fichier", '-format' => 'Fasta');
 
# récupération des séquences et des identifiants
while ( my $seq = $in->next_seq()){
    my $id = $seq->primary_id ;
    my $sequence = $seq->seq ;
}

[pontarose]

Désolé, j'ai fait le mauvais copié-collé

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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while (my $line = <DATA>) {
    chomp($line);
    if($line =~ /^>/){
	$nom=$line;
	$count ++;
	#print("$nom\n");
    }
    else{
	$sequence=$line;
	#print("$sequence\n");
    }
    %hash=($nom=>$sequence);
 
}
 print("nb count: $count\n");
 
foreach my $t (keys%hash){
    print  "clé: $t\nvaleur: $hash{$t}\n";#verif
}

en fait, deux clés différentes peuvent avoir la même valeur. Et du coup je veux conserver la premières clé et la valeur associé.

[Jasmine80]

Voici le code à utiliser :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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#!/usr/local/bin/perl
 
use strict;
use warnings;
 
use Bio::SeqIO;
 
# fichier d'entrée
my $in  = Bio::SeqIO->new(-file => "P:/fichier", '-format' => 'Fasta');
 
my %hash;
 
# récupération des séquences et $id
while ( my $seq = $in->next_seq()){
    $hash{$seq->primary_id} = $seq->seq ;   
}
 
# affichage
foreach my $t (keys %hash){
    print  "clé: $t\nvaleur: $hash{$t}\n";#verif
}

Est-ce bien un fichier fasta?

[pontarose]

Merci mais cela ne génère pas ce que je veux, je me suis mal exprimé: le nom de mes seq fini par .1, .2, .3 et je veux conserver même si elles ont des séquences un seul représentant

>seqA.1
MSSAAG
>seqA.2
MSSAAG
>seqB.1
MEEAGE
>seqC.1
MDSIRR
>seqD.1
MACTAA
>seqD.2
MACTAA
>seqD.3
MACTAA
>seqD.4
DIFFER


au final, j'aimerais avoir
>seqA.1
MSSAAG
>seqB.1
MEEAGE
>seqC.1
MDSIRR
>seqD.1
MACTAA

[pontarose]

J'ai essayé ceci mais j'obtiens ce messgae:
"exists argument is not a HASH or ARRAY element"

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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my %test;
foreach my $t (keys %hash{
    if(exists substr("$hash{$t}","0",2){
	$exist++;
    }
    else{
	%test=( "$hash{$t}"=>"$t");
    }	
}

[djibril]

Merci mais cela ne génère pas ce que je veux, je me suis mal exprimé: le nom de mes seq fini par .1, .2, .3 et je veux conserver même si elles ont des séquences un seul représentant

>seqA.1
MSSAAG
>seqA.2
MSSAAG
>seqB.1
MEEAGE
>seqC.1
MDSIRR
>seqD.1
MACTAA
>seqD.2
MACTAA
>seqD.3
MACTAA
>seqD.4
DIFFER


au final, j'aimerais avoir
>seqA.1
MSSAAG
>seqB.1
MEEAGE
>seqC.1
MDSIRR
>seqD.1
MACTAA

Pouvez vous écrire proprement et en français, car je ne comprends pas ce que vous dites. Merci !!