Discussion :

[fripette]

Bonjour,

J'ai grandement besoin de votre aide:
Je suis nouvelle sous mac mais familiere (enfin c'est ce que je pretends) du gbrowse.

Voici mon resultat de l'install gbrowse :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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*** Installing Generic-Genome-Browser ***
Downloading http://easynews.dl.sourceforge.net/sourceforge/gmod/Generic-Genome-Browser-1.70.tar.gz...
Unpacking gbrowse.tgz...
Apache root directory (enter '' for none)? [/usr/local/apache] /Users/drula/scripts
Apache conf directory? [/Users/drula/scripts/conf] 
Apache htdocs directory? [/Library/Webserver/Documents] 
Apache cgibin directory? [/Users/drula/scripts/cgi-bin] 
GBrowse root for static files? [gbrowse] 
----------------------------------------------
                File Paths
 
         CONF /Users/drula/scripts/conf
       HTDOCS /Library/Webserver/Documents
       CGIBIN /Users/drula/scripts/cgi-bin
 GBROWSE_ROOT gbrowse
 INSTALL_BASE 
          LIB 
          BIN 
          YES 
       PREFIX 
  PACKAGE_DIR 
        DO_XS 1
      NONROOT 
      SELINUX 
 
(Run perl Makefile.PL -h for help on changing)
----------------------------------------------

Comme vous le voyez j'ai un peu personnalise mon install ( du a l'architecture de mon projet) mais le repertoire /conf pointe vers /usr/local/apache/conf et pareil pour cgi-bin
Tout semble s'etre bien installe puisque je peux acceder a la page d'accueil via http://localhost/gbrowse.

Mon probleme est l'affichage de l'exemple yeast.
Voici ce que j'ai dans le error.log d'apache:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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[Mon Oct 18 16:55:01 2010] [notice] Apache/2.2.14 (Unix) mod_ssl/2.2.14 OpenSSL/0.9.7l DAV/2 mod_perl/2.0.2 Perl/v5.8.8 configured -- resuming normal operations
[Mon Oct 18 16:55:05 2010] [error] [client ::1] mkdir /Users///gbrowse: Permission denied at /Library/Perl/5.8.8/darwin-thread-multi-2level/Bio/Graphics/Browser.pm line 1707
[Mon Oct 18 16:55:05 2010] [error] [client ::1] Premature end of script headers: gbrowse

Avez vous une idee ? Le probleme vient de mon gbrowse_root: j'ai laisse par defaut gbrowse alors que me signifie ce

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

mkdir /Users///gbrowse

?

J'ai pense a parametrer mon httpd.conf aussi !

Merci beaucoup d'avance pour votre aide

[JeitEmgie]

Avez vous une idee ? Le probleme vient de mon gbrowse_root: j'ai laisse par defaut gbrowse alors que me signifie ce

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

mkdir /Users///gbrowse

?

que les paramètres passés à une fonction de Bio/Graphics/Browser.pm ne sont pas corrects car la fonction cherche à créer un dossier-là où elle n'a pas les droits d'accès…
et que visiblement des paramètres sont laissés à blanc (les 3 / qui se suivent…) alors qu'ils ne devraient pas.
(Il faut peut-être aussi créé un compte utilisateur particulier… en plus de ce que vous avez fait jusqu'à présent)

[fripette]

Effectivement ta reponse simple est la bonne JeitEmgie: il faut bel et bien creer un utilisateur gbrowse dans le repertoire /Users/ (manip qu'on ne fait pas sous linux, sauf si je travaillais sur une version plus ancienne de gbrowse ?).

Il faut aussi rajouter un lien symbolique de /Users/gbrowse/tmp dans /Library/WebServer/Documets/gbrowse/tmp.