Discussion :

[MaliciaR]

Hello, tout le monde,

Suite à l'agréable initiative de CKLN00, j'ai eu une inspiration
On pourra créer un Journal Club "Bio-info". Pour ceux qui ne savent pas trop ce que c'est : il s'agit d'une discussion autour d'un article. Une personne décide de présenter un article (méthodologique, de recherche, sur un nouveau soft,...), en lien avec la bio-info. Cette personne explique donc ce qui est dit dans l'article (environnement scientifique, questionnements, conclusions) et en fait ainsi une analyse critique (elle dit ce qui est intéressant, ce qui l'est moins, pourquoi certaines conclusions lui paraissent valables ou non, etc.). Ensuite, on discute tous de cet article.
L'idée est ainsi de croiser vraiment l'info et la bio. Je pense que les directions peuvent être multiples et très variées : autant une direction plutôt bio, autant une autre plutôt info. Nous pouvons également discuter de nos projets actuels, de ce qu'on est en train de faire dans nos boîtes/labos respectifs. Ces échanges ne peuvent que nous apporter de nouvelles façons d'aborder notre domaine

Concernant la partie pratique : je pense qu'on peut continuer d'abord à discuter de la mise en place et de l'organisation du Journal Club. On peut mettre en place un planning (par exemple, un article à discuter à quelle fréquence : toutes les semaines, toutes les 2 semaines, tous les mois, à voir).
Ensuite, qui apporte l'analyse initiale. Enfin, je pense que la personne commençant la discussion ouvre un fil dédié. Ce qui est vraiment bien, c'est que les articles bio-info sont en OpenAccess, donc il n'y aura pas de problèmes de publier des figures et/ou extraits qui paraissent importants pour l'analyse.

Bon, je finis ma prose et je retourne en cours. Dites-moi ce que vous en pensez

[MaliciaR]

Bouhou, ne me dites pas que ça ne vous tente pas

Je peux commencer avec un article "de base" : celui d'Altchul et al. de 1990 expliquant la création de BLAST. C'est assez fondamental et intéressant

[djibril]

Faut voir. Je ne suis pas contre.
D'ailleurs en ce qui concerne des articles en bioinformatique, je suis pas contre non plus. L'équipe dvp est en train de réfléchir pour créer un domaine dédié.

[MaliciaR]

Excellent! J'ai plein d'idees (Et j'aurai des questions aussi, vu que j'ai decide de me mettre au Perl...)

[djibril]

si t'as des questions sur perl, pas de soucis, le forum est la pour toi.
si c'est pour la FAQ, tu peux toujours faire des propositions.
Pour les articles, n'hésite pas à me contacter si nécessaire.

[MaliciaR]

si t'as des questions sur perl, pas de soucis, le forum est la pour toi.

Merci Je pense que nous nous y retrouverons bientot...

si c'est pour la FAQ, tu peux toujours faire des propositions.

La FAQ Perl ou Bioinfo? Parce que la derniere est legerement inexistante

Pour les articles, n'hésite pas à me contacter si nécessaire.

Oki doki

[djibril]

les 3 Faq Perl présente, Faq Tk en cours et Bioinfo en réflexion

[Jasmine80]

Bonjour,


Nous organisons un journal club tous les 14 jours au labo et il est vrai que cela amène à la réflexion et est très intéressant. Je pense également qu'au niveau scientifique lire des articles et se tenir informer est vital. Néanmoins, je ne sais pas si les gens venant sur ce forum sont vraiment prêts à lire et à rédiger des articles ni même à simplement les lire pour pouvoir en discuter. Cela demande du temps et de l'investissement. La majorité des gens viennent ici afin d'obtenir des réponses et non d'en apporter. Peu de gens se sont d'ailleurs présentés dans cette discussion.

Nous pouvons peut-être commencer avec ton article et voir comment cela se passera. Je le lirai et nous en discuterons, nous serons déjà 2. Je suis également d'accord afin de présenter le second article. Un journal club sur la bioinformatique serait très intéressant étant donné que c'est un milieu qui n'est encore que peu connu et en plein développement.





Cordialement,

[MaliciaR]

Bonjour,


Nous organisons un journal club tous les 14 jours au labo et il est vrai que cela amène à la réflexion et est très intéressant. Je pense également qu'au niveau scientifique lire des articles et se tenir informer est vital. Néanmoins, je ne sais pas si les gens venant sur ce forum sont vraiment prêts à lire et à rédiger des articles ni même à simplement les lire pour pouvoir en discuter. Cela demande du temps et de l'investissement. La majorité des gens viennent ici afin d'obtenir des réponses et non d'en apporter. Peu de gens se sont d'ailleurs présentés dans cette discussion.

Nous pouvons peut-être commencer avec ton article et voir comment cela se passera. Je le lirai et nous en discuterons, nous serons déjà 2. Je suis également d'accord afin de présenter le second article. Un journal club sur la bioinformatique serait très intéressant étant donné que c'est un milieu qui n'est encore que peu connu et en plein développement.


Cordialement,

Salut,

Je suis en partie d'accord avec toi dans le sens où pour le moment, les gens présents sur le forum bio-info ne sont pas super portés sur cette proposition. Mais je dis bien pour le moment. Mon idée est que le forum bio-info n'est pas assez vivant et riche pour le moment. Il faut donc justement le dynamiser et ça amènera des gens qui seront intéressés. Après, les étudiants de niveaux "bas" (L2-L3) en bio-info ne sont pas très nombreux, donc je pense que les gens les plus susceptibles de participer à cette initiative sont les professionnels et les étudiants déjà avancé dans leurs études. (Quand je parle de professionnels, je parle autant des ingés que des thésards, post-docs et chercheurs).

Mais je considère que cette multiplicité de points de vue ne peut qu'être encore plus enrichissante dans le contexte

[stoyak]

Bonsoir,

Le domaine de la bioinformatique n'est plus si anonyme. Et son développement est beaucoup moins rapide qu'il n'a été à ses débuts! D'ailleurs, certains biologistes se disent d'ailleurs experts en ce domaine après quelques utilisations de logiciels commerciaux.

Pour le journal club, l'idée n'est pas mauvaise. Mais comme tu le dis, cela intéressera davantage ceux qui travaillent déjà. Or, ces derniers ont pour la plupart un emploi du temps bien chargé.
La limitation principale me semble-t-il est le domaine sur lequel on travaille. Je suis spécialisée dans les puces à ADN (un article de vulgarisation est d'ailleurs en cours), je ne suis pas sûre d'être en mesure de critiquer un article de phylogénie.
Peut-être faudrait-il commencer par publier un article de référence qui présente le domaine de chacun.

Il est vrai que le forum bioinfo n'est pas très populaire si tu le compares à d'autres, Java ou Dotnet! En même temps, nous sommes sur un forum d'informaticiens de formation et de développeurs. Ce profil n'est pas des plus représentés chez les bioinfos et nombre d'entre eux ont souvent recours à des listes pour poser leurs questions. Je trouve que pour un début, c'est un bon début. Nous sommes quelques uns à nous y être trouvé.
Au fur et à mesure des différents posts, nous serons mieux référencés. Je pense également que pour durer, il ne faut pas en demander trop aux membres. C'est en restant une activité non contraignante que nous aurons plaisir à dépanner les petits nouveaux.

Stoyak

[MaliciaR]

Salut,

Bonsoir,

Le domaine de la bioinformatique n'est plus si anonyme. Et son développement est beaucoup moins rapide qu'il n'a été à ses débuts!

Veux-tu approfondir ce que j'ai souligne? Je suis assez etonnee par ca, du coup je demande a savoir plus precisement pourquoi tu le dis

D'ailleurs, certains biologistes se disent d'ailleurs experts en ce domaine après quelques utilisations de logiciels commerciaux.

Ah oui, et ils te parlent aussi de tant de % d'homologie entre des sequences ...

Pour le journal club, l'idée n'est pas mauvaise. Mais comme tu le dis, cela intéressera davantage ceux qui travaillent déjà. Or, ces derniers ont pour la plupart un emploi du temps bien chargé.
La limitation principale me semble-t-il est le domaine sur lequel on travaille. Je suis spécialisée dans les puces à ADN (un article de vulgarisation est d'ailleurs en cours), je ne suis pas sûre d'être en mesure de critiquer un article de phylogénie.
Peut-être faudrait-il commencer par publier un article de référence qui présente le domaine de chacun.

Il y a plusieurs choses interessantes a relever ici.
Primo, oui, on a tous des emplois du temps charges, mais je me dis que si on passe du temps benevolement ici c'est qu'on aime ce qu'on fait Donc, approfondir ce qu'on aime faire ne me parait pas une tache si monstrueuse

Secundo, les differents domaines de specialisation doivent etre vus comme un point positif plutot que comme un inconvenient. J'ai un background bio et je n'ai commence a m'interesser a l'info que recemment. Cela ne signifie pas que je me pose comme objectif de tout connaitre (ce serait duuuur ), mais ne pas me limiter a ce que je connais deja parce que finalement la specialisation nuit a l'acquisition des savoirs Autrement dit, mon idee de fond etait de creer cet espace ou justement chacun pourra apprendre de nouvelles choses et partager ce qu'il connait deja. Je connais vite fait les puces (Affymetrix GeneChip et les lames de verre pour la Levure), mais je suis bien partante pour une analyse de cette methodologie (et une comparaison avec le sequencage haut debit s'impose de plus en plus ). En revanche, je suis tres interessee par tout ce qui est evolution, transferts horizontaux, choses du genre, donc je peux expliquer des concepts si besoin et avec grand plaisir

Last but not least, je voulais qu'on discute tous ici des articles "de debut" justement. Parce que venant de domaines (tres) differents, il faut d'abord que tout le monde connaisse les fondamentaux. Voila pourquoi j'ai parle de prendre l'article original sur BLAST (Altschul et al. 1990). Je n'ai pas dit que tout est super clair dans ma tete concernant BLAST Mais je veux qu'on en discute pour au moins deux raisons :
* c'est une methodologie excellente : l'algo de BLAST est tres elegant et efficace, on a tous des choses a en tirer;
* c'est un outil tres utilise : c'est un outil-cle dans les analyses aujourd'hui. Je pense re-insister dessus ailleurs aussi, mais je trouve que ce logiciel peut etre source d'erreurs s'il est mal utilise. Et il est tres souvent mal utilise : j'ai assez traine dans les labos de bio pour m'en rendre compte
Apres, on fera un planing pour savoir en quel ordre et qui prend des articles suivants (bases de donnees, puces, phylogenie, reseaux, annotation,...). Et a quel frequence

Il est vrai que le forum bioinfo n'est pas très populaire si tu le compares à d'autres, Java ou Dotnet! En même temps, nous sommes sur un forum d'informaticiens de formation et de développeurs. Ce profil n'est pas des plus représentés chez les bioinfos et nombre d'entre eux ont souvent recours à des listes pour poser leurs questions. Je trouve que pour un début, c'est un bon début. Nous sommes quelques uns à nous y être trouvé.
Au fur et à mesure des différents posts, nous serons mieux référencés. Je pense également que pour durer, il ne faut pas en demander trop aux membres. C'est en restant une activité non contraignante que nous aurons plaisir à dépanner les petits nouveaux.

Stoyak

Je suis d'accord avec ton idee. Meme si je pense que le forum Bioinfo gonflera de plus en plus vite : ce sera le seul endroit virtuel francophone d'entre-aide et d'echanges sur le sujet. Je suis abonnee a quelques listes et je vois rarement des trucs passer. Je pense qu'on comprend rapidement la limite de l'echange par liste : il n'y a pas vraiment d'echange dans le sens ou je pose une question, si quelqu'un sait me repondre, c'est cool, mais sinon non. Et puis, l'eventuelle reponse apportee ne profite qu'au demandeur... Ce qui est franchement peu optimal dans le cadre d'une communaute


Bonne journee

[Tchetch]

Bonsoir,

Juste pour me présenter, je suis informaticien et je suis tombé dans la bioinformatique par hasard. Mes connaissances en bio sont limitées car je n'y ai pas travaillé des masses avec et je ne le fais pas en permanence non plus. En fait c'est par projet. Mon dernier en date étant l'optimisation de Genehunter (et ça remonte à loin).

Apres, on fera un planing pour savoir en quel ordre et qui prend des articles suivants (bases de donnees, puces, phylogenie, reseaux, annotation,...). Et a quel frequence

Ben comme je l'ai dit précédemment, je suis bioinformaticien suivant les projets. Actuellement je suis administrateur système (linux) ces temps-ci, donc je veux bien participer au journal club, mais un planning n'est pas vraiment envisageable. Quelque choses de plus libre serait bien plus intéressant à mon avis (un wiki ou un blog).

[MaliciaR]

Salut,

Bonsoir,

Juste pour me présenter, je suis informaticien et je suis tombé dans la bioinformatique par hasard. Mes connaissances en bio sont limitées car je n'y ai pas travaillé des masses avec et je ne le fais pas en permanence non plus. En fait c'est par projet. Mon dernier en date étant l'optimisation de Genehunter (et ça remonte à loin).

Je suis en train de preparer un article presentant justement la bio aux non biologistes Parce que je me suis rendue compte que ces lacunes peuvent avoir une grande influence sur ce qu'on fait en bioinfo...

Ben comme je l'ai dit précédemment, je suis bioinformaticien suivant les projets. Actuellement je suis administrateur système (linux) ces temps-ci, donc je veux bien participer au journal club, mais un planning n'est pas vraiment envisageable. Quelque choses de plus libre serait bien plus intéressant à mon avis (un wiki ou un blog).

Je parle de planning pour que nous puissions nous organiser en fonction de nos emplois du temps charges. Lorsque j'utilise le mot "planning" ici, il n'a pour moi aucune connotation de contrainte. Il est cense vehiculer l'idee que l'on doit s'organiser si on veut faire quelque chose de sympa et interessant ici. Tu es bien d'accord que si je dis que je ferai un truc mais que je ne donne pas de dates je peux ne jamais le faire parce qu'il y a plein d'autres choses qui me tombent dessus
Donc, sans que ca enleve au plaisir de discuter, je pense qu'on doit tout de meme se tenir a un certain serieux et a un serieux certain si l'on veut que cet espace devienne enrichissant.

Bonne soiree

[Aitone]

Bonsoir,

Je ne vais pas citer un par un les membres mais j'ai quelques questions et suppléments d'informations à faire valoir

Tout d'abord, saluons l'initiative de MaliciaR qui veut faire avancer les choses sur la bio-info de developpez.com

Alors l'idée du "Journal du Club", idée intéressante mais qu'il faut maitriser :

Parler d'un article semble être une bonne idée. Mais que signifie parler d'un article ? Est-ce en débattre ? Sommes-nous d'accord avec l'auteur ? Ou pas d'accord ? L'article est-il bien fait ?
Quelles sont exactement vos envie de discuter sur ces articles ?

Ensuite, quelles sont leurs sources ? Billet blog ? Revue papier ? Magazine web ? Article publié sur developpez ?
Quelles seront vos sources de débats pour votre Journal du Club ?

Comme vous l'avez si bien dit, la bio-informatique reste un domaine très précis destiné à un public très restreint. La question qui se pose donc est : "Devez-vous restreindre encore ce public en traitant de sujet précis ? Ou au contraire, ouvrir des débats sur des sujets vastes qui concernent l'ensemble des bio-informaticiens ?"

Avez-vous des suggestions d'articles à présenter ?
Je pense qu'en faisant un premier test, nous pourrions voir la viabilité de ce Journal du Club.

MaliciaR, souhaites-tu ouvrir le bal ?

Adrien

[MaliciaR]

Bonjour,

Parler d'un article semble être une bonne idée. Mais que signifie parler d'un article ? Est-ce en débattre ? Sommes-nous d'accord avec l'auteur ? Ou pas d'accord ? L'article est-il bien fait ?
Quelles sont exactement vos envie de discuter sur ces articles ?

Parler d'un article signifie le lire et presenter les details : but de l'etude, strategie, resultats obtenus et discussion des strategie et resultats.
Et justement, c'est la ou on debat. Dans le sens ou en sciences, il n'y a pas une verite unique, mais des approches differentes. Il s'agit justement de discuter des approches et d'essayer d'y apporter des critiques (pas de les descendre, mais de comprendre comment ca marche et comment ca pourrait ptet mieux marcher).

Ensuite, quelles sont leurs sources ? Billet blog ? Revue papier ? Magazine web ? Article publié sur developpez ?
Quelles seront vos sources de débats pour votre Journal du Club ?

Les sources? PubMed est deja un bon debut.
Comme je l'ai explique plus haut, mon idee est que nous discutions d'abord des articles fondamentaux : ceux decrivant (plus ou moins clairement ) les principaux outils de la bioinfo tels BLAST, GeneMark, Clustal, PHYLIP, etc. Ensuite, on peut discuter des methodologies et outils plus specifiques tels methodologies d'analyse statistique de resultats de puces, approches de reconstructions d'arbres phylogenetiques,...
Mais l'idee est de creer un dialogue entre les ingenieurs purement informaticiens venant vers la bioinfo et des biologistes purs desirant aller vers la bioinfo. Ce dialogue manque (tres) souvent et c'est fort dommage.

Comme vous l'avez si bien dit, la bio-informatique reste un domaine très précis destiné à un public très restreint. La question qui se pose donc est : "Devez-vous restreindre encore ce public en traitant de sujet précis ? Ou au contraire, ouvrir des débats sur des sujets vastes qui concernent l'ensemble des bio-informaticiens ?"

Je n'ai pas l'impression d'avoir parle de public tres restreint. La bioinfo est un domaine particulier mais avec une tres nette tendance a toucher a plein de gens justement. La particularite de ce domaine est qu'il est au croisement de deux champs scientifiques bien distincts : les sciences de la vie et l'informatique. Vu l'importance de plus en plus grandissante de la bioinfo, j'estime qu'il est tres reducteur pour tout le monde que chacun reste dans son coin faire des choses comme il l'entend, sans s'interesser a la portee de son travail. Or, laisser les biologistes sans veritable comprehension des outils bioinformatiques dont ils se servent ou laisser les informaticiens creer de nouveaux outils sans connaitre un minimum le sens de ce qu'ils font est ce qui se passe actuellement et represente un probleme enorme.

Avez-vous des suggestions d'articles à présenter ?
Je pense qu'en faisant un premier test, nous pourrions voir la viabilité de ce Journal du Club.

MaliciaR, souhaites-tu ouvrir le bal ?

Adrien

Comme je l'ai dit plus haut, je proposais le debut avec l'article d'Altschul et al. de 1990 presentant la creation de BLAST.
Si vous n'arrivez pas a trouver le pdf, je contacterai l'auteur pour demander sa publication ici. Normalement, il n'y a pas de souci si l'on a son autorisation. Pour la suite, la grande majorite des articles en bioinfo sont en acces libre sur les sites des differentes revues online. Il n'y aura donc pas de probleme que tout le monde y ait acces legalement.

Je pense pouvoir vous presenter BLAST la semaine prochaine, apres la fin de mes examens

[stoyak]

je propose de passer à la pratique avec un premier article! C'est en forgeant qu'on devient forgeron!
Avec un premier test, on aura une idée plus précise des forumeurs qui participeront et des limites qui se présenteront!

[MaliciaR]

je propose de passer à la pratique avec un premier article! C'est en forgeant qu'on devient forgeron!
Avec un premier test, on aura une idée plus précise des forumeurs qui participeront et des limites qui se présenteront!

Je suis d'accord avec toi
Si cela vous ennuie d'attendre 1 semaine que j'aie fini mes examens, vous pouvez vous proposer pour un premier article

[Jasmine80]

Il est disponible sur le net :

Si vous n'arrivez pas a trouver le pdf, je contacterai l'auteur pour demander sa publication ici. Normalement, il n'y a pas de souci si l'on a son autorisation

http://puffer.genpat.uu.se/bioinform...ST_article.pdf

Si cela vous ennuie d'attendre 1 semaine que j'aie fini mes examens, vous pouvez vous proposer pour un premier article

Bonne chance pour tes examens. Dans une semaine je serai en congé, dans mon nouvel appartement n'ayant pas internet. Néanmoins, je m'arrangerai toujours bien afin de me connecter lors de mes passages chez mes parents.

[MaliciaR]

Il est disponible sur le net :

http://puffer.genpat.uu.se/bioinform...ST_article.pdf

Ah ok, excellent J'avais prepare un mail pour prevenir que je le publierais sinon.

Bonne chance pour tes examens. Dans une semaine je serai en congé, dans mon nouvel appartement n'ayant pas internet. Néanmoins, je m'arrangerai toujours bien afin de me connecter lors de mes passages chez mes parents.

Merci Le premier etant passe ce matin, il en reste encore 2...
Bon demenagement et a tres bientot!

[MaliciaR]

Au fait, je voulais preciser un truc : je discuterai de BLAST 1, mais aussi de la version 2, vu que c'est celle que l'on utilise aujourd'hui
L'article traitant de BLAST 2 est la (acces libre).

Retour aux examens...
Bonne journee