Thèse, master et autres infos sur la bioinfo

[4Ur3L]

Bonjour à tous !

J'avais déjà écrit sur ce forum il y a quelques temps pour avoir des informations sur le(s) métier(s) de la bioinformatique.

Maintenant je suis en L3, et j'ai un peu regardé les masters, et j'aurais (encore) quelques questions à vous poser...


A l'univ de Nantes (où je suis) ils proposent un master de bioinformatique, qui m'intéressait .... jusqu'à ce que je trouve dans une autre univ un master qui a une option de bioinfo.
Cette option comprend (programme) :
- banques de données (présentation, interrogation)
- comparaison de séquences (dotplot, alignement 2 à 2, multiple, blast et fasta)
- prédiction de gènes
- annotation de protéines (prédiction de la fonction, structure, localisation)
- etudes des processus cellulaire

Donc je me demandais, s'il ne serait pas mieux de faire ce master avec OPTION bioinfo plutot que de faire un un master bioinfo ?!
Vous en pensez quoi, vu le programme (qu'y a-t-il de plus dans le vrai master de bioinfo d'après vous) ?


Sinon, tout autre question (et j'ai le temps d'y réfléchir), est-ce que vous pensez qu'une thèse (+ un post-doc aujourd'hui) est vraiment utile ?!
N'est-il pas préférable de s'arrêter au master (bac+5) puis de faire soit des formations dans d'autres domaines, soit d'enchainer des stages/CDD pour acquérir de l'expérience ?


Merci d'avance

[wonderyan]

Les réponses dépendent de plein de facteurs et principalement de toi!
Que veux-tu faire exactement plus tard?
Si tu veux vraiment faire de la bioinfo alors ce master ne te convient pas du tout. Je pense qu'il va bien mieux pour des biologistes.

La bioinformatique est une discipline à part entière avec ses propres domaines qui combinent de près ou de loin les biomaths, les biostats, et l'informatique. A cette diversité il faut ajouter le domaine d'application biologique (ecologie (plus biomaths), médical (plus biostat), biomol (plus stats/info), phylogénie (maths/stats/info) ETC . ...).

N'oublie pas aussi qu'il y a des profils de bioinformaticiens. Il y a les codeurs ceux qui sont informaticiens à la base, les matheux de base ou les biologistes.
Et il a peut etre débat là dessus mais je pense que l'on ne se refait pas et qu'il vaut mieux s'appuyer sur ses qualités que d'essayer de trop aplanir ses compétences (pour moi un vrai bioinformaticien biologiste de base deviendra trop difficilement un bon matheux capable de fournir des modèles mathématiques solides et ingénieux).

La bioinformatique est trans-disciplinaire par nature.

Il faut vraiment que tu te renseigne concrètement sur la bioinformatique et prenant à la BU de ton université par exemple un livre généraliste de bioinfo et que tu vois ce qui te plait le plus dedans.

Ensuite choisit ton master de bioinfo qui approche le plus cela car chacun à une orientation. Par exemple mon master aMIV à Lyon1 est plus orienté maths stats et s'applique plus à la phylogénie et l'analyse de séquences génomique (donc très grosse dominante maths/stats et peu de biologie-biomol).

Pour la question thèse ou pas la réponse c'est : est ce que tu veux faire de la recherche ou pas. Mais comme tu le dis tu a le temps de passer ton M1 déjà (je te conseille pas d'enchaîner des stages!!).

[Jasmine80]

Sinon, tout autre question (et j'ai le temps d'y réfléchir), est-ce que vous pensez qu'une thèse (+ un post-doc aujourd'hui) est vraiment utile ?!
N'est-il pas préférable de s'arrêter au master (bac+5) puis de faire soit des formations dans d'autres domaines, soit d'enchainer des stages/CDD pour acquérir de l'expérience ?

Dans mon année, nous étions environ 13 dont 2 filles faisant le master et 11 garçons poursuivant par un doctorat. Ce choix dépend de ce qui te plait le plus. Personnellement, je voulais entrer dans la vie active, j'en avais marre des études et je pensais que 4 années d'expérience valent autant qu'une thèse. De plus, changer d'avis et faire un doctorat est toujours possible par la suite. Pour entreprendre un doctorat, il faut être très motivé, sinon cela est inutile. Si tu aimes la vie universitaire, la thèse est une bonne solution. Elle permet de te perfectionner dans un domaine bien précis. Cela est également possible dans la vie active, mais tu auras moins le choix de ce que tu feras et tu devras être rentable tout en continuant ton apprentissage. Pour ce qui est des chances de trouver un emploi, cela dépend de ce que les firmes recherchent, l'un ou l'autre des diplôme n'est pas spécialement meilleur. Un doctorat te permet d'obtenir plus vite un poste à responsabilités, de diriger une équipe et encore cela n'est pas toujours vrai. Les gens possédant un master font parfois le boulot que feraient des docteurs dans de grosses firmes. Je possède un master et je fais un peu de tout. J'administre des bases de données, j'analyse des séquences d'ADN, je fais de la programmation, je mets au point des tests biologiques sur PC (ex: design de PCR), j'analyse leurs résultats (excel), je fais des statistiques. Je travaille en labo dans la recherche expérimentale il y a donc également une partie pratique en biologie moléculaire (pipettes et paillasse). Si tu réalises une thèse dans un domaine bien précis, cela te permet de continuer dans l'université où tu es. Dans les firmes, tu devrais avoir un travail plus limité à ta spécialisation et encore, la vie ne nous même pas toujours vers ce quoi on s'attend et on se retrouve parfois à travailler sur quelque chose que l'on n'aurait jamais imaginé. Enfin, je me trompe peut-être étant donné que je ne travaille que depuis 2 ans, mais ceci est mon point de vue.

[MaliciaR]

Salut,

Comme ont dit les autres, c'est à toi de voir ce que tu veux faire. Si tu veux utiliser des outils de façon éclairée, tu n'as pas besoin de savoir programmer. Si tu veux être ingé dans une boîte ou un labo, un Bac+5 avec des notions un peu détaillées en bio-info est très bien.
J'avais fait des pitits stages et formations en L3, j'ai un peu approfondi en M1, mais voilà que j'ai envie de faire plus d'info que ça, faire tourner un BLAST ou utiliser Clustal ne me suffit plus du tout, donc je m'oriente vers la programmation. Je suis en M2R génétique, mais je fais le reste en parallèle parce que des formations 50-50 bio et info ne sont pas encore proposées...

Définis déjà tes envies de carrière, tu verras ensuite. D'toutes façons, il y aura encore des modifications dans les Masters 2 d'ici l'an prochain, tu n'es qu'en L3 : tu as le temps de bien t'organiser

Hope that helps.

[4Ur3L]

Définis déjà tes envies de carrière, tu verras ensuite.

Le problème se pose ici.
En effet, je ne sais pas encore si je choisis en bioinfo ou d'autres matières ...

C'est pour ça que j'aurais voulu avoir un max de connaissances dans ces deux domaines.

Je suis en M2R génétique, mais je fais le reste en parallèle

C'est possible ?!
Comment tu fais, c'est un autre M2 que tu fais parallèlement ?

Parce que faire ça m'intéresserait beaucoup !
Mais que croyais que c'était impossible de concilier M2 avec autre chose (surtout un autre M2)...


Sinon, le truc c'est que je me débrouille déjà pas mal en programmation, donc j'aurais voulu savoir si avoir des compléments en utilisation de logiciels spécialisés (blast et autres) serait suffisant ....


C'est vrai que j'ai le temps pour décider, mais la recherche du "master parfait" dans toutes les universités est longue !

[MaliciaR]

Envoyé par 4Ur3L

Le problème se pose ici.
En effet, je ne sais pas encore si je choisis en bioinfo ou d'autres matières ...

C'est pour ça que j'aurais voulu avoir un max de connaissances dans ces deux domaines.

Fais des stages, vois différentes choses, différentes façons de faire,... De plus, tu approfondiras certaines matières, donc ne t'en fais pas

Envoyé par 4Ur3L

C'est possible ?!
Comment tu fais, c'est un autre M2 que tu fais parallèlement ?
Parce que faire ça m'intéresserait beaucoup !
Mais que croyais que c'était impossible de concilier M2 avec autre chose (surtout un autre M2)...

C'est possible. Pour la faisabilité de la chose... c'est différent
Non, sans déconner, c'est hard parce que j'ai tout le M2R à ne pas planter et en même temps, je me suis lancée en info sans pratiquement rien connaître en algos, programmation, etc. Donc, je vais à certains cours d'info pure en fac en auditeur libre, j'essaie de faire les TD/TP à la maison toute seule, mais c'est assez délicat parce qu'il y a toujours des questions qui surgissent Pour l'instant, il me suffit de chercher sur le net et de temps à autre demander à des amis. Donc, à l'heure actuelle, je suis plutôt bousculée par l'emploi du temps, mais j'arrive encore à gérer plutôt correctement, mais je ne sais pas combien de temps ça durera.

Le souci est que tu es inscrit dans un M2 donné et il faut tout régler administrativement avec. Ce qui signifie que je n'ai pas pu faire plein de cours complets ou formations parce que je suis obligée d'assister à mon cursus obligatoire de M2R même si... ce qu'on y raconte, je le connais déjà assez bien C'est ptet de ma faute aussi de trop trainer sur Pubmed

Envoyé par 4Ur3L

Sinon, le truc c'est que je me débrouille déjà pas mal en programmation, donc j'aurais voulu savoir si avoir des compléments en utilisation de logiciels spécialisés (blast et autres) serait suffisant ....

Serait suffisant pour quoi faire? On revient toujours à la même question. Définis déjà ce que tu veux faire. Tu verras que plus tu connaîtras des choses, plus ton horizon s'élargira et tu sauras définir ce que tu veux faire par la suite. Je suis comme ça, même si j'ai choisi une voie plutôt restreinte, je m'intéresse à plein plein de choses en bio. Mais la masse de connaissances aujourd'hui fait qu'il est parfaitement impossible de tout englober. Puis, je t'ai dit, les programmes évolueront, d'autres masters sont en train d'ouvrir, pour l'instant pas trop parce qu'ils manquent de monde, mais ça viendra
Donc, vas-y doucement et vis bien ta vie d'étudiant en L3 bio avec des intérêts plutôt larges comparés à la moyenne

[shadow19c]

Bonjour,
je suis actuellement en master 1 BBSG (bioinformatique-biochimie structurale et génomique) a Marseille. J'ai une formation typiquement pour la bioinformatique, car j'ai fait une licence avec un parcours BIM (bio-info-math).
Ceci étant, je suis capable de faire de la paillasse quand même, ayant eu de la biochimie et biocell, et en master j'ai des cours de physicochimie et de bio structurale.
Mon souci, est le suivant, je ne sais pas, si je dois aller en recherche ou professionnel car c'est deux mondes un peu diffèrent.
J'aime la génomique, mais je ne sais pas , j'ai envie d'aller au Canada car on m'a dit qu'il y a plus d'opportunité vers la bas??

Merci

[Norore]

Envoyé par shadow19c

Bonjour,
je suis actuellement en master 1 BBSG (bioinformatique-biochimie structurale et génomique) a Marseille. J'ai une formation typiquement pour la bioinformatique, car j'ai fait une licence avec un parcours BIM (bio-info-math).
Ceci étant, je suis capable de faire de la paillasse quand même, ayant eu de la biochimie et biocell, et en master j'ai des cours de physicochimie et de bio structurale.
Mon souci, est le suivant, je ne sais pas, si je dois aller en recherche ou professionnel car c'est deux mondes un peu diffèrent.
J'aime la génomique, mais je ne sais pas , j'ai envie d'aller au Canada car on m'a dit qu'il y a plus d'opportunité vers la bas??

Merci

La question à te poser si tu hésites entre professionnel et recherche est la suivante : Est-ce que l'enseignement t'attires ?
Concrètement, si tu fais de la recherche tu seras amené à faire de l'enseignement universitaire. Si tu n'as aucune envie d'enseigner, le cursus professionnel est plus pour toi ! A moins que tu ne fasses de la recherche industrielle, mais tu devras tout de même passer une thèse, donc il y a un risque que tu aie une part d'enseignement à réaliser. Il faudrait que tu te renseignes de ce côté, étant dans l'objectif d'être enseignant-chercheur si l'opportunité se présente dans mon cas.

[MlleO]

Bonjour à tous,

Je suis actuellement en deuxième année d'une école de biotechnologie, et je serais intéressée pour faire de la bioinformatique.

En fait, pour le moment, je ne sais pas trop ce que je veux faire. J'ai pas trop envie de rester toute la journée devant une paillasse. Et dans mon école, ils nous donnent des cours d'informatique et je m'en sors plutôt pas mal et j'aime bien. Alors du coup je me dis, pourquoi pas ?

Niveau bioinformatique, on a pas encore fait grand chose, pour l'instant ils nous ont juste appris les bases de la programmation en perl et en python. (Surtout python d'ailleurs.) Sinon, on a fait des fonctions qui permettent de voir si telle chaîne est de l'ADN ou pas (en gros si c'était des ATCG, mais après on s'en fichait de savoir si c'était un vrai gène ou si c'était juste des ATCG mis n'importe comment), puis pour la transcrire et la traduire. Et cette année, toujours en python, on va apprendre à aligner des séquences et à faire des arbres phylogénétiques. Après, à partir de la troisième année je sais pas. Je sais juste qu'on a un labo de bioinformatique qui s'appelle le BIRL. Mon école nous apprend un peu de bioinformatique, mais c'est pas le point central du programme. A partir de la 4ème année, il y a une mineure de bioinformatique, mais d'après mon prof d'info, ça sera jamais aussi bien qu'une école full bioinfo.

J'arrive pas trop à me rendre compte si le programme de bioinfo de mon école est bien ou pas, parce que j'ai pas trop d'élément de comparaison. Je sais pas non plus si le fait d'aimer ce qu'on fait en cours d'info est suffisant pour savoir si je vais aimer la vraie bioinfo ou pas.

Toujours est-il que cette voie m'attire de plus en plus. Et j'ai ouï dire que l'université de paris diderot faisait une L3 de bioinfo. Je suis intéressée. Est-ce que quelqu'un connait cette formation, est-ce que c'est plutôt bien ? Sachant que de toute manière, bioinformatique ou pas, j'irai au moins jusqu'à un master.

[Jasmine80]

Bonjour MlleO,



J'ai étudié la bioinformatique à l'ULG, université belge. En Belgique, les masters se font dans des universités que vous appelés Hautes Ecoles, si je ne me trompe pas. ... L3, je ne sais pas ce que cela signifie ^^.

Ci-joint, le site de cette université, tu peux y avoir un aperçu des cours qui est probablement très similaire à celui de vos hautes écoles en France :
http://www.bioinfomaster.ulb.ac.be/MBM-FR/index.html

L'université de Paris Diderot n'organise-t-elle pas des portes ouvertes pour monter aux potentiels futurs étudiants ce qu'elle leur propose? Ne peux-tu pas entrer en contact avec quelqu'un de là bas? C'est ce que j'avais fait, avant d'entamer le master, j'avais eu un RDV avec le responsable de la bioinformatique de l'université qui m'avait même donné l'adresse e-mail de 2 anciens étudiants auxquels j'avais pu poser mes questions.

Ce que je peux te dire est que la bioinformatique est très très vaste, j'y ai appris plein de choses superficiellement, ce qui permet ultérieurement d'entrer un peu n'importe où et de te spécialiser dans le domaine que tu préfères. Ça va de la gestion de bases de données biologiques, à la modélisation, à la mise au point de PCR, à la programmation, à l'utilisation de softwares spécialisés ... et j'en passe.

Comme toi, je n'aimais pas la paillasse mais j'adorais la mise au point technique ainsi que l'analyse et l’interprétation des résultats. J'ai tout de suite su que je ne voulais pas m'arrêter au niveau pratique mais me diriger vers les statistiques, l'épidémiologie ou la bioinformatique.

Si tu as des questions sur la bioinformatique, n'hésite pas à me les poser par MP ou dans cette discussion.