Discussion :

[4Ur3L]

Bonsoir à tous !

Je suis étudiant en 2ème année de licence de Biologie-Biochimie, et je souhaiterais faire un master en bioinformatique (master 1 et 2) ...

Seulement je ne saisis pas quel peut être le travail d'un bioinformaticien, et j'aimerais mieux savoir avant de me lancer.

Je vous pose donc ces quelques questions pour m'aider à y voir plus clair.

On voit (Internet, BU, plaquette de programmes, ...) qu'un bioinformaticien :
- développe des programmes dans le but d'être utilisés en biologie :
> Y a-t-il autant de programmes que ça à réaliser en biologie, ne sont-ils pas déjà existants ?
> Est-ce que c'est pas le rôle d'informaticiens ?
> Est-ce que les programmes nécessaires ne sont pas trop compliqués pour être créés par des bioinformaticiens (et non des informaticiens), comme les projets de modélisation (protéique par exemple, comme les structures 3D) ?
> Ou est-ce que le rôle d'un bioinformaticien est d'être un intermédiaire entre une équipe de biologistes et une équipe d'informaticiens, pour confectionner un programme ?
> Est-ce qu'un bioinformaticien est quelqu'un qui ne fait que coder des lignes de programmation (s'il développe un programme), et qui a des connaissances en biologie simplement pour comprendre les problèmes posés ?
> Donc finalement, ne fait-il pas plus d'informatique que de biologie ?

- analyse des données (bases de données, ...) :
> En quoi consiste ces analyses par exemple ?
> Ne fait-il pas, la majorité du temps, que d'utiliser des programmes déjà existants ? [rejoint la première question]
> Est-ce que le bioinformaticien ne fait qu'extraire les données d'une séquence (ou autre chose) et les communiquer à un biologiste lorsque celui-ci le demande ?
> Ou prend-il part à un projet de recherche en participant à l'interprétation des données, à l'analyse des résulats expérimentaux (je ne sais pas comment est conduit un projet de recherche) ?

- ne touche pas aux expérimentations de paillasse :
> est-ce qu'un bioinformaticien reste toujours devant son ordinateur ?
> est-il dans un bureau, ou dans la partie laboratoire/expériences à travailler avec le groupe de recherche par exemple ?
> ne fait-il vraiment aucune manipulation (élctrophorèse ou autre) ?

- est un plus pour l'entreprise/laboratoire :
> Est-ce vraiment vrai ? Pourquoi ?
> Je pose la question car un de nos profs/chercheurs (voir plusieurs) de biologie cellulaire nous disent qu'ils ont retirés telle information en analysant telle séquence par bioinformatique .... donc est-ce que la partie analyse de données ne peut pas être faite par un simple biologiste qui a simplement a utiliser les outils disponibles ?


Dernière petite chose, est-ce que vous pouriez décrire le travail que vous effectuez, ou que vous avez effectué, pour que j'ai quelques exemples ?!


Voilà, je sais que ça fait beaucoup de questions ... et j'suis sûr que j'en ai encore d'autres qui ne me viennent plus ... mais ce serait sympa si vous répondiez !

Merci beaucoup d'avance

[EDIT : questions supplémentaires]
- Quel peut être l'évolution de carrière d'un bioinformaticien ?
- Quel est la demande de bioinformaticiens en France et dans les pays étranger ? Quel est (et sera) l'évolution de cette demande d'après vous ? Et quel secteur recrute le plus (et le moins) entre la bioinformatique, la biotechnologie, et la biochimie (2 autres domaines qui m'intéressent) ?
- Quel est, selon vous, la différence entre la bioinformatique et l'informatique appliqué à la biologie (sur certains documents/livres, ils posent une différence ... que je comprend pas trop) ?

[Jasmine80]

Bonjour 4Ur3L ,

Je te souhaite la bienvenue sur ce forum.

- développe des programmes dans le but d'être utilisés en biologie :

> Y a-t-il autant de programmes que ça à réaliser en biologie, ne sont-ils pas déjà existants ?

Pour ma part, je dois surtout utiliser les programmes existant et les faire interagir via l'informatique. Par exemple, à l'aide du langage Perl, je vais rechercher des séquences d'ADN sur GenBank, et je les place dans une base de données MySQL (via Perl) ou j'appelle (toujours via perl) le programme ClustalW afin d'aligner ces séquences. Il ne faut pas tout vouloir réinventer mais plutôt apprendre à utiliser ce qui existe déjà et à améliorer le travail grâce à l'informatique. Ce que je fais pourrais être fait manuellement mais cela demanderait plus de temps et augmenterait les risques d'erreurs.

> Est-ce que c'est pas le rôle d'informaticiens ?

Je pense qu'il faut une collaboration d'informaticiens et de biologistes. Il est aussi important de bien comprendre le problème biologique que de savoir programmer correctement. Avant, il n'y avait pas de formation de bioinformatique et un informaticien ou un biologiste devenait bioinformaticien en apprenant sur le tas. Si tu fais la bioinformatique et que tu es plus fort en biologie, tu pourras travailler en collaboration avec un informaticien.

> Est-ce que les programmes nécessaires ne sont pas trop compliqués pour être créés par des bioinformaticiens (et non des informaticiens), comme les projets de modélisation (protéique par exemple, comme les structures 3D) ?

Mon maître de stage lors de son doctorat en bioinformatique avait crée un réseau de neurones prédisant les structures 3D des protéines. Cela prouve que quand on est motivé et que l’on travaille dur, on peut faire beaucoup de choses. C'est certain que niveau programmation un bioinformaticien est plus faible qu'un informaticien mais on peut toujours collaborer ou étudier pour améliorer ses capacités en informatique.

> Ou est-ce que le rôle d'un bioinformaticien est d'être un intermédiaire entre une équipe de biologistes et une équipe d'informaticiens, pour confectionner un programme ?

C'est ce que j'ai entendu dire.

> Est-ce qu'un bioinformaticien est quelqu'un qui ne fait que coder des lignes de programmation (s'il développe un programme), et qui a des connaissances en biologie simplement pour comprendre les problèmes posés ?

Bien sûr que non. La bioinformatique c'est très vaste, c'est l'utilisation de l'informatique pour résoudre des problèmes biologiques.
Gérer une base de données contenant des informations biologiques au sens propre c'est déjà de la bioinformatique. Utiliser un software afin de designer une sonde et deux amorces pour faire une PCR, c'est également de la bioinformatique. Rien n'est jamais blanc ou noir, tout n'est pas classifier comme ça. Dans mon emploi, c'est très varié, je mets au point des PCR, je designe les amorces et sondes sur PC, je passe dans le labo afin de tester sur le "bench", je fais des études comparatives de logiciels permettant le prédire les sites d'épissages, je réalise parfois des petites études biostatistiques (ANOVA) afin de comparer plusieurs méthodes d'analyses biologiques... Mon emploi est peut-être même trop varié, c'est bien d'avoir un horizon large mais d'un autre côté, j'ai l'impression de ne rien maitriser à fond mais plutôt d'être superficielle dans beaucoup de domaines.

> Donc finalement, ne fait-il pas plus d'informatique que de biologie ?

Tous les cas sont possibles, c'est un domaine très varié et tout dépend de vers où tu te dirigeras plus tard. Cela dépend de la firme qui t'emploira.
Par exemple, dans le labo où je travaille, nous ne sommes qu'une dizaine. Il est donc impossible que je ne fasse que de la programmation, je dois également faire des manip. Si j'avais été travailler dans une grande firme telle que GSK, où ils ont des centaines de techniciens, je n'aurais probablement pas touché aux éprouvettes. C'est à toi plus tard, de trouver l'emploi qui te convient.

- analyse des données (bases de données, ...) :
> En quoi consiste ces analyses par exemple ?

Par exemple, je vais rechercher des séquences d'ADN sur Genbank, j'en prends une sous-séquence que j'insère dans MySQL ainsi que l'accession, le Gi, la description, l'organisme ... et d'autres informations de Genbank. Puis je réalise un alignement multiple à l'aide de ClustalW. De cet alignement, je regarde les positions où les nucléotides entre mes séquences sont communs ou non.

> Ne fait-il pas, la majorité du temps, que d'utiliser des programmes déjà existants ? [rejoint la première question]

Pour ma part oui, à quoi bon réinventer la roue? Mais ce qui est important est de comprendre le fonctionnement des programmes, de correctement interpréter leurs résultats et de pouvoir les faire agir entre eux.

> Est-ce que le bioinformaticien ne fait qu'extraire les données d'une séquence (ou autre chose) et les communiquer à un biologiste lorsque celui-ci le
demande ?

C'est évidemment une partie de mon boulot mais il n'y a pas que cela.

> Ou prend-il part à un projet de recherche en participant à l'interprétation des données, à l'analyse des résultats expérimentaux (je ne sais pas comment est conduit un projet de recherche) ?

Tout dépend de l'entreprise où tu travailles mais pour ma part je suis certains projet de a à z, où je fais tout, et où l'informatique m'aide énormément.

- ne touche pas aux expérimentations de paillasse :
> est-ce qu'un bioinformaticien reste toujours devant son ordinateur ?

J'aimerais bien, mais ce n'est pas mon cas. Je dirais 80% PC et 20% labo ce qui en fin de compte est peut-être mieux et me permet de garder la main.

> est-il dans un bureau, ou dans la partie laboratoire/expériences à travailler avec le groupe de recherche par exemple ?

Oui aussi.

> ne fait-il vraiment aucune manipulation (élctrophorèse ou autre) ?

Pour la xième fois, il y a de tout, ça dépend où tu travailleras. J'ai déjà fait des PCR, construit des plasmides, fait des cultures cellulaires ...

- est un plus pour l'entreprise/laboratoire :
> Est-ce vraiment vrai ? Pourquoi ?

L'avantage du bioinformaticien est de connaître la biologie et l'informatique et le fait de maintriser plus d'un domaine est toujours un plus.
Je ne dirais pas pour autant que deux bioinformaticiens vallent mieux qu'un biologiste associés à un informaticien tant qu'il y a une bonne collaboration. Le danger est de créer un programme qui aurait des bugs car le problème de base de biologie n'aurait pas été compris ou de mal interpréter les résultat d'un programme existant déjà.

> Je pose la question car un de nos profs/chercheurs (voir plusieurs) de biologie cellulaire nous disent qu'ils ont retirés telle information en analysant telle séquence par bioinformatique .... donc est-ce que la partie analyse de données ne peut pas être faite par un simple biologiste qui a simplement a utiliser les outils disponibles ?

Oui peut-être. Mais dans ce cas, le biologite finira par devenir bioinformaticien. Il ne faut pas nécessairement suivre une formation de base en bioinformatique et avoir un diplôme pour devenir bioinformaticien, il faut maitriser l'informatique et la biologie que tu sois autodidacte ou non. Dans la vie, le diplôme t’ouvre des portes mais tu peux te réorienter ou continuer de te former. Je connais un ingénieur chimiste de formation qui maintenant est devenu informaticien et gère une partie du réseau informatique d’une entreprise et un technicien de labo qui travaille dans l’aviation et dirige les avions par radar. Après tes études, ton destin n’est pas scellé, tu peux continuer de te former. Ce que je veux dire est que si après ton master tu te sens un peu faible en programmation, ça peut changer. J'ai fait énormément de biologie puis un an d'informatique et au départ dans ma boîte, j'étais plus biologiqte qu'autre chose. Néanmoins, mes cours de bioinformatique m'ont donné les outils pour m'améliorer et pas vraiment les capacités informatiques. En un an, je n'ai vu que les bases de tout mais j'ai appris à toujours me baser sur les statistiques, à comprendre le fonctionnement de logiciels cultes tels que Blast, ClustalW ... Comment interpréter les valeurs que retourne le Blast .... Les études te donnent les moyens d’évoluer plus tard dans ta vie professionnelle.

Dernière petite chose, est-ce que vous pouriez décrire le travail que vous effectuez, ou que vous avez effectué, pour que j'ai quelques exemples ?!

J'ai déjà tout expliquer en répondant aux questions plus haut. N'hésite pas si tu as d'autres questions.







Jasmine,

[4Ur3L]

Merci beaucoup pour les informations !

J'ai tout d'abord quelques autres questions à poser :
- Quel peut être l'évolution de carrière d'un bioinformaticien ?
- Quel est la demande de bioinformaticiens en France et dans les pays étranger ? Quel est (et sera) l'évolution de cette demande d'après vous ? Et quel secteur recrute le plus (et le moins) entre la bioinformatique, la biotechnologie, et la biochimie (2 autres domaines qui m'intéressent) ?
- Quel est, selon vous, la différence entre la bioinformatique et l'informatique appliqué à la biologie (sur certains documents/livres, ils posent une différence ... que je comprend pas trop) ?

Et pour répondre à Jasmine80, j'aimerais quelques précisions (malgré le super post .. encore merci) :
- J'ai l'impression que y'a pas énormément de chose à faire en bioinformatique, parce que réaliser des programmes (ou scripts) qui permettent de connecter les programmes ensembles (pour prendre un exemple) et bien ça dure qu'un temps, non ? Après on réutilise les mêmes ... ?!
- En fait, je me demande ce que peut faire un bioinformaticien à longueur de jour ? [mais bon, je sais pas trop comment fontionne un projet de recherche, donc c'est peut-être aussi pour ça]
- Parce que comme ça, ça ressemble un peu à du "travail à la chaine", enfin pas exactement mais j'ai l'impression qu'on est complètement dépendant des biologistes (c'est eux qui décident et ils viennent te voir s'il ont besoin d'info) ... donc toi t'utilises toujours les mêmes logiciels pour répondre à leur demande ... ?! [je dit 'te' mais c'est du général hein ...]
- En parlant d'intermédiaire entre biologistes et informaticiens, j'entendais par là le fait de faire comme dans les banques par exemple, où une personne de la banque (connaissant un peu l'info) va dans une entreprise d'info et comminiquer avec quelqu'un qui connait un peu la banque pour réaliser des programmes ... est-ce qu'un bioinformaticien peut faire ça ? Ou est-ce un autre métier (ça m'intéresse) [dans la vulgarisation scientifique peut-être] ?
- Et sinon, apparemment faut travailler dans les petites structures pour pouvoir faire autre chose qu'uniquement de l'informatique ... ce qui m'intéresse c'est de pas toujours faire la meme chose (mais bon, là je rêve peut-être un peu, ça reste un travail).

Enfin, j'aimerais avoir votre opinion là-dessus :
Sachant que je connais pas mal la programmation (programmes, scripts), je me demandais si je ne ferais pas mieux de faire des études de biologie et à côté (ou une fois un travail trouvé) de progresser par moi-même en informatique (ou faire des formations) ?

Voilà, ça fait encore beaucoup de questions ....

Et si d'autres personnes pouvaient répondre, ce serait bien, pour que j'ai plusieurs exemples (par ex quelqu'un qui travaille dans une grande société).

Merci

[CKLN00]

c'est mon petit point de vue étudiant que je met la ! hein ! pas des vérités :p

- Quel est la demande de bioinformaticiens en France et dans les pays étranger ? Quel est (et sera) l'évolution de cette demande d'après vous ? Et quel secteur recrute le plus (et le moins) entre la bioinformatique, la biotechnologie, et la biochimie (2 autres domaines qui m'intéressent) ?

une phrase d'un de mes prof de protéomique :
- "c'est hallucinant on vois environ 100 CV pour 1 poste en biotechnologie !"
- "et pour la bioinformatique c'est l'inverse ?" (un élève)
- "humm à peu de chose près oui !" (le prof)

donc je ne sais pas si la demande est aussi forte que l'as dit mon prof mais je sais que le secteur de la biotcheno à l'aire d'être boucher ...

la demande va à mon sense se développer de plus en plus avec le temps, car on as de plus en plus besoin des bioinformaticiens


Et pour répondre à Jasmine80, j'aimerais quelques précisions (malgré le super post .. encore merci) :

- J'ai l'impression que y'a pas énormément de chose à faire en bioinformatique, parce que réaliser des programmes (ou scripts) qui permettent de connecter les programmes ensembles (pour prendre un exemple) et bien ça dure qu'un temps, non ? Après on réutilise les mêmes ... ?!

non car tu as souvent des logiciel qui sont utiliser juste pour un projet, plein de chainages logiciel qui évolent selon les boins et plein de logiciels qui vienne à apparaitre sur le marcher

- En fait, je me demande ce que peut faire un bioinformaticien à longueur de jour ? [mais bon, je sais pas trop comment fontionne un projet de recherche, donc c'est peut-être aussi pour ça]
- Parce que comme ça, ça ressemble un peu à du "travail à la chaine", enfin pas exactement mais j'ai l'impression qu'on est complètement dépendant des biologistes (c'est eux qui décident et ils viennent te voir s'il ont besoin d'info) ... donc toi t'utilises toujours les mêmes logiciels pour répondre à leur demande ... ?! [je dit 'te' mais c'est du général hein ...]

en fait oui et non : moi par exmple la je bosse je fait des petit logiciels pour aider les biologiste et se sont eux qui sont venue me dire "j'aurais besoin d'un soft qui face ça et puis ça etc." mais il m'arrive aussi de voire le biologiste galérer à faire certaine tache que je suis capable d'automatiser et la je lui tape sur les l'épaule et lui bon maintenant que tu à galérer à faire 10 fois la meme chose en 2h ça te branche un programme qui le fait en 1s ?

c'est comme ça que naisse des bon logiciel de bioinformatique
je pense en l'occurrence à un logiciel (je fait pas de pub) qui est capable de faire de multiples requetes blasts sur les sites NCBI EBI (en respsectyant le temps d'attente de ces sites pour pas se faire blacklister) et une fois les résultats recu font directement tout une batrie de teste et affiche les résultats graphiquement (superbe logiciel, à mon avis !)

- En parlant d'intermédiaire entre biologistes et informaticiens, j'entendais par là le fait de faire comme dans les banques par exemple, où une personne de la banque (connaissant un peu l'info) va dans une entreprise d'info et comminiquer avec quelqu'un qui connait un peu la banque pour réaliser des programmes ... est-ce qu'un bioinformaticien peut faire ça ? Ou est-ce un autre métier (ça m'intéresse) [dans la vulgarisation scientifique peut-être] ?

je pense que oui quand le bioinformaticien n'est pas assez avancer en programmation pour être capable de crée une application satisfaisante pour l'entreprise il peut se contenter de rédiger le cahier des charge et tester le logiciel vers qui seras conçu par un(e) (entreprise) tiers.

même si personnellement je préférerais apprendre à faire le logiciel moi même mais c'est parce que j'aime beaucoup la programmation ^_^

Enfin, j'aimerais avoir votre opinion là-dessus :
Sachant que je connais pas mal la programmation (programmes, scripts), je me demandais si je ne ferais pas mieux de faire des études de biologie et à côté (ou une fois un travail trouvé) de progresser par moi-même en informatique (ou faire des formations) ?

si tu pense que tu as le niveau p-e je ne sais pas oui mais tu risque de te faire piquer ta place par des diplômer qui on 'bioinformaticien' sur leur diplôme, et de plus ce n'est pas que du scripting, un bioinformaticien se doit de connaitre les outils informatiques de base du biologiste tel que les blast, les clustalW etc. mais il doit aussi etre capable de faire des statistique sur GROSSE base de donné : le DATA MINING (oui l'image d'un MINEUR dans une mine de donnée !!)

(enfin moi j'epere qu'on m'en demanderas pas trop car je déteste ça !)


Ps : je bosse en stage à L'INRA

[stoyak]

une phrase d'un de mes prof de protéomique :
- "c'est hallucinant on vois environ 100 CV pour 1 poste en biotechnologie !"
- "et pour la bioinformatique c'est l'inverse ?" (un élève)
- "humm à peu de chose près oui !" (le prof)

donc je ne sais pas si la demande est aussi forte que l'as dit mon prof mais je sais que le secteur de la biotcheno à l'aire d'être boucher ...

la demande va à mon sense se développer de plus en plus avec le temps, car on as de plus en plus besoin des bioinformaticiens

J'ai bien peur que ton prof soit en retard d'une guerre .... En effet, les beaux jours de la bioinformatique, c'était les années 2000. Depuis, il y a eu pléthore de formations qui se sont ouvertes. Sauf que ces étudiants ont eu beaucoup de mal à se placer. C'est sûr, au début, on peut toujours avoir des CDD qui se succèdent, dans les bonnes périodes d'ANR. Mais 2 ou 3 contrats comme ça, ça lasse assez vite.
Et les CDI sont très très rares.

- "c'est hallucinant on vois environ 100 CV pour 1 poste en biotechnologie !"

Pareil pour la bioinfo (tout ce qui touche à la bio je dirais ...). Pour le poste que j'occupais précédemment, le jury (!) qui s'occupait du recrutement d'un bioinformaticien (un CDD) a eu la désagréable surprise de recevoir plus de 150 CV.

Surfe sur différents sites de Masters de bioinfo et cherche ce que sont devenus les anciens.

Un post a déjà été créé sur ce sujet .....

[Jasmine80]

Bonjour,

Pour répondre à tes questions

J'ai l'impression que y'a pas énormément de chose à faire en bioinformatique, parce que réaliser des programmes (ou scripts) qui permettent de connecter les programmes ensembles (pour prendre un exemple) et bien ça dure qu'un temps, non ? Après on réutilise les mêmes ... ?!

Les applications peuvent varier et il faut savoir utiliser les programmes écrits. Je dois créer une DB MySQL et y charger des informations de GenBank. Ce que je dois récupérer comme données peut varier de plus une fois créée il faut gérer et mettre à jour la DB. Dans mon labo on travaille sur énormément de choses en parallèle. Je suis entrain de regarder le module ABI qui permet d’analyser des chromatogrammes, ce que je veux dire c’est qu’il y a toujours quelque chose de nouveau à me faire faire.

En fait, je me demande ce que peut faire un bioinformaticien à longueur de jour ? [mais bon, je sais pas trop comment fontionne un projet de recherche, donc c'est peut-être aussi pour ça]

Parfois je passe plusieurs jours sur le même programme, je réalise des études biostatistiques, j’ai dû expliquer au reste du labo comme fonctionne BLAST et comment régler les différents paramètres, je dois comparer plusieurs logiciels prédisant les sites d’épissages… Mon chef me met sur un nouveau projet sur lequel personne ne travaille, ou ce sont mes collègues qui viennent me demander si l’informatique ne peut pas alléger leur travail, j’aide un doctorant à faire un test statistique … mes journées sont donc très variables.

Parce que comme ça, ça ressemble un peu à du "travail à la chaine", enfin pas exactement mais j'ai l'impression qu'on est complètement dépendant des biologistes (c'est eux qui décident et ils viennent te voir s'il ont besoin d'info) ... donc toi t'utilises toujours les mêmes logiciels pour répondre à leur demande ... ?! [je dit 'te' mais c'est du général hein ...]

Non, ce n’est pas du général, car je ne peux te parler que de mon expérience. C’est mon premier emploi, je n’ai donc pas une vue générale de la question. Je dépends souvent de quelqu’un car je crée des applications. La bioinformatique sert à aider les autres personnes du labo. Dans l’entreprise où j’ai fait mon stage de fin d’études, ils créaient des logiciels, des bases de données pour des clients. Si tu veux être indépendant, tu dois faire le travail du début à la fin, faire du labo afin de récolter les données biologiques puis utiliser la bioinformatique afin de les analyser et la partie pratique prend énormément plus de temps en général. Je pense que dans quasi tous les laboratoires nous dépendons les uns des autres. Dans mon labo, une personne maitrise le séquençage, une autre la machine à PCR en temps réel Taqman, un autre les procédés d’extraction d’ADN, une autre la culture cellulaire … nous utilisons tous ces techniques mais nous devons souvent demander des conseils aux « experts ». Dans un domaine si vaste que la recherche en biologie moléculaire, on ne peut pas tout maîtriser et la collaboration est nécessaire.
Les logiciels utilisés varient, certains peuvent être mis aux oubliettes et d’autres arriver sur le circuit. Ici, nous utilisons le séquenceur ABI de Applied Biosystems mais peut-être que dans 5 ans nous en utiliserons un autre. Comme l’a dit CKLN00 les logiciels varient et évoluent énormément. L’informatique et la biologie sont deux domaines qui ne cessent d’évoluer rapidement.

En parlant d'intermédiaire entre biologistes et informaticiens, j'entendais par là le fait de faire comme dans les banques par exemple, où une personne de la banque (connaissant un peu l'info) va dans une entreprise d'info et comminiquer avec quelqu'un qui connait un peu la banque pour réaliser des programmes ... est-ce qu'un bioinformaticien peut faire ça ? Ou est-ce un autre métier (ça m'intéresse) [dans la vulgarisation scientifique peut-être] ?

J’ai du mal à comprendre la question, tu veux dire qu’un bioinformaticien irait dans une boîte d’informatique afin d’être aider pour créer un logiciel pour sa boîte ?
C’est plus souvent des formations et des séminaires. J’ai été 3 jours à Paris afin d’apprendre le MLVA (Multiple Loci VNTR Analysis), 2 jours à Gand (Belgique) afin d’apprendre à utiliser le logiciel BioNumerics. Cela te permet également de rencontrer d'autres personnes assistant aux formations et d'avoir des discussions intéressantes avec eux. Maintenant, une collaboration avec une société extérieure est également envisageable. J'ai dû travailler avec un bioinformaticien de Paris sur un programme prédisant des amorces spéciales et sur des manipulation de labo afin de les tester. Son entreprise avait un projet en collaboration avec la mienne.

Et sinon, apparemment faut travailler dans les petites structures pour pouvoir faire autre chose qu'uniquement de l'informatique ... ce qui m'intéresse c'est de pas toujours faire la meme chose (mais bon, là je rêve peut-être un peu, ça reste un travail).

C’est l’impression que j’ai, mais n'ayant jamais travaillé dans une grosse société, mon avis est peut-être faux.


J'espère que cela va t'aider pour ton orientation,

[JeromeBcx]

Je me permets d'ajouter ma petite expérience...

Je suis ingénieur développeur informatique avec une formation traitement de l'information... Les aléas de carrière m'ont fait arriver dans une boîte spécialisée en bioinformatique.
Dans l'équipe (en fait je devrais dire le duo), pour schématiser, un scientifique et un programmeur. L'un est l'autre ne connaisse pas grand chose au contraintes de l'autres (en terme métier).
Mais, à force de dialogue, nous arrivons à trouver des analogies et un niveau de compréhension de manière à créer des progiciels.
ce contexte m'amène donc à ma remarque : un bioinformaticien, avec cette double compétence, est plus à l'aise pour comprendre les deux facettes du métier. Néanmoins, les softs développés par des bioinformaticiens manquent en général de professionnalisme (ne voyez là aucune critique négative) et il faut souvent quelques remaniements de code pour pouvoir commercialiser les logiciels.

Je pense donc qu'un travail collaboratif Informaticien, Bioinformaticien et scientifique peut amener que du bon sur un projet bioinformatique. Avec sa double casquette, le bioinformaticien est à même de comprendre les problématiques des deux entités. En poursuivant le résonnement, on peut donc envisager qu'un tel profil soir adapté à la gestion de projets en bioinformatique.

L'expérience de Jasmine80 se situe dans un labo (si je ne m'abuse), les contraintes en entreprises sont un peu différentes et un bioinformaticien seul ne pourra, je pense suffire à la création de logiciels commercialisables, sauf s'il évolue et pousse sa formation en développement informatique, mais du coup au détriment de sa compétence en biologie...

[Jasmine80]

L'expérience de Jasmine80 se situe dans un labo (si je ne m'abuse), les contraintes en entreprises sont un peu différentes et un bioinformaticien seul ne pourra, je pense suffire à la création de logiciels commercialisables, sauf s'il évolue et pousse sa formation en développement informatique, mais du coup au détriment de sa compétence en biologie...

Le laboratoire où je suis fait de la recherche expérimentale et travaille en collaboration avec un hôpitale et une université et se trouve d'ailleurs sur un site commun. Notre équipe est mixte, certains dépendent des facs, d'autres de l'hôpital et enfin certains travaillent pour la défense nationale. Nous ne cherchons pas à commercialiser des softwares mais juste à utiliser la bioinformatique pour alléger nos recherches. Nous obtenons des financements extérieures pour des projets d'études et la seule chose que nous commercialisons sont des demandes de médecins afin d'effectuer des analyses cliniques au sein du labo.
Je suis encore dans un milieu universitaire avec une ambiance détendue et sans trop de tire dans les pattes, où le point mis en avant est la découverte. Je n'ai aucune expérience en entreprise mais l'athmosphère doit y être plus tendue vu que la priorité est le profit.

[JeromeBcx]

Le laboratoire où je suis fait de la recherche expérimentale et travaille en collaboration avec un hôpitale et une université et se trouve d'ailleurs sur un site commun. Notre équipe est mixte, certains dépendent des facs, d'autres de l'hôpital et enfin certains travaillent pour la défense nationale. Nous ne cherchons pas à commercialiser des softwares mais juste à utiliser la bioinformatique pour alléger nos recherches. Nous obtenons des financements extérieures pour des projets d'études et la seule chose que nous commercialisons sont des demandes de médecins afin d'effectuer des analyses cliniques au sein du labo.
Je suis encore dans un milieu universitaire avec une ambiance détendue et sans trop de tire dans les pattes, où le point mis en avant est la découverte. Je n'ai aucune expérience en entreprise mais l'athmosphère doit y être plus tendue vu que la priorité est le profit.

Effectivement, pour avoir travaillé dans les deux secteurs, les pressions ne sont pas les mêmes, mais je tiens tout de même à préciser que ce n'est pas pour autant que travailler dans le monde de la recherche est synonyme de tranquilité... C'est juste que les intérêts sont différents.
Je voulais présenter à 4Ur3L l'expérience que j'ai dans le domaine de la bioinformatique dans le monde de l'entreprise, c'est un challenge de tous les jours, et la différence majeure que je peux citer par rapport à un laboratoire (vis à vis du travail du bioinformaticien), c'est que dans une société, le but des applications développées sont souvent la commercialisation, il faut donc intégrer une part d'industrialisation dans les softs, alors que dans les labos, les applications développées sont le plus souvent utilisés en interne sous forme d'outils. Mais suivant le domaine d'activité des laboratoires, certains développent des projets (dans le domaine du libre) pour être exploité par toute la communauté, et là, il faut pouvoir fournir une application aboutie pour être utilisé par tout le monde.
Tout cela pour dire que le métier de Bioinformaticien dépend de l'environnement de travail.

[4Ur3L]

Merci à tous pour vos informations.

C'est vrai qu'il doit y avoir une différence assez importante entre un bioinformaticien qui travaille dans une entreprise et un qui travaille dans un laboratoire..... faudra que je teste les deux (si j'ai la possibilité)

Sinon, j'ai réussis à obtenir un stage en alternance avec la L3 dans le domaine de la génomique/bioinformatique ... dans un labo.
Donc je verrais un peu mieux ce que peux faire un bioinformaticien.


Encore merci, et s'il y a d'autres personnes qui veulent poster leur expériences, je prends ...

[Erenthil]

Bonjour,

Je suis actuellement la dernière année du Master Professionnel de BioInformatique et BioStatistiques d'Orsay.

J'ai bien peur que ton prof soit en retard d'une guerre .... En effet, les beaux jours de la bioinformatique, c'était les années 2000. Depuis, il y a eu pléthore de formations qui se sont ouvertes. Sauf que ces étudiants ont eu beaucoup de mal à se placer. C'est sûr, au début, on peut toujours avoir des CDD qui se succèdent, dans les bonnes périodes d'ANR. Mais 2 ou 3 contrats comme ça, ça lasse assez vite.
Et les CDI sont très très rares.

Je ne suis pas complètement d'accord avec stoyak.
Dans le domaine publique (où j'ai travaillé environ 1 an), il est vrai qu'il est difficile de trouver un poste, que ce soit une thèse (mais toujours beaucoup plus facile que dans la biologie pure), un cdd (suite à un appel d'offre, et c'est toujours plus facile que dans la biologie pure) ou un cdi (via un concours INRA ou CNRS).
Dans le domaine privé, il est beaucoup plus facile de trouver un travail que ce soit un CDD ou un CDI. Personnellement, je suis actuellement en stage de 6 mois dans une société privée et j'ai obtenu à cdi pour la suite après moins de 3 mois de stage et pour un salaire plus que correct. Pour avoir quelques chiffres sur l'embauche après un diplome en bioinformatique, tu peux aller sur le site de ma filière à cette adresse ou bien venir poser des questions sur notre forum.

Enfin, pour rester au courant de l'embauche, je te conseille de t'abonner à la mailing list de la Société Française de BioInformatique à cette adresse qui diffusent des offres d'emploi, des invitations à des séminaires/conférences, thèses, etc.

[CKLN00]

même si je ne suis pas celui qui as ouvert ce topic Merci pour toute ces informations bien utiles (j'avais dans l'idée de bientôt faire un topic semblable)
mais aussi merci à 4Ur3L d'avoir poser toute ces question


et ...

s'il y a d'autres personnes qui veulent poster leur expériences

+1 !

[Erenthil]

Si quelqu'un d'autre a besoin d'autres renseignements, n'hésitez pas à demander sur ce forum ou sur celui cité au-dessus.

[evazal]

Bonsoir à tous !

Je suis étudiant en 2ème année de licence de Biologie-Biochimie, et je souhaiterais faire un master en bioinformatique (master 1 et 2) ...

Seulement je ne saisis pas quel peut être le travail d'un bioinformaticien, et j'aimerais mieux savoir avant de me lancer.

Je vous pose donc ces quelques questions pour m'aider à y voir plus clair.

On voit (Internet, BU, plaquette de programmes, ...) qu'un bioinformaticien :
- développe des programmes dans le but d'être utilisés en biologie :
> Y a-t-il autant de programmes que ça à réaliser en biologie, ne sont-ils pas déjà existants ?
> Est-ce que c'est pas le rôle d'informaticiens ?
> Est-ce que les programmes nécessaires ne sont pas trop compliqués pour être créés par des bioinformaticiens (et non des informaticiens), comme les projets de modélisation (protéique par exemple, comme les structures 3D) ?
> Ou est-ce que le rôle d'un bioinformaticien est d'être un intermédiaire entre une équipe de biologistes et une équipe d'informaticiens, pour confectionner un programme ?
> Est-ce qu'un bioinformaticien est quelqu'un qui ne fait que coder des lignes de programmation (s'il développe un programme), et qui a des connaissances en biologie simplement pour comprendre les problèmes posés ?
> Donc finalement, ne fait-il pas plus d'informatique que de biologie ?

- analyse des données (bases de données, ...) :
> En quoi consiste ces analyses par exemple ?
> Ne fait-il pas, la majorité du temps, que d'utiliser des programmes déjà existants ? [rejoint la première question]
> Est-ce que le bioinformaticien ne fait qu'extraire les données d'une séquence (ou autre chose) et les communiquer à un biologiste lorsque celui-ci le demande ?
> Ou prend-il part à un projet de recherche en participant à l'interprétation des données, à l'analyse des résulats expérimentaux (je ne sais pas comment est conduit un projet de recherche) ?

- ne touche pas aux expérimentations de paillasse :
> est-ce qu'un bioinformaticien reste toujours devant son ordinateur ?
> est-il dans un bureau, ou dans la partie laboratoire/expériences à travailler avec le groupe de recherche par exemple ?
> ne fait-il vraiment aucune manipulation (élctrophorèse ou autre) ?

- est un plus pour l'entreprise/laboratoire :
> Est-ce vraiment vrai ? Pourquoi ?
> Je pose la question car un de nos profs/chercheurs (voir plusieurs) de biologie cellulaire nous disent qu'ils ont retirés telle information en analysant telle séquence par bioinformatique .... donc est-ce que la partie analyse de données ne peut pas être faite par un simple biologiste qui a simplement a utiliser les outils disponibles ?


Dernière petite chose, est-ce que vous pouriez décrire le travail que vous effectuez, ou que vous avez effectué, pour que j'ai quelques exemples ?!


Voilà, je sais que ça fait beaucoup de questions ... et j'suis sûr que j'en ai encore d'autres qui ne me viennent plus ... mais ce serait sympa si vous répondiez !

Merci beaucoup d'avance

[EDIT : questions supplémentaires]
- Quel peut être l'évolution de carrière d'un bioinformaticien ?
- Quel est la demande de bioinformaticiens en France et dans les pays étranger ? Quel est (et sera) l'évolution de cette demande d'après vous ? Et quel secteur recrute le plus (et le moins) entre la bioinformatique, la biotechnologie, et la biochimie (2 autres domaines qui m'intéressent) ?
- Quel est, selon vous, la différence entre la bioinformatique et l'informatique appliqué à la biologie (sur certains documents/livres, ils posent une différence ... que je comprend pas trop) ?