Discussion :

[zeinab ali]

bonjour
je crée un réseau maillé constitué de 7 routeurs maillés et 3 passerelles
un routeur maillé est représenté par 0 et une passerelle est représenté par 1
donc ce réseau est représenté par un tableau de 10 cases dont 7 cases sont des zeros et trois sont des uns.
Moi,ma problème est d'extraire une matrice de distance entre ces trois passerelles et les différents nœuds de réseau à partir de la matrice de coût de ce réseau
s'il vous plait pouvez vous me donner une idée de faire ça
Merci d'avance
cordialement

[zeinab ali]

bonjour
je développe ce code pour atteindre mon but

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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def get_matrix(self):
                path_length=nx.all_pairs_shortest_path_length(self.G)
                n = len(self.G.nodes())
                distances=np.zeros((n,n))
                for u,p in path_length.iteritems():
                        for v,d in p.iteritems():
                                distances[int(u)][int(v)] = d
                return distances
        def get_distance(self):
                d=self.get_matrix()
               # n=np.shape(d)
                m=np.zeros(10,4)
                a=self.get_random()
                for i in range(a):
                        if (a[i]==1):
                                m=d[:,i]
                return m

la première fonction sert bien sur à trouver la matrice de cout de graphe
je développe la deuxiéme fonction pour trouver un nouvelle matrice m qui contient les distances entre les différents de noeuds de graphe et les 4 passerelles dans le graphe qui sont représentés par des uns dans l'individu a (get_random()) mais j'obtiens au niveau cet ligne m=np.zeros(10,4) cet erreur
"data type not understood"
Merci d'avance

[dividee]

L'argument de np.zeros doit être la forme (shape) de la matrice, c'est-à-dire un tuple. Donc ce n'est pas np.zeros(10,4) mais np.zeros((10,4)).
Mais je ne sais pas pourquoi 4 alors que tu as dit que tu avais 3 passerelles...

Et puis tu écrases m dans ta boucle, ce qui n'est pas ce que tu veux.
Si je comprends bien tu veux seulement sélectionner les colonnes de ta matrice pour lesquelles la valeur de a est 1.
Si tu convertis a en tableau de booléens (ou encore mieux, si tu fais en sorte que get_random renvoie un tableau de booléens), tu peux l'utiliser directement pour indexer ta matrice, sans faire de boucle:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

m = d[:,np.asarray(a, dtype=bool)]

[zeinab ali]

L'argument de np.zeros doit être la forme (shape) de la matrice, c'est-à-dire un tuple. Donc ce n'est pas np.zeros(10,4) mais np.zeros((10,4)).
Mais je ne sais pas pourquoi 4 alors que tu as dit que tu avais 3 passerelles...

Et puis tu écrases m dans ta boucle, ce qui n'est pas ce que tu veux.
Si je comprends bien tu veux seulement sélectionner les colonnes de ta matrice pour lesquelles la valeur de a est 1.
Si tu convertis a en tableau de booléens (ou encore mieux, si tu fais en sorte que get_random renvoie un tableau de booléens), tu peux l'utiliser directement pour indexer ta matrice, sans faire de boucle:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

m = d[:,np.asarray(a, dtype=bool)]

Desolé ,j'ai pas compris votre réponse merci d'expliquer encore fois
ok je corrige cette ligne np.zeros(10,4)
mais j'ai pas compris cette phrase:Et puis tu écrases m dans ta boucle
la fonction get_random rend une liste remplis par des zeros et 4 uns placés aléatoirement:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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def get_random (self):
            self.genes=np.zeros(self.nombre_genes)
            for i in range(4):
                j=random.randint(0,(self.nombre_genes-1))
                self.genes[j]=1
            return self.genes

Merci beaucoup d'avance de votre explication

[zeinab ali]

[QUOTE=zeinab ali;8716654]
bonjour
je vais détailler ma problème ,s'il vous plait pouvez vous m'aider car je sais pas pourquoi mon code ne marche pas.
En fait,moi je veux implémenter un algorithme génétique pour faire une optimisation de placement des passerelles dans un réseau maillé.
un individu est représenté par une liste des 10 cases dont 7 cases sont des zéros(les routeurs maillés) et quatre uns (les passerelles) placées aléatoirement.la fonction suivante permet de faire ca se trouve dans le fichier algo_gen.py.

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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def get_random (self):
            self.genes=np.zeros(self.nombre_genes)
            for i in range(4):
                j=random.randint(0,(self.nombre_genes-1))
                self.genes[j]=1
            return self.genes

je crée un autre fichier topology .py ou se trouve le code pour créer le réseau et aussi une fonction pour calculer la matrice coût suivante:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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def get_matrix(self):
                path_length=nx.all_pairs_shortest_path_length(self.G)
                n = len(self.G.nodes())
                distances=np.zeros((n,n))
                for u,p in path_length.iteritems():
                        for v,d in p.iteritems():
                                distances[int(u)][int(v)] = d

Donc ,mon objectif maintenant est d'extraire une matrice de distances entre les quatre passerelles et les différents des noeuds donc (4 colonnes de matrice de cout et tous les lignes)mais ces quatre colonnes ne sont pas arbitraires,ils sont seulement les indices qui ont les valeurs des uns dans la liste (c'est à dire qui représente l'individu).voici ce code que je développe pour faire ça et je le mets dans le fichier topology.py

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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def get_distance(self,individu):
                d=self.get_matrix()
                m=np.zeros((10,4))
                l=[]
                for i in range(len(individu)):
                        if (individu[i]==1):
                                l.append(i)
                m=d[:,l[0]:l[len(l)-1]+1]                
                return m

Maintenant ,je mets dans le programme principale le code suivant:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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sink = 0
	topo = Topology(options.inputTopo, options.outputTopo, sink)
	topo.generateTopNodeDegree(options.n_,options.d_)
	topo.draw()
	topo.getEdges()
	print topo.get_matrix()
	a=algo_gen.individu(10)
	b=a.get_random()
	print b
	print topo.get_distance(b)

mais malheureusement ,je n'obtiens pas la matrice que je veux (autre résultat)
en piéce-jointe,le résultat obtenu
Merci d'avance.

[zeinab ali]

[QUOTE=zeinab ali;8717049]

bonjour
je vais détailler ma problème ,s'il vous plait pouvez vous m'aider car je sais pas pourquoi mon code ne marche pas.
En fait,moi je veux implémenter un algorithme génétique pour faire une optimisation de placement des passerelles dans un réseau maillé.
un individu est représenté par une liste des 10 cases dont 7 cases sont des zéros(les routeurs maillés) et quatre uns (les passerelles) placées aléatoirement.la fonction suivante permet de faire ca se trouve dans le fichier algo_gen.py.

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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def get_random (self):
            self.genes=np.zeros(self.nombre_genes)
            for i in range(4):
                j=random.randint(0,(self.nombre_genes-1))
                self.genes[j]=1
            return self.genes

je crée un autre fichier topology .py ou se trouve le code pour créer le réseau et aussi une fonction pour calculer la matrice coût suivante:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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def get_matrix(self):
                path_length=nx.all_pairs_shortest_path_length(self.G)
                n = len(self.G.nodes())
                distances=np.zeros((n,n))
                for u,p in path_length.iteritems():
                        for v,d in p.iteritems():
                                distances[int(u)][int(v)] = d

Donc ,mon objectif maintenant est d'extraire une matrice de distances entre les quatre passerelles et les différents des noeuds donc (4 colonnes de matrice de cout et tous les lignes)mais ces quatre colonnes ne sont pas arbitraires,ils sont seulement les indices qui ont les valeurs des uns dans la liste (c'est à dire qui représente l'individu).voici ce code que je développe pour faire ça et je le mets dans le fichier topology.py

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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def get_distance(self,individu):
                d=self.get_matrix()
                m=np.zeros((10,4))
                l=[]
                for i in range(len(individu)):
                        if (individu[i]==1):
                                l.append(i)
                m=d[:,l[0]:l[len(l)-1]+1]                
                return m

Maintenant ,je mets dans le programme principale le code suivant:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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sink = 0
	topo = Topology(options.inputTopo, options.outputTopo, sink)
	topo.generateTopNodeDegree(options.n_,options.d_)
	topo.draw()
	topo.getEdges()
	print topo.get_matrix()
	a=algo_gen.individu(10)
	b=a.get_random()
	print b
	print topo.get_distance(b)

mais malheureusement ,je n'obtiens pas la matrice que je veux (autre résultat)
en piéce-jointe,le résultat obtenu
Merci d'avance.

s'il vous plait,j'ai besoin de réponse urgent Qui peut me répondre
Merci

[nekcorp]

L'argument de np.zeros doit être la forme (shape) de la matrice, c'est-à-dire un tuple. Donc ce n'est pas np.zeros(10,4) mais np.zeros((10,4)).
Mais je ne sais pas pourquoi 4 alors que tu as dit que tu avais 3 passerelles...

Et puis tu écrases m dans ta boucle, ce qui n'est pas ce que tu veux.
Si je comprends bien tu veux seulement sélectionner les colonnes de ta matrice pour lesquelles la valeur de a est 1.
Si tu convertis a en tableau de booléens (ou encore mieux, si tu fais en sorte que get_random renvoie un tableau de booléens), tu peux l'utiliser directement pour indexer ta matrice, sans faire de boucle:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

m = d[:,np.asarray(a, dtype=bool)]

Salut,

Je ni connais pas grand chose en génétique mais si j'ai bien compris ton problème et si t'avais relus plusieurs fois les indications de dividee tu aurai peut être compris ce qui cloche dans ton code.

Alors dividee suggère que si get_random renvoie un tableau de booléens alors il sera plus facile de sélectionner les colonnes de la matrice que tu veux construire sans passer par une boucle for, surtout que dans ta boucle tu écrase à chaque passage la matrice m (écraser signifie que tu réinitialises ta matrice à chaque fois) . On parle de cette partie de ton code :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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for i in range(a):
        if (a[i]==1):
                m=d[:,i]

Alors déjà si tu ne sais pas ce que c'est un tableau de booléens je te donne ce lien : booleens

Donc si tu t'arranges pour que a soit un tableau de booléens alors il te sera possible de changer cette partie de ton code :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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 for i in range(a):
                        if (a[i]==1):
                                m=d[:,i]

par :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
 
m = d[:,np.asarray(a, dtype=bool)]

En espérant avoir pu t'aider.

[zeinab ali]

Salut,

Je ni connais pas grand chose en génétique mais si j'ai bien compris ton problème et si t'avais relus plusieurs fois les indications de dividee tu aurai peut être compris ce qui cloche dans ton code.

Alors dividee suggère que si get_random renvoie un tableau de booléens alors il sera plus facile de sélectionner les colonnes de la matrice que tu veux construire sans passer par une boucle for, surtout que dans ta boucle tu écrase à chaque passage la matrice m (écraser signifie que tu réinitialises ta matrice à chaque fois) . On parle de cette partie de ton code :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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for i in range(a):
        if (a[i]==1):
                m=d[:,i]

Alors déjà si tu ne sais pas ce que c'est un tableau de booléens je te donne ce lien : booleens

Donc si tu t'arranges pour que a soit un tableau de booléens alors il te sera possible de changer cette partie de ton code :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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 for i in range(a):
                        if (a[i]==1):
                                m=d[:,i]

par :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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m = d[:,np.asarray(a, dtype=bool)]

En espérant avoir pu t'aider.

Merci pour la réponse.
Mais ,moi je peux pas modifier le tableau a en un tableau booléen car ce tableau doit être une chaîne des caractères remplis par des zeros et des uns placées aléatoirement.
Aussi,moi si j'ai déja remplacé cet code :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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for i in range(a):
        if (a[i]==1):
                m=d[:,i]

par cet code que je le trouve plus adéquat à ma probléme

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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def get_distance(self,individu):
                d=self.get_matrix()
                m=np.zeros((10,4))
                l=[]
                for i in range(len(individu)):
                        if (individu[i]==1):
                                l.append(i)
                m=d[:,l[0]:l[len(l)-1]+1]                
                return m

Merci d'avance de votre aide

[nekcorp]

Mais ,moi je peux pas modifier le tableau a en un tableau booléen car ce tableau doit être une chaîne des caractères remplis par des zeros et des uns placées aléatoirement.

Rien en t'empêches de créer un second tableau de booléens à partir de a, tu ne change pas a et tu te sers de ce tableau intermédiaire.

[zeinab ali]

Rien en t'empêches de créer un second tableau de booléens à partir de a, tu ne change pas a et tu te sers de ce tableau intermédiaire.

merci mais comment!!

[nekcorp]

J'ai essayé de faire tourner ton code mais il me dit qu'il manque Topology donc si tu peux envoyer tout ton code.

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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topo = Topology(options.inputTopo, options.outputTopo, sink)
NameError: name 'Topology' is not defined

Et aussi est ce que tu sais quelle matrice tu veux obtenir (vue que celle que tu obtiens n'est pas la bonne) car moi j'y connais rien dans ta spécialité du coup je sais pas trop comment interpréter les résultats.

[dividee]

merci mais comment!!

Il faut essayer de comprendre le code qui est donné:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

np.asarray(a, dtype=bool)]

C'est ça qui converti le tableau a en tableau de booléens.
Donc

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

m = d[:,np.asarray(a, dtype=bool)]

fonctionne avec le tableau a tel qu'il est défini maintenant.
Si get_random() renvoyait un tableau de booléens, on pourrait écrire simplement

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

 m = d[:,a]

Je voulais juste mettre ça en évidence, mais ce n'est pas bien passé apparemment.

Sinon, attention, la fonction get_random() tel quel postée plus haut renverra entre une et quatre "passerelles" (valeurs à 1), je ne suis pas sûr que ce soit volontaire...

[zeinab ali]

Il faut essayer de comprendre le code qui est donné:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

np.asarray(a, dtype=bool)]

C'est ça qui converti le tableau a en tableau de booléens.
Donc

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

m = d[:,np.asarray(a, dtype=bool)]

fonctionne avec le tableau a tel qu'il est défini maintenant.
Si get_random() renvoyait un tableau de booléens, on pourrait écrire simplement

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

 m = d[:,a]

Je voulais juste mettre ça en évidence, mais ce n'est pas bien passé apparemment.

Sinon, attention, la fonction get_random() tel quel postée plus haut renverra entre une et quatre "passerelles" (valeurs à 1), je ne suis pas sûr que ce soit volontaire...

Merci beaucoup à vos réponses dividee et nekcrop
j'ai obtenu enfin la matrice voulu avec le tabeau des booléens .
mais ma fonction get_random() parfois renvoit 3 passerelles(valeurs à 1) et parfois 4 malgré j'ai fait

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

 for i in range(4)

Merci encore fois

[zeinab ali]

J'ai essayé de faire tourner ton code mais il me dit qu'il manque Topology donc si tu peux envoyer tout ton code.

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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topo = Topology(options.inputTopo, options.outputTopo, sink)
NameError: name 'Topology' is not defined

Et aussi est ce que tu sais quelle matrice tu veux obtenir (vue que celle que tu obtiens n'est pas la bonne) car moi j'y connais rien dans ta spécialité du coup je sais pas trop comment interpréter les résultats.

Merci beaucoup,j'ai obtenu en fin la matrice voulu

[dividee]

Merci beaucoup à vos réponses dividee et nekcrop
j'ai obtenu enfin la matrice voulu avec le tabeau des booléens .
mais ma fonction get_random() parfois renvoit 3 passerelles(valeurs à 1) et parfois 4 malgré j'ai fait

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

 for i in range(4)

Merci encore fois

Oui c'est ce que je disais. Elle peut même ne te renvoyer qu'une seule passerelle, même si ce sera très rare.

Tu choisis quatre fois aléatoirement une passerelle, mais il est possible que la même passerelle soit choisie plusieurs fois, tu devrais vérifier que le même routeur n'est pas choisi plusieurs fois.

[zeinab ali]

Oui c'est ce que je disais. Elle peut même ne te renvoyer qu'une seule passerelle, même si ce sera très rare.

Tu choisis quatre fois aléatoirement une passerelle, mais il est possible que la même passerelle soit choisie plusieurs fois, tu devrais vérifier que le même routeur n'est pas choisi plusieurs fois.

Merci Dividee pour votre réponse.
mais j'ai pas compris ce que vous voulez dire.
en fait ,le réseau que j'ai crée reste un programme et n'est pas modélisé par des routeurs et des passerelles réelles
s'il vous plait,comment je peux modifier le fonction de get_random pour obtenir exactement 4 passerelles .
merci d'avance pour votre temps que vous consacrez à me répondre
Desolé ,je suis débutant en python

[dividee]

s'il vous plait,comment je peux modifier le fonction de get_random pour obtenir exactement 4 passerelles .
merci d'avance pour votre temps que vous consacrez à me répondre

Pour faire simple:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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def get_random (self):
    self.genes=np.zeros(self.nombre_genes)
    for i in range(4):
        while True:
            j=random.randint(0,(self.nombre_genes-1))
            if self.genes[j] == 0: break
        self.genes[j]=1
    return self.genes

[zeinab ali]

Pour faire simple:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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8
def get_random (self):
    self.genes=np.zeros(self.nombre_genes)
    for i in range(4):
        while True:
            j=random.randint(0,(self.nombre_genes-1))
            if self.genes[j] == 0: break
        self.genes[j]=1
    return self.genes

Merci beaucoup dividee
je suis très reconnaissant à vous.