Discussion :

[missipsa01]

Bonjour à toutes et à tous,
Je vous remercie de porter attention à ma présente problématique concernant l'utilisation de glmmADMB avec un modèle de Hurdle, car je n'ai jusqu'à présent pas encore trouvé de solution, d'autant plus que je suis nouveau dans R.
J'essaie d'analyser des données comportementales contenant un nombre d'essais dits ab. (design expérimental à mesures répétées. Effets fixe: Groupe et Délais; effet aléatoire l'id des sujets) (Données en pièce jointe).
Or il se trouve que différents sujets ont présenté plusieurs valeurs 0. Ce qui nécessite l'utilisation d'un Zero inflated ou d'un Hurdle model avec la fonction glmmADMB().
J'ai essayé de le faire suivant les indications de l'aide accompagnant le package de cette fonction, même si celle-ci me parait incomplète et non claire, mais je reçois des messages d'erreurs, en plus du fait que je ne sais que faire par la suite avec les deux modèles.
Voici les lignes de codes en question :

Code :

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datab$ID<-factor(datab$ID)
mod1<-glmmadmb(cbind(AB,Total-AB) ~ DELAY*GROUP+(1|ID), data = subset(datab, AB > 0), family = "truncnbinom1")
datab$nz <- as.numeric(datab$AB > 0)
mod2<-glmmadmb(nz ~ DELAY*GROUP+(1|ID), data = datab, family = "binomial")

Le message d'erreur :

Code :

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[1] AVIS: Warning in eval(expr, envir, enclos) :
sd.est not defined for this family
[2] ERREUR:
The function maximizer failed (couldn't find parameter file) Troubleshooting steps include (1) run with
'save.dir' set and inspect output files; (2) change run parameters

Qu'en pensez-vous ?
J'espère de tout cœur trouver de l'aide dans ce forum.
Je vous remercie d'avance.

Missipsa

[juliatheric]

Bonjour,

[...] Or il se trouve que différents sujets ont présenté plusieurs valeurs 0. [...]
J'ai essayé de le faire suivant les indications de l'aide accompagnant le package de cette fonction, même si celle-ci me parait incomplète et non claire [...]

Je vous propose de suivre cette URL et l'intervention d'un co-auteur du paquet. La discussion constitue à la fois un exemple détaillé de comment utiliser la fonction et un cas d'erreur similaire à celle que vous avez rencontrée.

De façon générale, pour ce genre de modèles, ça en vaut la peine

1. de travailler sur des données centrées et réduites ;
2. de modifier les paramètres par défaut, i.e. suivre la recommendation du message d'erreur: "(2) change run parameters". Voir à cet effet l'argument extra.args et ce document.

Pour compléter sur le supposé manque de documentation, voir aussi cette page et celle-ci. Grosso modo, si vous voulez exploiter le minimum d'AMDB, manipuler les paramètres et arguments proposés dans le code R feront l'affaire. Par contre, si vous souhaitez aller plus loin, regarder l'API écrite en C++ deviendra un choix incontournable (pour le meilleur ou pour le pire, suivant que programmer en C++ est une chose familière ou non).

Cela dit, j'indique ça rapidement, je n'ai pas vraiment examiné en profondeur l'erreur car n'ai pas ré-installé tout l'environnement autour d'AMDB ; il y a une ancienne installation qui mijote dans une des dizaines de machines virtuelles à ma disposition mais je n'ai pas (encore ?) eu le temps et le courage d'aller la débusquer.

Si ce fil attire l'attention de faubry, je suis convaincu que ce dernier vous proposera des solutions plus pertinentes que ce que je pourrais donner.

Notes aux personnes découvrant ADMB et pour mémoire

• Le binding en R n'est pas présenté sur le CRAN, mais plutôt sur R-Forge.
• L'URL du site web où les récentes actualités du projet sont publiées est celle-ci.