Discussion :

[User]

Bonsoir à tous,

Je connais peu le langage Perl et sa notation et j'aurais souhaité une petite aide pour rédiger un script tout simple consistant à lire un fichier texte (input.txt) placé dans le dossier courant du script Perl que je souhaite exécuter.

Par avance merci pour votre aide,
Bonne soirée,
Cdlt,
User

[Lolo78]

Hum, lire un fichier texte et ne rien faire avec, je ne vois pas trop l'utilité. Mais, bon...

Un exemple:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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my $infile = "input.txt";
open my $IN "<", $infile or die "Ouverture impossible de $infile $!";
while (my $line = <$IN>) {
    chomp $line; # enlever le caractère de fin de ligne (si nécessaire)
    # faire quelque chose avec $line
}
close $IN;

[Philou67430]

Si le script n'est pas lancé dans le dossier où se trouve le script, l'exemple de Lolo ne fonctionnera pas.

Pour lire à coup sûr un fichier dans le dossier du script, il convient d'utiliser le module (du core) FindBin :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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use strict;
use warnings;
use FindBin;
 
my $infile = "$FindBin::Bin/input.txt";
# Suite du script inchangée

[User]

Si le script n'est pas lancé dans le dossier où se trouve le script, l'exemple de Lolo ne fonctionnera pas.

Pour lire à coup sûr un fichier dans le dossier du script, il convient d'utiliser le module (du core) FindBin :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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use strict;
use warnings;
use FindBin;
 
my $infile = "$FindBin::Bin/input.txt";
# Suite du script inchangée

Tu as mis exactement le doigt sur mon problème.
J'essayais d'exécuter le script depuis Excel, en VBA

Maintenant c'est bon

Merci à vous 2,
Cdlt,
Denis

[Philou67430]

J'essayais d'exécuter le script depuis Excel, en VBA

Amusant comme architecture distribuée... tu peux montrer un exemple du code VBA ?

[User]

Amusant comme architecture distribuée... tu peux montrer un exemple du code VBA ?

L'idée c'est de passer une séquence sur un site, pour obtenir son alignement.

Il existe des script Perl pour ça comme sur cette page, mais pas de code VBA.

Donc, j'adapte le code Perl fourni sur la page et je lance le script avec cette macro VBA.

Cdlt,

[Philou67430]

Merci, c'est intéressant.
Est-il facilement possible de passer en paramètre au script le chemin d'accès au fichier Excel (si la macro est écrite pour Excel), ou bien directement une copie du contenu d'une zone de cellule (ou de la cellule courante, ou de la sélection courante) ?

[Lolo78]

Si le script n'est pas lancé dans le dossier où se trouve le script, l'exemple de Lolo ne fonctionnera pas.

La question d'origine spécifiait:

... lire un fichier texte (input.txt) placé dans le dossier courant du script Perl que je souhaite exécuter ...

Et le titre du post également.

[Philou67430]

Oui, j'ai bien lu la même chose
Le dossier courant du script perl est pour moi le dossier où se trouve actuellement le script perl (courant pouvant être considéré comme "implicite" puisqu'un script perl est toujours dans un dossier).

[User]

Rebonjour,

Merci, c'est intéressant.
Est-il facilement possible de passer en paramètre au script le chemin d'accès au fichier Excel (si la macro est écrite pour Excel), ou bien directement une copie du contenu d'une zone de cellule (ou de la cellule courante, ou de la sélection courante) ?

Je dispose d'un fichier input.txt contenant une liste de séquences.

Et je souhaite me servir de ce script :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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#!/usr/bin/env perl
use strict;
use warnings;
use LWP::UserAgent;
use JSON;
 
#Get a new Web user agent.
my $ua = LWP::UserAgent->new;
$ua->timeout(60);
$ua->env_proxy;
#Set a new JSON end encoder/decoder
my $json = JSON->new->allow_nonref;
 
#-------------------------------------------------------------------------------
#Set up the job
 
#URL to query
my $rootUrl = "http://www.ebi.ac.uk/Tools/hmmer";
my $url = $rootUrl."/search/jackhmmer";
 
my $seq = ">2abl_A mol:protein length:163  ABL TYROSINE KINASE
MGPSENDPNLFVALYDFVASGDNTLSITKGEKLRVLGYNHNGEWCEAQTKNGQGWVPSNYITPVNSLEKHS
WYHGPVSRNAAEYLLSSGINGSFLVRESESSPGQRSISLRYEGRVYHYRINTASDGKLYVSSESRFNTLAE
LVHHHSTVADGLITTLHYPAP";
 
my %content = (
  'algo'     => 'jackhmmer',
  'seq'      => $seq,
  'seqdb'    => 'pdb',
  iterations => 5,
);
 
#-------------------------------------------------------------------------------
#Now POST the request and generate the search job.
my $response = $ua->post(
  $url,
  'content-type' => 'application/json',
  Content        => $json->encode( \%content )
);
 
if($response->status_line ne "201 Created"){
  die "Failed to create job, got:".$response->status_line;
}
 
my $job = $json->decode( $response->content );
print "Generated job UUID:".$job->{job_id}."\n";
 
#Follow the redicrection to the resouce create for the job.
my $job_location = $response->header("location");
#Now poll the server until the job has finished
$response = $ua->get( $job_location, 'Accept' => 'application/json' );
 
my $max_retry = 50;
my $count     = 1;
 
while ( $response->status_line eq '200 OK' ) {
  my $status = $json->decode( $response->content );
 
  print "Checking status ($count)......";
  if ( $status->{status} eq 'DONE' ) {
    print "Job done.\n";
    last;
  }
  elsif ( $status->{status} eq 'ERROR' ) {
    print "Job failed, exiting!\n";
    exit(1);
  }
  elsif ( $status->{status} eq 'RUN' or $status->{status} eq 'PEND' ) {
    my ($lastIteration) = $status->{result}->[-1]->{uuid} =~ /\.(\d+)/;
    print "Currently on iteration $lastIteration [$status->{status}].\n";
  }
 
  if ( $count > $max_retry ) {
    print "Jobs should have finished.....exiting\n";;
    exit(1);
  }
  #Job still running, so give it a chance to complete.
  sleep(5);
  #Check again on the job status...
  $response = $ua->get( $job_location, 'Accept' => 'application/json' );
  $count++;
}
 
#Job should have finished, but we may have converged, so get the last job.
my $results = $json->decode( $response->content );
my $lastIteration = pop( @{ $results->{result} } );
#Now fetch the results of the last iteration
my $searchResult = $ua->get( $rootUrl."/results/" . $lastIteration->{uuid} . "/score", 'Accept' => 'application/json' );
unless( $searchResult->status_line eq "200 OK"){
  die "Failed to get search results\n";  
}
 
#Decode the content of the full set of results
$results = $json->decode( $searchResult->content );
print "Matched ".$results->{'results'}->{'stats'}->{'nincluded'}." sequences ($lastIteration->{uuid})!\n";
#Now do something more interesting with the results......

Mon idée est de lire le contenu du fichier input.txt, de placer le résultat dans une variable ($var) et de copier dans la variable $seq le contenu de $var.
Et à la fin de récupérer le résultat ($results) pour le copier dans le fichier output.txt, ou dans un fichier csv...

Cdlt,
Denis

[Philou67430]

Merci pour tes explications.