Discussion :

[Devil Shark]

Bonjour à tous,

je développe depuis pas mal de temps sous R et je viens de découvrir R Studio qui est un logiciel vraiment pratique. Je tente de créer mon premier package pour le diffuser mais j'ai des gros soucis avec le fichier NAMESPACE.

Voilà le code de mon fichier de base :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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#' Interface graphique pour traiter les donnees benthos
#' 
#' @import tcltk
#' @source ('scripts/r_benthica2.r')
#' @source ('libTcl/tcl_benthica.r')
#' @export
 
benthicaGUI <- function() {
  openMainWindow()
}

J'utilise le package tcltk pour faire l'interface graphique (d'ailleurs si quelqu'un en connait un meilleur, je suis preneur). J'importe via @source tous mes scripts R créés.

Voilà le fichier NAMESPACE créer automatiquement par le package roxygen2 :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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# Generated by roxygen2 (4.0.2): do not edit by hand
 
export(benthicaGUI)
import(tcltk)

J'ai deux soucis :
1. malgré la ligne "import(tcltk)" au lancement de mon code, j'ai un message d'erreur qui me dit que les commandes que j'utilise sont inconnues. Je règle ce problème en faisant un appel de la librairie manuellement.
2. L'appel de mes sources n'apparait pas...

J'ai trouvé pas mal de tuto sur la création de pckages mais rien sur les problèmes que je rencontre.

Avez vous une idée ????

Merci d'avance.

[Devil Shark]

Bonjour,

je vais poser ma question différemment car je n'ai pas eu de réponse. Je souhaite appeler mes sources dans le fichier NAMESPACE, quelle commande dois-je utiliser ? Je suppose que c'est

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

source(repertoire/fichier.R)

mais cela ne fonctionne pas...

Merci de votre aide...

[dev_ggy]

Bonjour,

Pour appeler tes sources, c'est bien

source(repertoire/fichier.R)

Après je ne sais plus où tu te trouves dans l'arborescence de R. Cela peut poser des difficultés si le chemin est relatif. De plus il faut mettre un double slash parfois entre le code Linux et le code Windows.

J’espère t'avoir aidé.

Cordialement.

[Devil Shark]

Merci pour ta réponse. C'est que j'ai du mal à comprendre c'est que mon code fonctionne parfaitement mais quand je commence à vouloir le mettre en package, j'ai plein de bugs.

Pour le chemin, je ne suis pas sûr que l'on puisse le mettre en absolu dans le package ????

Merci de vos retours,

[Christophe Genolini]

Bonjour,

Sous réserve que cela n'ai pas changé récemment

Le fichier NAMESPACE est là pour préciser la portée des fonctions, leur visibilité. De toi vers les autres et des autres vers toi :
1/ quelles seront les fonctions de ton package qui seront utilisables par les autres (par les utilisateurs de ton package) et quelles sont celles qui sont réservées à un usage interne ?
2/ quelles sont les fonctions en provenance d'autres packages dont ton package a besoin ?

Le NAMESPACE n'est pas là pour "sourcer" les fichiers.

L'appel des sources est à placer dans le DESCRIPTION, plus précisément dans le champ "Collate".

Pour ce qui est de spécifier un chemin particulier, je ne pense pas que cela soit possible. Tes fichiers R doivent être dans le répertoire /R/, point barre.

Christophe

[Devil Shark]

Bonjour Christophe et un grand merci pour ta réponse.

Si je résume mes contraintes : j'ai besoin d'appeler un package extérieur qui est "tcltk" et différentes sources perso mais je n'ai rien besoin de visible en extérieur.

Donc dans mon fichier NAMESPACE, je ne précise rien de particulier...

Dans mon fichier DESCRIPTION, je mets :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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....
Depends : tcltk
Collate : source1.r, source2.r...
....

Je vais tester ca et je reviens...

[Devil Shark]

Bonjour à tous,

j'avance pas à pas mais je galère toujours autant

J'ai effectivement appelé mes sources dans le fichier DESCRIPTION mais quand je lance la création du package avec la bibliothèque roxygen2 conseillée avec R Studio, mes sources sont supprimées.

J'ai appelé mes sources dans mes première lignes du code qui doivent servir pour roxygen2 et cela semble fonctionner.

Par contre j'ai une dizaine de fichiers sources en R qui sont appelés via deux principaux. Dans mon code de départ, je n'appelle que les deux premiers fichiers qui appellent tous les autres. Ici, si je fais ca, la création du package plante et me dit que mes fichiers R ne sont pas trouvés...

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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#' Blabla...
#' 
#' @import tcltk
#' @export
#' @source (r_benthica.r, tcl_benthica.r)
 
benthicaGUI <- function() {
  openMainWindow()
}

Est ce que qq'un a une idée pour m'aider à avancer ???

MERCI d'avance,

[Devil Shark]

Bonne nouvelle, je viens de réussir...

Si certains sont intéressés, je peux peut-être expliqué ce que j'ai fait dans un tutoriel. Dites moi si ca peut être utile.

Merci à tous,