Discussion :

[Fort en pommes]

Bonjour à tou(te)s,

J'ai un problème sur l’exécution d'un script R que je n'arrive pas à résoudre.

J'ai un script R qui effectue les tâches suivantes:
-lire un fichier (.csv)
-exécuter une fonction
-écrire les résultats de cette fonction dans des fichiers

Quand je lance le script (en utilisant source()), la console me rend la main immédiatement, sans aucun message d'erreur mais rien ne s'est passé, le script n'a pas été exécuté et aucun fichier n'a été généré.

J'ai fait quelques tests à base de print, et il semblerait que la fonction ne s’exécute pas... J'ai vérifier avec setwd() que j'étais bien dans le répertoire où se situe le script. Je ne sais pas ce qui cloche, d'autant que j'ai fait testé le script par un ami et ça fonctionne de son côté...

Voilà le script en question:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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filtration_par_CV=function(chemin="D:/Users/toto/Documents/script/diffreport_filtration.csv",num_col_pool=4,nb_col_pool=32,seuil_cv=0.2)
{
 
# import
data=read.csv(file=chemin,header=TRUE,sep=";",dec=".")
 
# selection des variables
data_cv=data[,((num_col_pool):(num_col_pool+(nb_col_pool-1)))]
 
 
moy=apply(data_cv,1,mean)
et = apply(data_cv,1,sd)
cv = et/moy
 
keep=(cv< seuil_cv)
 
data_keep=data[keep,]
 
  data_out=data[keep==FALSE,]
 
  write.table(data_keep,file="data_filtrees_sur_cv.csv",sep=";",row.names=FALSE)
  write.table(data_out,file="metabolites_exlues_par_cv.csv",sep=";",row.names=FALSE)
}

Quelqu'un aurait-il une idée de ce qui ne fonctionne pas ?

En vous remerciant,

Fort en pommes

[Sengar]

Bonjour,

Tu as bien défini ta fonction, mais si tu ne la lances pas forcément...


Rajoute à la fin du script :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

filtration_par_CV()

[Fort en pommes]

Merci beaucoup de ta réponse Sengar, c'est effectivement ça le problème!