Au sujet des performances de la soluce via Ajax, je disais cela dans le cas où il y ait plusieurs traitements simultanés, il faudrait que tu testes si dans ton cas tu n'as pas de problèmes.
Sinon pour lancer un prog en arrière plan sous Windows, tu peux apparemment utiliser "start /B"
http://fr2.php.net/manual/fr/function.exec.php#110131
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