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  1. #1
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    Par défaut Lecture de fichier en BioPerl

    Salut,

    Je souhaite trouver l'équivalent BioPerl de ceci :

    PERL :
    Code :
    1
    2
    3
    4
    5
    6
    open(IN, "file.txt");
     
    while(<IN>){
           #Traitement de la ligne
    }
    close(IN);
    BioPerl :
    Code :
    1
    2
    3
    my $in = Bio::SeqIO->new(-format => $format, -file => "file.txt");
     
    #Voilà je ne sais pas le lire ligne à ligne en l'ouvrant de cette manière

  2. #2
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    Par défaut

    Demande à un modo ou à djibril de déplacer ton sujet dans le forum perl/bio-info et profite de ce temps pour lire la doc du module :

    Plus j'apprends, et plus je mesure mon ignorance (philou67430)
    Toute technologie suffisamment avancée est indiscernable d'un script Perl (Llama book)
    Partagez vos problèmes pour que l'on partage ensemble nos solutions : je ne réponds pas aux questions techniques par message privé
    Using strict and warnings is good for you.

  3. #3
    Rédactrice/Modératrice

    Avatar de stoyak
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    Par défaut

    Il faut que tu travailles avec l'objet $in que tu as créé. Petit exemple de code :


    Code :
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    12
     
    my $in = Bio::SeqIO->new(
                  -file     => $file,
                  -format => 'fasta'
                 );
     
    while ( my $obj = $in->next_seq() ) {
                  my $name = $obj->display_name;
                  my $seq = $obj->seq;
                  print "$name\t$seq\n";
     
     }
    Je te conseille également de lire la doc pour chercher les fonctions qui te sont nécessaires (séquence, longueur de la séquence, nom, description...)
    Cela demande du courage d'en tirer du plaisir
    Quand on n'a qu'un marteau, tous les problèmes ressemblent à un clou

  4. #4
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    Par défaut

    Je te remercie pour ton aide, je sais que grâce à la fonction open et au handle de fichier on parcourt le fichier ligne à ligne.
    Je pensais que l'utilisation du next->seq(); mettait en mémoire une partie du fichier et non qu'il le lisait ligne à ligne, j'ai cru qu'il gérait les lignes du next->seq(); comme un tout.

    En tout cas merci, je voulais savoir car je dois extraire toutes les infos d'un fichier donc je les extrait via les fonctions comme :

    Code :
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    #Numéro d'Accession
    					my $num_acc = $seq_object->accession();
    					#Description
    					my $desc = $seq_object->desc();
    					#Version et N° GI
    					my $gi = $seq_object->primary_id();
    					my $version = $seq_object->version();
    					#Organisme
    					my $espece = $seq_object->species()->node_name();
    					#Classification
    					my @classification = $seq_object->species()->classification();
    					@classification = reverse(@classification);
    					my $classification = join("->", @classification);
    					#Sequence
    					my $seq = $seq_object->seq();
    					#Annotations
    					my @annotations = $seq_object->annotation()->get_Annotations();
    					#Features
    					my @features = $seq_object->get_SeqFeatures();
    Cependant toutes les informations ne sont pas extraites, par exemple le "->annotations;" ne permet pas de récupérer dans un fichier GenBank le nom du Journal, il récupère au mieux le titre de l'article.

    J'ai donc récupéré via une expression régulière les lignes manquantes.
    Voilà pourquoi je souhaitais parcourir ligne à ligne.

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