Discussion :

[Quantactique]

Salut,

Je souhaite trouver l'équivalent BioPerl de ceci :

PERL :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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open(IN, "file.txt");
 
while(<IN>){
       #Traitement de la ligne
}
close(IN);

BioPerl :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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my $in = Bio::SeqIO->new(-format => $format, -file => "file.txt");
 
#Voilà je ne sais pas le lire ligne à ligne en l'ouvrant de cette manière

[Philou67430]

Demande à un modo ou à djibril de déplacer ton sujet dans le forum perl/bio-info et profite de ce temps pour lire la doc du module :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

perldoc Bio::SeqIO

[stoyak]

Il faut que tu travailles avec l'objet $in que tu as créé. Petit exemple de code :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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my $in = Bio::SeqIO->new(
              -file     => $file,
              -format => 'fasta'
             );
 
while ( my $obj = $in->next_seq() ) {
              my $name = $obj->display_name;
              my $seq = $obj->seq;
              print "$name\t$seq\n";
 
 }

Je te conseille également de lire la doc pour chercher les fonctions qui te sont nécessaires (séquence, longueur de la séquence, nom, description...)

[Quantactique]

Je te remercie pour ton aide, je sais que grâce à la fonction open et au handle de fichier on parcourt le fichier ligne à ligne.
Je pensais que l'utilisation du next->seq(); mettait en mémoire une partie du fichier et non qu'il le lisait ligne à ligne, j'ai cru qu'il gérait les lignes du next->seq(); comme un tout.

En tout cas merci, je voulais savoir car je dois extraire toutes les infos d'un fichier donc je les extrait via les fonctions comme :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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#Numéro d'Accession
					my $num_acc = $seq_object->accession();
					#Description
					my $desc = $seq_object->desc();
					#Version et N° GI
					my $gi = $seq_object->primary_id();
					my $version = $seq_object->version();
					#Organisme
					my $espece = $seq_object->species()->node_name();
					#Classification
					my @classification = $seq_object->species()->classification();
					@classification = reverse(@classification);
					my $classification = join("->", @classification);
					#Sequence
					my $seq = $seq_object->seq();
					#Annotations
					my @annotations = $seq_object->annotation()->get_Annotations();
					#Features
					my @features = $seq_object->get_SeqFeatures();

Cependant toutes les informations ne sont pas extraites, par exemple le "->annotations;" ne permet pas de récupérer dans un fichier GenBank le nom du Journal, il récupère au mieux le titre de l'article.

J'ai donc récupéré via une expression régulière les lignes manquantes.
Voilà pourquoi je souhaitais parcourir ligne à ligne.