Région d'intérêt point à point

**svagrim** · 26/11/2011, 09h46

Bonjour,

Je souhaite faire une région d'intérêt sous matlab mais pas avec la méthode des polygones de la fonction impoly mais en sélectionnant les points un à un.
il faut en effet que je sélectionne quelque chose de très précis, pour cela je fais un zoom puis je souhaite choisir pixel à pixel à l'aide de la souris la région d'intérêt.

Connaissez-vous une méthode pour faire ça ?
j'essaye avec ginput mais je ne vois pas comment gérer facilement le zoom (remonter aux indices des pixels sur la matrice d'origine), et j'aurais bien aimer que ça marque, color, les pixels déjà choisis

Merci

Invité · 26/11/2011, 13h11

Bonjour,

Tu trouveras un début de solution dans ce message;

**svagrim** · 26/11/2011, 13h36

merci,

je vais regarder ça.

si je comprend bien, ça fait ce que je veux, sauf la gestion du zoom c'est ça ?

a+

Invité · 26/11/2011, 13h40

À toi de voir selon ton cas si cela correspond, mais tu as tout à fait la possibilité d'utiliser le zoom de MATLAB.

**svagrim** · 26/11/2011, 13h54

J'ai un problème avec les nested function.

message d'erreur

functions are nested to deeply.

Illegal use of reserved keyword "end".

comment on fait dans ce cas ?

Parce que si je comprends bien je n'en ai pas d'autre que celles proposées dans le code sur le lien que tu donnes Winjerome.
Toutes mes autres fonctions sont des fonctions "classiques" séparées normalement.

Invité · 26/11/2011, 14h38

Pourrais-tu poster la structure de ton code (avec essentiellement les function nomFonction et les "end")?
Je t'invite (si ce n'est déjà fait) à regarder le tutoriel Développement efficace des interfaces graphiques (GUI) ainsi que ce message.

**svagrim** · 28/11/2011, 09h09

Alors le premier code, c'est ce que j'utilise pour le moment
une fonction freehand pour faire ma roi :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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function measure_arterial_input_Callback(hObject, eventdata, handles)
% hObject    handle to measure_arterial_input (see GCBO)
% eventdata  reserved - to be defined in a future version of MATLAB
% handles    structure with handles and user data (see GUIDATA)
 
global images
global signal_artere
 
scans_choisis=get(handles.soft_list_box,'Value');
 
zoom off
 
bolusim.image = images.image(scans_choisis)
soft_image = findobj(allchild(0),'Tag','soft_image');
soft_axes = get(soft_image,'Parent');
%axes(soft_axes);
axes(handles.soft_axes);
str = get(findobj(allchild(0),'Tag','soft_list_box'),'string');
selected_scan = [num2str(bolusim.image.scan_number) ':' num2str(bolusim.image.reco_number) ' ' bolusim.image.acq.ppl_name];
for k=1:numel(str)
    if ~isempty(strfind(selected_scan,str{k}))
        k_save = k;
    end
end
 
h = imfreehand(handles.soft_axes);
position = wait(h);
delete(h);
temp=get(soft_image,'CData');
[dummy bw]=roifill(zeros(size(temp)),round(position(:,1)),round(position(:,2)));
mask = logical(repmat(cast(bw,'double'),[1 1]));
 
signal_artere = zeros(size(bolusim.image.reco.data,5),3);
image_temp = squeeze(bolusim.image.reco.data(:,:,bolusim.image.reco.displayedecho,bolusim.image.reco.displayedslice,:));
signal_artere(:,1) = [1:1:size(bolusim.image.reco.data,5)].*bolusim.image.acq.tr;
for i = 1:size(bolusim.image.reco.data,5)
    image_tempi = image_temp(:,:,i);
    signal_artere(i,2) = mean(image_tempi( mask~= 0));
    signal_artere(i,3) = std(image_tempi( mask~= 0));
end
 
zoom out
set(handles.zoom_toggle,'String','Zoom on','Value',0);
 
figure;
errorbar(signal_artere(:,1),signal_artere(:,2),signal_artere(:,3));

et du coup quand j'ai voulu intégrer les fonction que tu proposes j'ai fait ça pour le moment :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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function measure_arterial_input_Callback(hObject, eventdata, handles)
% hObject    handle to measure_arterial_input (see GCBO)
% eventdata  reserved - to be defined in a future version of MATLAB
% handles    structure with handles and user data (see GUIDATA)
 
global images
global signal_artere
 
scans_choisis=get(handles.soft_list_box,'Value');
 
zoom off
 
index = 1;
coordonnees = [];
 
soft_image = findobj(allchild(0),'Tag','soft_image');
soft_axes = get(soft_image,'Parent');
axes(handles.soft_axes);
h = gcf;
 
cmenu = uicontextmenu;
uimenu(cmenu, 'Label', 'Red', 'Callback',@(obj,evnt)FillColor('r'));
uimenu(cmenu, 'Label', 'Blue','Callback',@(obj,evnt)FillColor('b'));
set(handles.soft_axes,'UIContextMenu',cmenu);
set(handles.soft_axes,'ButtonDownFcn',@begin_dessiner);
set(h,'WindowButtonUpFcn',@end_dessiner);
 
hold on
 
     function begin_dessiner(src,evnt)
            set(gcbf,'pointer','circle')
            set(gcbf,'WindowButtonMotionFcn',@dessiner)
     end
 
     function end_dessiner(src,evnt)
          set(gcbf,'WindowButtonMotionFcn',[])
          set(gcbf,'pointer','default')
     end
 
     function dessiner(src,evnt)
          cp = get(gca,'CurrentPoint');
          coordonnees(index,:) = cp(1,1:2);
          plot(coordonnees(index,1),coordonnees(index,2),'r.');
          index = index +1;
     end
 
 
     function FillColor(color)
          delete(findobj('type','line','color','r')); % efface les points rouges tracés pendant le %traçage du contour
          fill(coordonnees(:,1),coordonnees(:,2),color)
          coordonnees = [];
          index = 1;
      end
end

mais il me fait les erreurs mentionner plus haut et je suis bloqué pour le moment

**Jerome Briot** · 28/11/2011, 09h39

Envoyé par svagrim

Illegal use of reserved keyword "end".

Il y a un END en trop à la fin (ligne 57) du second code que tu nous montres.

**svagrim** · 28/11/2011, 10h01

ce end vient d'une erreur de copier coller,
désolé.

si j'enlève les end à chaque sous fonctions il ne plante plus, mais il ne fait plus rien ... il va jusqu'au hold on ligne 28 mais ne rentre pas dans les fonctions imbriquées.
je ne comprend pas bien les end dans les nested functions.
je vois des exemples sur le forum où il n'y en a pas et des exemples où il y en a.
ça dépend de la version de matlab ?

**Jerome Briot** · 28/11/2011, 10h34

En simplifiant un peu, pour créer une fonction à l'intérieur d'une autre fonction il y a deux méthodes.

La première consiste à utiliser des sous-fonctions. Dans ce cas, les variables sont transmises uniquement par arguments d'entrée et/ou de sortie (comme pour une simple fonction). Il n'y a pas de END à la fin des fonctions.

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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function E = fun(A,B)
 
C = subfun1(A);
D = subfun2(A,B);
 
E = C+D ;
 
   function C = subfun1(A)
 
   C = ...;
 
   function D = subfun2(A,B)
 
   D = ...;

L'autre solution consiste à utiliser des fonctions imbriquées. Dans ce cas, si les variables sont définies avant l'appel de chaque fonction, elles deviennent en quelque sorte "globale" à l'intérieur de la fonction mère. Chaque fonction imbriquée doit se terminer par un END ainsi que la fonction mère englobante.

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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function E = fun(A,B)
 
C = [];
D = [];
 
nestedfun1;
nestedfun2;
 
E = C+D ;
 
   function nestedfun1
 
   C = ...;
 
   end
 
   function nestedfun2
 
   D = ...;
 
   end
 
end

Les fonctions imbriquées ont été introduites avec les versions R14 de MATLAB si je ne me trompe pas.

**svagrim** · 28/11/2011, 10h51

alors j'utilise matlab R2009b.
(je ne connais pas R14, c'est une autre notation des versions ?)

pour les fonctions imbriquées (nested), il en veut pas.
erreurs citées plus haut.

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

Illegal use of reserved keyword "end"

et

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

Functions are nested too deeply

quand je passe à des sous fonctions, il ne plante pas mais ne fait rien.
il s'arrête au hold on et ne rentre pas dans les sous fonctions.
d'ailleurs ne faudrait-il pas plutôt utiliser une fonction wait pour détecter les ButtonDownFcn?

**Jerome Briot** · 28/11/2011, 10h56

Envoyé par svagrim

alors j'utilise matlab R2009b.
(je ne connais pas R14, c'est une autre notation des versions ?)

Voir la

: Quelles sont les différentes versions de MATLAB ?

La R14 est bien plus ancienne que la R2009b qui elle supporte parfaitement les fonctions imbriquées.

**Jerome Briot** · 28/11/2011, 11h18

Essaie ceci :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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function measure_arterial_input_Callback(hObject, eventdata, handles)
% hObject    handle to measure_arterial_input (see GCBO)
% eventdata  reserved - to be defined in a future version of MATLAB
% handles    structure with handles and user data (see GUIDATA)
 
% global images
% global signal_artere
% 
% scans_choisis=get(handles.soft_list_box,'Value');
 
zoom off
 
handles.index = 1;
handles.coordonnees = [];
 
% soft_image = findobj(allchild(0),'Tag','soft_image');
% soft_axes = get(soft_image,'Parent');
axes(handles.soft_axes);
hold on
 
cmenu = uicontextmenu;
uimenu(cmenu, 'Label', 'Red', 'Callback',{@FillColor,'r'});
uimenu(cmenu, 'Label', 'Blue','Callback',{@FillColor,'b'});
set(handles.soft_axes,'UIContextMenu',cmenu);
set(handles.soft_axes,'ButtonDownFcn',@begin_dessiner);
set(gcf,'WindowButtonUpFcn',@end_dessiner);
 
guidata(gcf,handles);
 
function begin_dessiner(src,evnt)
set(gcbf,'pointer','circle')
set(gcbf,'WindowButtonMotionFcn',@dessiner)
 
function end_dessiner(src,evnt)
set(gcbf,'WindowButtonMotionFcn',[])
set(gcbf,'pointer','default')
 
function dessiner(src,evnt)
 
handles = guidata(gcf);
 
cp = get(handles.soft_axes,'CurrentPoint');
handles.coordonnees(handles.index,:) = cp(1,1:2);
plot(handles.coordonnees(handles.index,1),handles.coordonnees(handles.index,2),'r.');
handles.index = handles.index +1;
 
guidata(h,handles);
 
function FillColor(src,evnt,color)
 
delete(findobj('type','line','color','r')); % efface les points rouges tracés pendant le %traçage du contour
 
handles = guidata(gcf);
 
fill(handles.coordonnees(:,1),handles.coordonnees(:,2),color)
handles.coordonnees = [];
handles.index = 1;
 
guidata(h,handles);

**svagrim** · 28/11/2011, 13h22

avec ce code quand je clique sur l'image je rentre dans la sous fonction end_dessiner
mais je ne rentre jamais dans begin_dessiner

j'ai essayer en mettant gcf pour begin_dessiner aussi

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

set(gcf,'ButtonDownFcn',@begin_dessiner);

mais ça n'a rien changé.
je n'arrive toujours pas à rentrer dans begin_dessiner.

Invité · 28/11/2011, 13h30

En fait à l'origine, ce code a été fait pour ajouter les points lorsque l'utilisateur bouge la souris avec le bouton enfoncé.
En fait tu y rentres, mais il faut que tu bouges la souris (WindowButtonMotionFcn) pour que "ça compte".

Si tu veux que tes points soient comptabilisés lors de l'appui, il te faut mettre le code du WindowButtonMotionFcn dans le ButtonDownFcn.

Un condition du genre

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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if strcmp(get(handleZoom,'Enable'),'off')
    % ...
end

te sera alors je pense utile.

**Jerome Briot** · 28/11/2011, 13h31

Il faut mettre la propriété Hittest de l'objet Image à Off au début du Callback.

Code :

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function measure_arterial_input_Callback(hObject, eventdata, handles)
% hObject    handle to measure_arterial_input (see GCBO)
% eventdata  reserved - to be defined in a future version of MATLAB
% handles    structure with handles and user data (see GUIDATA)
 
 
soft_image = findobj(allchild(0),'Tag','soft_image');
set(soft_image,'hittest','off')
 
....
 
function end_dessiner(src,evnt)
set(gcbf,'WindowButtonMotionFcn',[])
set(gcbf,'pointer','default')
soft_image = findobj(allchild(0),'Tag','soft_image');
set(soft_image,'hittest','on')
 
....

Tu peux sans doute utiliser la structure Handles à la place de FINDOBJ

**svagrim** · 28/11/2011, 13h37

si je change

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

set(handles.soft_axes,'ButtonDownFcn',@begin_dessiner);

par

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

set(gcf,'WindowButtonDownFcn',@begin_dessiner);

alors je rentre dans la fonction begin_dessiner,
qui me renvoie lorsque je bouge à la fonction dessiner.

une fois dedans j'ai l'erreur suivante :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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Error in ==> soft>dessiner at 9310
handles.coordonnees(handles.index,:) = cp(1,1:2);
 
??? Error while evaluating figure WindowButtonMotionFcn
 
??? Attempt to reference field of non-structure array.

**svagrim** · 28/11/2011, 13h48

en ajoutant les codes hittest on et off
j'arrive à colorier

par contre pas du tout au bon endroit ....
quand je veux colorier juste au dessus de l'oeil droit par exemple je colorie en haut à gauche ...

je précise que la fonction zoom utilisé ou pas, ça ne change rien au problème et que la figure se trouve au milieu d'un gui qui a une fenetre d'affichage indépendante de la taille d'image. il echelonne automatiquement.

**Jerome Briot** · 28/11/2011, 14h28

Y-a-t-il plusieurs objets Axes ?

Quel est la propriété NextPlot de l'objet handles.soft_axes ?

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

get(handles.soft_axes,'NextPlot')

**svagrim** · 28/11/2011, 14h29

ah désolé,

le problème de localisation vient de moi, dans la fonction dessiner j'avais mis set(gcbf, ...)
au lieu de set(hangles.soft_axes, ....)

donc de ce coté là c'est bon.

maintenant je vais modifier pour que je clique sur chaque pixel eu lieu de devoir bouger la souris, et faire que quand je clique à nouveau sur un pixel il l'efface.

par contre je ne rentre jamais dans la fonction FillColor, c'est normal ?

et même si ça "marche" j'ai l'erreur

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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Error in ==> soft>dessiner at 9318
guidata(h,handles);
 
??? Error while evaluating figure WindowButtonMotionFcn
 
??? Undefined function or variable 'h'.

et je suis pas sur que les sousfonctions soient compris comme des sousfonctions.

c'est à dire que même si je ne suis plus dans la fonction principale,
lorsque je bouge la souris avec le bouton appuyer, il rentre dans les sousfonctions.
et du coup plante puisque il ne connait plus les variables.

et du coup j'ai un conflit sur les actions de souris.
c'est à dire que normalement (quand je suis pas dans la fonction principale) si je bouge la souris il y a une fonction me donnant la valeur et la localisation du pixel et si je clique il trace un profil.
là par moment il veut me faire tout à la fois

Région d'intérêt point à point

MATLAB

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