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Modules Perl Discussion :

Utilisation du module Net::SSH::Except


Sujet :

Modules Perl

  1. #1
    Membre régulier Avatar de fripette
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    Par défaut Utilisation du module Net::SSH::Except
    Bonjour à tous,

    Je viens vers vous pour solliciter votre aide concernant ce module car je n'arrive pas à exécuter plusieurs commandes bash de suite grace à ce module.

    Pourriez vous jeter un œil ?

    Code : Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part
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    #!/usr/bin/perl
    use strict;
    use warnings;
    
    use Net::SSH::Expect;
     
    my $host = "distant_host";
    my $user = "user_name";
     
    my $ssh = Net::SSH::Expect->new (
                host => $host, 
                user => $user, 
                raw_pty => 1
            );
     
    $ssh->run_ssh() or die "SSH process couldn't start: $!";
    my $cd = $ssh->exec("cd scripts/workspace/");
    my $cp = $ssh->exec("nohup ./bash_cp_lib.sh > out_bash_cp_lib.txt"); # mv (SCP) the librairy files
    my $blastclust = $ssh->exec("nohup ./bash_blastclust.sh > out_bash_blastclust.txt");# clusterise
    
    
    #my $count_lib = $ssh->exec("ls -l /scripts/data/lib/original/*.fa | wc -l");
    #my $cnt_lib_95 = $ssh->exec("ls -l /scripts/data/lib/lib_95/*.fa | wc -l");
    #die "problem during blastclust" if ($count_lib!=$cnt_lib_95);
    
    
    #my $ls = $ssh->exec("nohup ./bash_master.sh > out_bash_master.txt");# generate PNG
    
    $ssh->close();

    Lorsque j'essaye de lancer les trois commandes suivantes :
    Code : Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part
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    my $cd = $ssh->exec("cd scripts/workspace/");
    my $cp = $ssh->exec("nohup ./bash_cp_lib.sh > out_bash_cp_lib.txt"); # mv (SCP) the librairy files
    my $blastclust = $ssh->exec("nohup ./bash_blastclust.sh > out_bash_blastclust.txt");# clusterise
    uniquement les commandes $cd && $cp fonctionnent

    et lorsque je commente $cp, la commande $blastclust fonctionne correctement.
    Les scripts sont donc correctes mais l'exécution de commande exec à plusieurs reprises ne se fait pas.

    Faut il créer plusieurs objets $ssh ?

    Merci d'avance pour votre aide !

  2. #2
    Responsable Perl et Outils

    Avatar de djibril
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    Par défaut
    as-tu un message d'erreur ?

  3. #3
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    Par défaut
    Aucun :S, rien dans mon out.
    C'est grâce a la date d'actualisation de mon file out que je sais si le script s'est bien exécuté ou pas.

    Je pense que ca vient vraiment du module car les bash lancés indépendamment l'un après l'autre fonctionnent.

  4. #4
    Responsable Perl et Outils

    Avatar de djibril
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    Par défaut
    N'y aurait-il pas un problème de chmod ou chown du fichier lancé ?

  5. #5
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    Par défaut
    le script perl est lancé depuis mon local vers un cluster distant avec mes codes user (avec des facilites de connexion mis en place, cad ssh keygen, authorized keys ...)

    Les bash executés à distance sont en 777 (j'ai fai un chmod en accord avec ton dernier post)

    De plus l'exécution se fait vraiment via le script Perl : ce que je veux dire c'est que quand je les ai testé indépendamment j'ai lance l'exécution via mon script de ma machine local.

  6. #6
    Invité
    Invité(e)
    Par défaut
    Salut,

    Pourrais-tu fusionner l'output et l'erreur standard. relancer ton script et voir si tu as des infos supplémentaires dans tes fichiers txt.

    Code : Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part
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    my $cp = $ssh->exec("nohup ./bash_cp_lib.sh > out_bash_cp_lib.txt 2>&1"); # mv (SCP) the librairy files
    my $blastclust = $ssh->exec("nohup ./bash_blastclust.sh > out_bash_blastclust.txt 2>&1");# clusterise

  7. #7
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    J'ai copié collé tes lignes de code et malheureusement pas plus d'informations dans les output (et d'ailleurs uniquement celui du cp a été actualisé)

  8. #8
    Invité
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    Par défaut
    Oki,

    Peux-tu executer ces deux commande en background et voir si les deux commandes sont executées?

    Code : Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part
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    my $cp = $ssh->exec("nohup ./bash_cp_lib.sh > out_bash_cp_lib.txt &"); # mv (SCP) the librairy files
    my $blastclust = $ssh->exec("nohup ./bash_blastclust.sh > out_bash_blastclust.txt &");# clusterise

  9. #9
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    Par défaut
    Ça marche avec le & mais je ne peux pas faire ces exécutions ainsi car l'étape de rapatriements des informations (cp) doit se faire avant le traitement de ceux ci (bash_blastclust)

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